黄颡鱼鲇鱼爱德华氏菌的鉴定及生物学特性研究

黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco),又称黄嘎、昂刺、黄腊丁等,隶属鲶形目(Siluriformes),鲿科(Bagridae),黄颗鱼属(Pelteobagrus),是我国重要的小型底层经济鱼类,在我国各大水系均有分布,特别在长江中下游的湖泊更为集中,是一种营养价值和药用价值都较高的优质淡水鱼类,也是出口创汇的优良品种。     

利用16S rRNA基因同源性分析鉴定两株明串珠菌

从酸马奶中分离出2株明串珠菌KLDS 5.0301和KLDS 5.0302,对2株菌的16S rRNA基因经PCR扩增测序,将测序结果同该属内菌株的16S rRNA序列作多序列比较,并建立明串珠菌属的系统发育树.结果表明,KLDS 5.0301的16S rRNA序列同L. garlicum的同源性百分比为100%.KLDS 5.0302的16S rRNA序列同L.mesenteroides LM2菌株的16S rRNA序列的同源性百分比为99.9%.根据系统发育树的结果,将KLDS5.0301鉴定为L.garlicum,KLDS 5.0302鉴定为L.mesenteroides.菌株KLDS 5.0301和KLDS 5.0302的16SrRNA序列已经在GeneBank申请国际序列注册号,分别为DQ239691和DQ297412.     

中国狼蛛科娲蛛属(娲蛛亚科)分类地位的探讨

采用DNA测序方法,获得了中国狼蛛科Lycosidae4亚科6属26种mtDNA-16S rRNA基因的部分序列,比较来自北美狼蛛科豹蛛属2种豹蛛的同一基因序列,并选取漏斗蛛科1种蜘蛛作为外群,采用Bayesian方法和最大简约法(MP)构建分子系统树.两种建树方法均支持娲蛛属和豹蛛属形成一大的单系;这一结果与现行狼蛛科传统分类体系中娲蛛属的分类地位有差别.据此,作者认为:娲蛛属和豹蛛属可以归为同一个分类亚单位.狼蛛科6属间的分子系统关系为(Rirata(Hippasa(Trochsa Arctosa(Pardosa Wadicosa)))).     

津巴布韦烟叶中淀粉酶和蛋白酶产生菌的分离及鉴定

目的:从津巴布韦烟叶中分离产蛋白酶菌和产淀粉酶能力最高的菌株,并对其进行鉴定。方法:采用淀粉富集培养基和酪蛋白富集培养基分别分离津巴布韦烟叶中的产淀粉酶和产蛋白酶菌株,通过生理生化实验和16SrRNA序列分析鉴定分离的菌株。结果:产蛋白酶菌株菌体不透明、表面有褶皱,蛋白酶酶活为52.10±0.13 U/mL;产淀粉酶菌株菌体表面呈黏状,淀粉酶酶活为3.69±0.07 U/mL;产蛋白酶与产淀粉酶的2株菌均与枯草芽孢杆菌的16S rRNA序列有100%的相似性,结合生理生化指标初步鉴定为枯草芽孢杆菌。结论:获得的2株菌在降解烟叶的蛋白质和淀粉过程中可能起重要作用。     

建立放线菌门的证据

放线菌是细菌域中的一个重要类群,其分类地位一直受到人们的关注。《伯杰氏细菌系统学手册》第二版,把放线菌从厚壁菌门中的一个纲提升为放线菌门。目前的研究发现,在细胞色素C氧化酶1亚基（Cox1）、CTP合成酶以及谷氨酰tRNA合成酶（GluRS）3个蛋白中存在着放线菌特异的插入或缺失序列,可以将放线菌与其它细菌区分开,为放线菌门的建立提供了新的有力证据。简述了国内外的研究信息,并提出了自己的一些观点,供国内学者参考。     

