基于18S rRNA基因序列的直翅目主要类群系统发育关系研究

基于78种直翅目昆虫的18S rRNA基因全序列构建了直翅目各主要类群间的系统发育关系。本研究的结果支持直翅目的单系性,但不支持蝗亚目和螽亚目各自的单系性;直翅目下除蜢总科和蝗总科外各总科的划分多数与Otte系统相一致;蜢总科的单系性得不到支持;蝗总科的剑角蝗科、斑腿蝗科、斑翅蝗科、网翅蝗科和槌角蝗科5科均不是单系群,各物种间的遗传距离差异不大,应合并为一科,即蝗科;本研究支持将Otte系统中蚱总科和螽蟖总科下各亚科级阶元提升为科级阶元;18S rRNA基因全序列可以作为划分科级阶元的工具,当位于同一分支上互成姐妹群的类群间的遗传距离超过1%时,这几个类群属于不同的科;但由于其在进化上的保守性,18S rRNA基因只能用于纲目等高级阶元间关系的研究,而由其获得的总科以下阶元间的关系并不可靠。     

基于18S rRNA和线粒体16S rRNA基因序列的柳蚕进化分析

为探讨柳蚕Actias selene Hübner与鳞翅目昆虫的系统发育关系,本研究利用PCR扩增获得了柳蚕核糖体18S rRNA和线粒体16S rRNA基因的部分序列,长度分别为391bp和428bp。并采用邻近距离法(NJ)、最大简约法(MP)、类平均聚类法(UPGMA)构建系统进化树。结果表明,柳蚕线粒体16SrRNA基因序列与大蚕蛾科昆虫的16SrRNA基因序列均表现出偏好于碱基AT的倾向。柳蚕与所研究的其它蚕类的遗传距离介于0.016至0.140之间,其中与温带柞蚕Antheraea roylii的遗传距离最小,与野桑蚕Bombyx mandarina的遗传距离最大。而基于鳞翅目昆虫18S rRNA基因部分序列的进化分析显示,柳蚕与柞蚕Antheraea pernyi之间的遗传距离最小(0.010),与蓖麻蚕Samia ricini的遗传距离最大(0.017)。     

苔藓动物18S rRNA基因的分子系统发生初探

本文对我国沿海较为常见的8种唇口目苔藓动物的18SrRNA基因进行了PCR扩增和序列测定。结合已知的其它苔藓动物（包括内肛动物和外肛动物）以及腕足动物和帚虫的相应序列,运用分子系统学方法,研究苔藓动物门的系统发生关系,结果表明,外肛动物和内肛动物构成苔藓动物分子系统树中的二大平行支;本文测定的大室膜孔苔虫与Giribet等测定的膜孔苔虫在系统树中的位置间隔较远。结果也支持外肛动物包含被唇纲和裸唇纲两大类群的形态划分,而关于裸唇纲特别是唇口目内部的系统发生关系。分子数据的分析结果和形态分类之间的分歧有待于进一步研究。     

基于18S rRNA基因序列分析唇口目苔藓动物主要类群的系统发生关系

对隶属于3亚目、5次目、20科、23属共25个种类的唇口目(裸唇纲)苔藓虫18S rRNA基因部分序列进行了序列测定.结合从GenBank中获得的该类群其它7个种类的18S rRNA基因同源序列,以序列分析软件对其序列组成和变异进行了比较分析;同时,以羽苔虫(被唇纲)和管孔苔虫(窄唇纲)为外类群,以邻接法和最大简约法重建了它们的系统发生树,分析了该目主要类群系统发生关系.序列分析结果显示:经比对后序列长度为884 bp,其中保守位点241个,可变位点643个,简约信息位点357个;A,T,C和G 4碱基平均含量分别为23.8%、22.8%、24.4%和28.9%.分子系统树表明:本研究所有有囊类构成1个单系群,其中檐胞次目的几种苔虫位于皮壳次目内部;无囊类形成1个多系群,其中的亚目级(新唇口亚目)和次目级分类阶元(枝室次目、假软壁次目和隐壁次目)也都为多系发生,这些结果与前人的分子系统学研究结果大体一致,而与传统的形态分类体系间存在明显的冲突.     

双壳纲动物核糖体RNA 18S-ITS1序列及其在分子系统发育研究中的应用

测定了双壳纲不同科、属、种及种内共11个个体的核糖体RNA 18S-ITS1序列。结果表明,该序列在种间存在很高的多态性,长度从558bp到784bp不等,碱基差异百分比在10．7％～61．7％之间,ITS1序列同源性很低,有片段的插入与缺失。种间18S部分序列碱基差异百分比在0．9％～23．7％之间,变化主要是碱基的转换。用邻接法(NJ)构建了8个种的18S部分序列(约240bp)的系统发育树,与传统形态学分类结果相符。马氏珠母贝(Pinctada martrtensi)4个不同地域个体间的序列差异百分比在0．6％～1．9％之间。分析指出：18S基因可以作为双壳纲动物高阶元系统发育的分子标记;ITS1序列种间变化很大,可以应用于该纲物种的分类及鉴别．在亲缘关系相近种及种内变异相对较小,但核苷酸变异位点信息量丰富,可用于属内种间、亚种和群体间的遗传多样性研究。     

