系统生物学的研究进展

系统生物学以系统的观点．运用工程和计算机技术及各种先进的生物学研究手段研究细胞中所有基因和蛋白质,来解释生命的奥秘。系统生物学是在基因组序列的基础上完成由生命密码到生命过程的研究,了解系统的结构和功能,揭示系统内部各组成成分的相互作用和运行规律。从系统生物学的产生背景、发展现状和研究目标、研究平台、研究动态等方面综述了系统生物学的研究。     

心血管系统生物学研究进展

在后基因组时代中,系统生物学是最受关注的领域之一.系统医学生物学是系统生物学的一个重要的分支和组成部分,主要研究的对象是人体、疾病和防治措施.由于心血管疾病突出的重要性,研究人员正致力于心血管系统生物学的研究.本文综述了心血管系统生物学主要的研究课题,总结了用以整合数据的方法和策略,心血管系统模型的类型和应用,建模的工具和标准,未来的发展方向,以及心血管系统生物学可能将面临的一些挑战.     

系统生物学的研究进展

21世纪是生命科学研究的新时代,是系统生物学的时代.系统生物学以系统的观点,运用工程和计算机技术和各种先进的生物学研究手段研究细胞中所有基因和蛋白质来解释生命的奥秘.系统生物学强调对生命现象要从系统和整体的层次加以研究和把握,不仅要了解系统的结构和功能,而且还要揭示出系统内部各组成成分的相互作用和运行规律,已成为当今生命科学最具活力的新兴前沿学科之一.     

基因组尺度分析和代谢工程策略

代谢工程是近年来发展起来的新技术,随着各种组学技术的发展,高通量数据整合方法用于分析细胞的代谢网络,改造代谢途径,以提高目标产物的产量。本文就代谢工程的发展状况,基因组尺度的分析技术,以及代谢工程策略进行了综述。分析了生物信息学和系统生物学方法在代谢途径构建和代谢网络分析中的作用,并就存在的问题和可能的解决途径进行了阐述。     

传统中国医药与现代系统生物学研究理论的殊途同归

系统生物学是研究一个生物系统中所有组成成分(基因、mRNA、蛋白质等)的构成与组分之间相互关系的学科,近年来,系统生物学作为后基因组学时代研究的一个重要内容,已广泛深入到生命科学和医药学的各个领域。而作为中国传统医学而言,似乎与之相去甚远,然而当我们对这两个新老学科基础理论进行比较时,我们发现:传统中国医药与现代系统生物学研究理论的殊途同归。有鉴于此,本文论述了系统生物学和中医学的思想起源、相互联系,基于系统生物学的发展、研究思路和方法,阐述了生物学由还原论的研究方法过渡到系统论的研究方法,强调对生命现象从系统和整体的层次进行研究和把握,对传统中医学研究方法的变革起到了推动作用,最后对系统生物学在中医药学未来发展进行了评价。     

系统生物学——生命科学的新领域

系统生物学是继基因组学、蛋白质组学之后一门新兴的生物学交叉学科,代表21世纪生物学的未来.最近,系统生物学研究机构纷纷成立.在研究上,了解一个复杂的生物系统需要整合实验和计算方法.基因组学和蛋白质组学中的高通量方法为系统生物学发展提供了大量的数据.计算生物学通过数据处理、模型构建和理论分析,成为系统生物学发展的一个必不可缺、强有力的工具.在应用上,系统生物学代表新一代医药开发和疾病防治的方向.     

系统生物学研究及其在医学中的应用

目前,系统生物学研究已初显端倪。生物学正从分子生物学走向系统生物学,由精细的分解研究转向系统的整体研究,由还原论的研究方法过渡到系统论的研究方法。简要论述了系统生物学的产生背景、结构和内容、研究思路和方法、与医学的关系等,重点介绍系统生物学的内容和研究方法,以及在疾病治疗和药物开发中的研究进展。     

《系统生物学的概念和方法》──分类学工作者的重要参考书

《系统生物学的概念和方法》──分类学工作者的重要参考书由赵铁桥研究员编著的《系统生物学的概念和方法》一书已由科学出版社出版,１９９５年１月在全国发行。该书全面介绍了现代系统生物学的学科分枝及其相互关系,从学科发展历史沿革的角度,对各分支学科研究目的、...     