产中性纤维素酶耐碱芽孢杆菌的筛选及酶学性质研究

采用CMC碱性平板筛选方法,从造纸厂碱性淤泥中获得产中性纤维素酶的耐碱枯草芽孢杆菌C3004。根据其形态特征、生理生化特性和16S rRNA序列分析鉴定该菌株为枯草芽孢杆菌,并命名为Bacillus subtilis C3004。液体摇瓶培养24 h产生CMC酶活力达46.6 U/mL。酶学性质初步研究显示,CMC酶反应的pH值以7.0左右为适;在弱酸和碱性条件下也具有较高的酶活和一定的稳定性;反应温度以50℃左右为宜;且具有较好的热稳定性。Mn~(2+)与Fe~(3+)对酶反应有促进作用,Cu~(2+)、Mg~(2+)和Zn~(2+)对酶反应有抑制作用。该菌可在碱性(pH 8.5～10)条件下培养,具有不易被杂菌污染的特点。     

生物造粒流化床污水处理反应器的微生物多样性

为了研究生物造粒流化床污水处理反应器颗粒污泥的微生物种群多样性,分别从生物造粒流化床10、60和110cm处取颗粒污泥,通过细胞裂解直接提取颗粒污泥细菌基因组DNA,PCR扩增后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的DNA特征指纹图谱,对特征条带进行序列测定及序列同源性分析。16S rRNA序列分析表明,获得的18个OTUs均属于细菌域,其中61%属于变形菌,17%属于放线菌,11%属于低G C革兰氏阳性菌,11%属于其它未知细菌。     

中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹两地理亚种的线粒体DNA序列变异

根据线粒体16SrDNA的PCR／RFLP鉴定和对Cyt b基因全序列的分析对中国大陆7水系绒螯蟹地理种群的遗传分化进行探讨。结果表明：中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹两亚种在17条Cyt b全序列上以40个固定的碱基变异位点相区别。前者分布在瓯江及其以北的水系;后者主要分布在瓯江及其以南的水系。发现了4种在鸭绿江以南的北方水系中生活的合浦亚种单元型,对这些单元型的形成提出了3种可能的解释[动物学报51（5）：862—866,2005]。     

抗菌和细胞毒活性海洋细菌的筛选及其次生代谢基因证据

从不同海域的海水、海泥和海洋生物中分离海洋细菌,利用琼脂扩散法和MTT法对细菌培养液的乙酸乙酯提取物进行了抗菌和细胞毒活性筛选,并对具有细胞毒活性的细菌菌株进行了16SrRNA系统发生学分析和多聚酮合酶(PKSⅠ型)、非核糖体肽合成酶(NRPS)的筛选。结果显示,在分离到的346株海洋细菌中,42株细菌具有抗菌活性,12株具有细胞毒活性。对12株具有细胞毒活性的细菌菌株进行了16SrRNA系统发生学分析,它们分别属于Agrobacterium,Pseudoalteromons,Bacillus,Paracoccus,Rheinheimera,Aerococcus,Exiguobacterium和Alteromonas8个属。对这12株具有细胞毒活性的细菌菌株进行进一步的PKS和NRPS筛选,得到了4株含有PKSⅠ型的KS结构域或NPRS的A结构域的海洋细菌,为从聚酮和非核糖体肽等生物合成途径去深入研究其次生代谢产物提供了基因学的证据。     

茜草内生菌的分离鉴定及其抗菌活性物质研究

对中药植物茜草(Rubia cordifoliaL)的内生菌进行了分离和抗菌活性筛选,获得一株具有广谱抗菌活性的内生细菌。该细菌对常见的3种人类病原菌和4种植物病原菌具有拮抗作用。传统分类学和基于16S rRNA基因的分子分类学证据表明,该内生细菌为一株新的枯草芽孢杆菌,命名为Bacillus subtilisRC4。B.subtilisRC4在综合马铃薯培养基(pH值5.0)中于28℃振荡培养60h,产生的代谢物对白色念珠菌的抗菌活性最强。抗菌活性物质在100℃受热20min,活性维持80%以上,且在pH值2.0~11.0范围内稳定。经硅胶柱层析和高效液相色谱分离,得到主要抗菌活性化合物,质谱分析表明其分子量约为288Da。     