基于12S rRNA基因的鹳形目系统发生关系

采用分子系统学的方法探讨鹳形目5个科之间的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类7种mtDNA 12SrRNA基因全序列,并结合来自Genbank的鹳形目另外7个物种及原鸡的同源区序列,经Clustal W软件对位排列后共1 009位点,包含405个变异位点,其中多态性位点381个,260个简约信息位点.基于上述序列数据,以原鸡为外群,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目5科14种的系统发生树.重建的系统发生树显示,内群中的14个种聚合为4支:鹮科构成第一支,聚在系统树的基部;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支;鹭科和鹳科各自聚成一支.在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为:在鹳形目的系统发生中,鹮科可能是最早分化出的一支;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近.鹳形目5个科之间的系统关系可以表示为:(鹮科,(鹭科,鹳科,(锤头鹳科,鲸头鹳科))).     

鹳形目12种鸟类核c-mos 基因和线粒体12S rRNA基因序列分析及其系统发生研究

鹳形目鸟类的传统分类一直存在分歧,而近期的分子系统学研究大多只用单个基因,其结论的可信度需要进一步验证.本文通过核c-mos基因和线粒体12S rRNA基因序列分别和合并分析,采用分子系统学方法探讨了鹳形目6科12种鸟类的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类6种核c-mos基因的片断序列,结合来自Genebank的其他种类的c-mos和12S rRNA基因序列,分别经Clustal W软件对位排列后,以原鸡为外类群用最大似然法、邻接法和最大简约法建立系统树.系统树分析表明, 鹳形目6科之间的系统发生关系总结为：（鹭科,（（鹮科,美洲鹫科）,（鹳科,（鲸头鹳科,锤头鹳科））））.鹭科7个属之间的系统发生关系总结为：（麻（开鸟）属（夜鹭属（池鹭属（苍鹭属（中白鹭属（白鹭属,大白鹭属））））））.分别基于两个单基因的系统树有一定差异,而基于合并数据的系统树支持率和分辨率都高于基于单基因的系统树,表明使用在遗传上相对独立的分子数据合并建立系统树有较高的可信度和分辨率,是一种更好的研究方法.     

从12S rRNA基因序列推测鹭科13种鸟类的系统发生关系

对鹭科12个种的线粒体12S rRNA基因全长约975bp的序列进行了测定,并从GenBank获得黄顶夜鹭12S rRNA基因全序列。比对后的序列长993bp,含363变异位点,288个多态位点,187个简约信息位点。使用邻接法和最大简约法重建的分子系统树将13种鹭聚为2支：第一支包括白鹭、中白鹭、大白鹭、池鹭、牛背鹭、苍鹭、草鹭、夜鹭、黄顶夜鹭,第二支由黄苇渴Gan、黑苇Gan、栗苇Gan、大麻Gan组成。结果提示将鹭科分为鹭亚科和Gan亚科的传统观点是合理的,不支持Payne将鹭科分为日鹭亚科(Ardeinae)、夜鹭亚科(Nycticracinae)、Gan亚科(Botaurinae)和虎鹭亚科(Tigrisomatinae)的观点。进一步的分析表明：白鹭在系统演化中要早于大白鹭和中白鹭分支出来,大白鹭和中白鹭与苍鹭、草鹭和牛背鹭间的亲缘关系较近,而与白鹭较远,支持Sibley(1990)将大白鹭和中白鹭作为独立的大白鹭属(Casmerodius)和中白鹭属(Mesophoyx)的建议;黑Gan、栗苇Gan与黄苇Gan在系统发生中构成一单系群,提示将黑Gan置于苇Gan属(Ixobrychus)是合适的[动物学报49(2)：205—210,2003]。     

基于线粒体16S rRNA基因探讨鹿科动物系统发生关系

鹿类动物的系统演化关系一直存在争议,特别是獐亚科的设立与否.通过测定獐的线粒体16S rRNA基因,并从GenBank获得鹿类另外14种动物的线粒体16S rRNA基因全序列,以水牛和绵羊作双外群,构建系统进化树,探讨鹿类动物系统发生关系及獐亚科的有效性.结果分析表明:(1)支持鹿科分为鹿亚科、麂亚科、獐亚科和美洲鹿亚科,麝科成立;(2)獐亚科有效,支持獐与原属美洲鹿亚科狍共同组成獐亚科;(3)毛冠鹿的分类地位还有待进一步确定.     