分布式技术在生物信息资源建设中的应用

由于生命科学研究的复杂性,以及系统生物学的面向多个生物学水平进行研究的特点,对大规模、分布式应用资源进行整合是生命科学信息资源建设中面临的主要问题,分布式技术的应用使生物信息资源建设实现了高度的自动化,并行化。本文对分布式集成技术在生物学领域的应用和未来发展做了简要综述。并结合当今技术趋势给出了生物信息学项目进行分布式资源整合的解决方案。     

21世纪的生物学--系统生物学

2003年9月,美国哈佛大学医学院开设了20年来新增的第一个研究组——系统生物学(systems biology)研究室,显示了系统生物学在医学和生物学领域中的重要地位。系统生物学是近年来发展最快的生物医学领域,其研究前景被广泛看好,它已成为生物学的重要分支之一。除哈佛大学外,同城的麻省理工学院,已率先建立了一个由80个研究和教学职位组成的以系统生物学为主的研究机构。     

BSPR/EBI 2007 meeting report--Integrative Proteomics: From Molecules to Systems. July 25-27, 2007 Wellcome Trust Conference Centre, Hinxton, UK.

This report reviews the joint British Society for Proteome Research (BSPR) and European Bioinformatics Institute (EBI) 2007 meeting, 'Integrative Proteomics: From Molecules to Systems' which took place at the Wellcome Trust Conference Centre, Hinxton, UK, from 25th to 27th July. The aim of this year's meeting was to explore how the integration of 'omic' technologies can lead to a comprehensive understanding of cellular organization, differentiation and signalling. Studies investigating protein-protein interactions and trafficking illustrated how the combination of proteomics and bioinformatics is allowing systems biology to develop as a discipline in its own right.     

Network modelling of gene regulation

Gene regulatory network (GRN) modelling has gained increasing attention in the past decade. Many computational modelling techniques have been proposed to facilitate the inference and analysis of GRN. However, there is often confusion about the aim of GRN modelling, and how a gene network model can be fully utilised as a tool for systems biology. The aim of the present article is to provide an overview of this rapidly expanding subject. In particular, we review some fundamental concepts of systems biology and discuss the role of network modelling in understanding complex biological systems. Several commonly used network modelling paradigms are surveyed with emphasis on their practical use in systems biology research.     

Systems biology and cancer: promises and perils

Systems biology uses systems of mathematical rules and formulas to study complex biological phenomena. In cancer research there are three distinct threads in systems biology research: modeling biology or biophysics with the goal of establishing plausibility or obtaining insights, modeling based on statistics, bioinformatics, and reverse engineering with the goal of better characterizing the system, and modeling with the goal of clinical predictions. Using illustrative examples we discuss these threads in the context of cancer research.     

Production of useful secondary metabolites in plants: Functional genomics approaches

The paradigm of biological research has been changed by recent developments in genomics, high-throughput biology, and bioinformatics. Conventional biology often was based on empirical, labor-intensive, and time-consuming methods. In the new paradigm, biological research e is driven by a holistic approach on the basis of rational, automatic, and high-throughput methods. New functional compounds can be discovered by using high-throughput screening systems. Secondary metabolite pathways and the genes involved in those pathways are then determined by studying functional genomics in conjunction with the data-mining tools of bioinformatics. In addition, these advances in metabolic engineering enable researchers to confer new secondary metabolic pathways to crops by transferring three to five, or more, heterologous genes taken from various other species. In the future, engineering for the production of useful compounds will be designed by a set of software tools that allows the user to specify a cell’s genes, proteins, and other molecules, as well as their individual interactions.     

From proteins to systems: the British Society for Proteomics Research (BSPR) meeting 2005

This report describes the highlights of the second scientific meeting of the British Society for Proteome Research (BSPR), jointly organised with the European Bioinformatics Institute (EBI), and held at The Genome Centre, Cambridge UK in July 2005. The theme of the meeting was "From Proteins to Systems" covering many diverse aspects of proteomics, bioinformatics and systems biology.     

生物信息学及其在新药发现中的应用

人类基因组计划和蛋白质组计划的开展,为生物医药研究提供丰富的生物学信息。而在这纷繁复杂的生物信息中寻找合适的药物作用靶标是生物信息学的重要目的之一。目前,生物信息学已成为新药发现的重要工具和手段。