基于线粒体16S rRNA基因对中国狼蛛科(Lycosidae)系统发育研究

将自测的中国狼蛛科Lycosidae4亚科6属26种和从GenBank中检索到的北美2种豹蛛的mtD-NA-16S rRNA序列进行比较;以漏斗蛛科1种蜘蛛作为外群,对碱基序列的组成和遗传距离进行了分析,采用Bayesian方法和最大简约法(MP)构建分子系统树。研究结果表明:16SrRNA基因的部分序列为340bp到360bp,A T含量平均为75%,存在较强的A T含量偏向性;序列共有157个碱基存在变异,其中79个简约信息位点。狼蛛科各属间的遗传距离介于0.026￣0.200之间。2种建树方法均表明:科内的属及属内的种优先聚在一起;水狼蛛属相对马蛛属是狼蛛科中较为原始的类群,分化较早;獾蛛属作为1个单系群与熊蛛属合为1个并系,属于狼蛛亚科。狼蛛科6属间的分子系统关系为(Pirata(Hippasa(Trochsa Arctosa(Pardosa Wadicosa))))。     

嗜盐菌HBCC-2的16S rRNA基因测序分析及其培养特性

从连云港台南盐场海盐生产区中分离纯化到一株嗜盐古菌HBCC-2,该菌株经PCR扩增后,测定其16S rRNA基因序列,采用BLAST软件对基因库中基因序列进行同源性比较,选取其相似性序列,采用Clustalx1.8和MEGA3.1软件对其16S rDNA序列进行了系统发育分析研究,结果表明HBCC-2菌株与菌株Halorubrum sp.GSL5.48的相似性达99%,结合其形态观察及生理生化反应特性,初步确定该菌株属于嗜盐红菌属(Halorubrum),菌株HBCC-2的16S rDNA序列已登陆到GenBank,其序列号为EF687739.通过比较不同NaCl浓度、pH和培养温度对该菌株生长的影响情况,研究了该菌株的生长特性,结果表明NaCl浓度为4mol/L、温度为35℃和pH为7.0的培养条件下其生长最佳.     

抑黄曲霉乳酸菌的筛选及菌种鉴定

目的筛选具有抑制黄曲霉(Aspergillus flavus)生长的乳酸菌。方法以各地泡菜、实验室自制泡菜、豆浆渣以及新鲜猪肠、鸡肠道内容物为材料,采用牛津杯法筛选所需菌株。对筛选出的菌株进行生理生化及16S rRNA基因序列同源性分析。结果分离得到756株乳酸菌,其中有6株菌株对黄曲霉的生长有明显的抑制作用。结论实验获得的6株产酸菌,3株为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),2株为消化乳杆菌(L.alimentari-us),1株为亚利桑那乳杆菌(L.arizonenensis)。     

建立PCR-CE-RFLP方法快速诊断女性生殖道的细菌感染

目的建立PCR-CE-RFLP方法直接检测女性生殖道感染标本中的细菌,为临床提供快速、准确的诊断依据。方法利用细菌16SrRNA集保守性和变异性于一体的特点,合成1对通用引物,其上游5’端用5＇-FAM标记。将8株已知菌和38例临床诊断为生殖道炎症的标本及其培养物进行PCR扩增,扩增产物经限制性内切酶HaeⅢ消化,经毛细管电泳（CE）通过限制性片断长度多态性分析（RFLP）来鉴定不同病原菌。结果（1）已知菌株PCR扩增阳性率为75％（6／8）、生殖道感染标本的PCR扩增阳性率为79％（30／38）,毛细管电泳阳性率两者均为100％。（2）已知菌株PER扩增产物的5’端HaeⅢ完全酶切片段的毛细管电泳结果,与电子克隆产物的酶切片段基本一致。（3）用传统培养检测法在生殖道能检出的常见致病菌,实验用PCR-CE-RFLP法同样也能检出。（4）实验还发现数种传统培养法未检出的细菌。结论PCR-CE-RFLP法比传统的细菌培养法具有快速、准确、灵敏的优点,比传统方法缩短20h,可用于临床标本的直接鉴定。     

人体肠道微生物多样性和功能研究进展

人体肠道中庞大而复杂的微生物群落对人体自身代谢表型有深远的影响.肠道微生物群落在亚种或菌株水平上表现出极大的多样性.利用微生物分子生态学、元基因组学和代谢组学研究方法,发现肠道微生物与宿主表现出共进化的特点,肠道微生物群落及其基因组为宿主提供了互补的遗传和代谢功能,表现出互惠共生关系.但是,肠道微生物群落中影响宿主代谢表型的关键功能菌鉴定及其作用模式问题仍然悬而未决,综合运用多种高通量研究方法和多维数据分析方法可能成为解决这个问题的突破口.     