异齿亚纲贝类18S rRNA基因序列变异与系统发生

目的:了解异齿亚纲贝类的分类地位。方法:从NCBI数据库下载了异齿亚纲贝类中25个不同种的18S rRNA序列,用MEGA 5.0软件进行序列比对,用3种不同的算法构建出异齿亚纲的系统发育树。结果:显示缝栖蛤科最早与其它的7科分开,发生了较大的遗传分化,其余类群以较高的支持率聚在一起。在NJ树与ML树中蛤蜊科与海螂目的海螂科、蓝蛤科、船蛆科和海笋科聚在一起形成一个大支,而在MP树中蛤蜊科又与帘蛤科和蹄蛤科聚为一支。结论:25个不同种并未按照这两个目聚为清晰明确的两个大支,而是相互之间有嵌套。     

Phylogenetic placement of the basidiomycetous yeastsKondoa malvinella andRhodosporidium dacryoidum,and the anamorphic yeastSympodiomycopsis paphiopedili by means of 18S rRNA gene sequence analysis

The 18S ribosomal RNA gene sequences of the basidiomycetous yeastsKondoa malvinella andRhodosporidium dacryoidum, and an anamorphic yeastSympodiomycopsis paphiopedili were determined. The 18S rRNA gene ofR. dacryodium IAM 13522 (ex type) revealed the presence of an intron-like region with a length of 404 nucleotides, which is presumably assigned to a group I intron. The phylogenetic tree, including 34 published reference sequences, was inferred from 1493 sites which could be unambiguously aligned. The molecular phylogeny, using the ascomycetes as an outgroup, divided the basidiomycetes into three major lineages. The first lineage was composed of the smut fungi (Ustilaginales), represented byUstilago maydis, U. hordei, andTilletia caries, includingS. paphiopedili. The second lineage included the type species of teliospore-forming yeast generaLeucosporidium, Rhodosporidium, andSporidiobolus, and the generaErythrobasidium andKondoa, both previously included in the Filobasidiaceae.Rhodosporidium dacryodium showed a close relationship withE. hasegawianum, which was backed by a high bootstrap support. The rust fungiCronartium ribicola andPeridermium harknessii were also included in this lineage. The last lineage was formed by the filobasidiaceous yeasts,Cystofilobasidium capitatum, Mrakia frigida, Filobasidium floriforme, andFilobasidiella neoformans, and the anamorphic yeastsBullera alba (the anamorph ofBulleromyces albus) andTrichosporon cutaneum. Members ofTremella and selected hymenomycetous genera were also included in this lineage.The nucleotide sequence data reported in this paper will appear in the GSDB, DDBJ, EMBL and NCBI nucleotide sequence databases with the following accession numbers D13459 (Rhodosporidium dacryodium), D13776 (Kondoa malvinella), and D14006 (Sympodiomycopsis paphiopedili).     

Archiascomycetes: detection of a major new lineage within the Ascomycota

For phylogenetic analysis of the higher fungi, we sequenced the nuclear small subunit rRNA (18S rRNA) gene fromTaphrina populina, the type species of the genusTaphrina, andProtomyces lactucae-debilis. The molecular phylogeny inferred from these 2 sequences and 75 sequences from the DNA data bank divided the Ascomycota into three major lineages: the hemiascomycetes, the euascomycetes, and the archiascomycetes, newly described herein. The former two lineages are monophyletic, whereas the archiascomycetes, which originated first and are comprised ofTaphrina, Protomyces, Saitoella, Schizosaccharomyces, andPneumocystis, may not be monophyletic. Among the archiascomycetes, theTaphrina/Protomyces branch is monophyletic. Confirmation of the archiascomycetes as a monophyletic taxonomic class will require comparison of additional genetically defined characters.This work was supported in part by grants 05454030 from the Ministry of Education, Science, and Culture of Japan (to J. S.) and 4369 from the Japan Society for the Promotion of Science Fellowship Programs (to H. N.).     

Phylogenetic and structural analyses of the mating-type loci in Clavicipitaceae

Entomopathogens and other econutritional fungi belonging to Clavicipitaceae were phylogenetically analyzed on the basis of the 18S rRNA gene and mating-type genes (MAT1-1-1 and MAT1-2-1). The phylogenies of the mating-type genes yielded better resolutions than that of 18S rRNA gene. Entomopathogens (Cordyceps bassiana, Cordyceps brongniartii, Cordyceps militaris, Cordyceps sinclairii, Cordyceps takaomontana, Isaria cateniannulata, Isaria farinosa, Isaria fumosorosea, Isaria javanica, Lecanicillium muscarium and Torrubiella flava) were considered as a phylogenetically defined group, and were closely related to mycopathogens (Lecanicillium psalliotae and Verticillium fungicola). They located at more descendant positions in the mating-type trees than other fungi, and lacked the mating-type gene MAT1-1-3. The deletion of MAT1-1-3 was supposed to have occurred once in Clavicipitaceae, and a good indication for the evolution of Clavicipitaceae. Other entomopathogens (Cordyceps cylindrica, Cordyceps subsessilis, Metarhizium anisopliae and Nomuraea rileyi) and pathogens of plants, nematodes and slime molds, were relatively related to each other, and possessed MAT1-1-3, but were supposed to be heterogeneous. Root-associated fungi did not form any clade with other species.     

三线闭壳龟18SrRNA基因序列的测定

用分子遗传标记进行物种鉴别准确可靠,本文应用18SrRNA序列测定研究中药材三线闭壳龟的进化与种类鉴定.应用PCR直接测序技术测定三线闭壳龟肌肉18srRNA基因部分核苷酸序列.结果表明,所测序列为678bp,其中GC占多数(54.1%).讨论了DNA测序技术在龟鳖类等中药材鉴定方面的应用.