枯草菌素产生菌芽孢杆菌FB123的发酵条件优化及其16S rRNA序列分析

对芽孢杆茵FB123产枯草菌素发酵条件进行了优化并对菌株进行了16S rRNA分子鉴定.采用不同培养基配方、单因素及正交设计等试验对FBl23培养基、发酵条件进行了优化,FBl23的枯草菌素产量(透明圈直径:cm)从1.1 cm增加到1.67 cm;生物量提高了2.5倍.最佳培养基为(%):葡萄糖0.5,蛋白胨1.0,牛肉膏0.5,酵母膏0.1,pH 7.5;培养条件:培养温度28℃,培养时间32 h.进一步克隆测定了该茵16S rRNA基因序列,系统进化树分析表明该茵与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)具有最紧密亲缘关系.     

FISH技术在强化生物除磷中的应用

荧光原位杂交(FISH)是一种微生物生态学研究技术,在强化生物除磷(EBPR)过程中,用来鉴定系统中的优势微生物种群,直接观察其在污泥系统中的形态结构、分布状态,跟踪监测其各个阶段的动态变化,并将其量化。与DGGE/TGGE、SSCP、RFLP、DAPI染色等研究方法,可突破FISHj技术不能提供活性污泥内部种群多样性、检测\"未知\"微生物的研究局限,增加研究的准确性。发展探针检测水平、发现更有效的染色鉴定方法、与生理生化研究相结合将成为FISH技术在强化生物除磷过程中的发展方向。     

用细菌16S rRNA荧光定量PCR法检测肠道菌群的变化

目的应用细菌的16SrRNA序列设计双歧杆菌、大肠埃希菌及乳酸杆菌的引物并对肠道的3种细菌进行定量测定。方法收集轮状病毒肠炎患儿及正常对照组的粪便标本提取DNA。取准确定量的3种细菌经系列稀释后抽提细菌的DNA做荧光定量PCR,制作出标准曲线。待测样品同时进行PCR反应并和标准曲线进行比较,获得各样品中3种细菌的量。结果患儿肠道中双歧杆菌和乳酸杆菌的数量较正常儿童明显减低,而大肠埃希菌的数量差异无显著性。与其他文献报道的用细菌培养的方法所得结果一致。结论荧光定量PCR是一种特异性高、敏感性强的定量方法。可正确定量肠道中的细菌数量。     

拟双角斯氏线虫共生细菌的分离与鉴定

从我国东北地区采集的拟双角斯氏线虫(Steinernema ceratophorum)肠道内分离到1株具有较强生物活性功能的致病杆菌菌株CB43。形态特征及生理生化特征测定结果表明,CB43菌株与致病杆菌属(Xe-norhabdus)的基本特性相似;对寄主线虫的产量有明显的促进作用,其代谢物对细菌和真菌均有较强的抑制活性,符合线虫共生菌的基本特性和功能。16S rRNA序列及根据16S rRNA序列构建的系统发育树中,CB43菌株与Xenorhabdus budapestensis序列同源性最高,形成一个类群。但CB43菌株不能产生吲哚,在麦芽糖、海藻糖、D-葡萄糖酸和乙酸利用等生化特征与X.budapestensis存在一定的差异,可能是由于菌株的生态差异造成的。根据形态及生理生化特征,结合16S rRNA序列分析,CB43菌株属于Xenorhabdus budapestensis。     

PCR指纹图谱技术分析人体口腔内微生物菌群结构

目的 应用PCR-DGGE指纹图谱技术对人体口腔微生物菌群结构进行系统性研究.方法 对1例健康人唾液周期性采集的样品和8例健康人个体的唾液与牙菌斑采集的样品,进行微生物群落总DNA的抽提.以此为模板扩增16S rRNA V3可变区,产物经DGGE指纹图谱分析其组成结构,并运用UVIBAND/MAP等软件比较所得群落指纹图谱的相似性指数.结果 同一健康人个体不同采样时间的唾液菌群结构相似性系数＞74%,通过对不同健康个体口腔样本的研究,发现同一个体的唾液与牙菌斑菌群结构存在差异（84%～95%）.结论 同一健康个体其唾液微生物菌群在一定时间内基本稳定,仅有微小的变化;唾液与同个体牙菌斑的微生物组成虽然存在差异,但这种差异要明显小于个体间的差异.