有氧运动训练对女性毒品成瘾人群肠道菌群结构的影响

为探究有氧运动训练对女性毒品成瘾人群肠道菌群结构的影响,招募100名女性毒品成瘾者为实验对象进行12周有氧运动干预。在运动干预前后分别对受试者进行粪便样本采集,采用16S rRNA基因高通量测序技术分析吸食不同类型毒品女性成瘾人群运动前后肠道菌群的组成。结果表明,12周有氧运动干预可引起女性毒品成瘾人群肠道菌群物种多样性和优势群落菌属的丰度变化。主成分分析结果显示,运动前后传统毒品运动干预组（MC组）、新型毒品运动干预组（MX组）肠道菌群结构存在显著差异。在纲、目、科水平上,MC组在实验前后物种存在显著差异（P<0.05）,运动后纲水平上放线菌（Actinobacteria）和红蝽菌科（Coriobacteriaceae）丰度显著提高。在科、目水平上,MX组实验前后物种存在显著差异（P<0.05）,运动后双歧杆菌科（Bifidobacteriaceae）和双歧杆菌目（Bifidobacteriales）丰度显著提高。本研究旨在从肠道微生物角度,为运动干预改善女性毒品成瘾人群身心健康提供参考。     

新生犊牛不同时间段肠道微生物菌群结构的变化

了解犊牛在不同生长发育的过程中肠道菌群的建立及肠道菌群结构的动态变化。

采集不同时间点（1 d、3 d、6 d、9 d、12 d、24 d、36 d、48 d、60 d和72 d）新生6头健康犊牛的新鲜直肠粪便样本,利用16S rDNA测序技术及生物信息学测序方法,分析犊牛不同时间点的肠道微生物结构组成及多样性。

OTUs聚类分析中共有的OTUs有413个。Alpha多样性指数显示,随着日龄的增加,物种的相对丰度逐渐增多。通过不同组间相对丰度展示了在科水平不同种类物种的相对丰度,包括厌氧环境、致病菌等方面生成了物种丰富度柱形累加图。在厌氧环境中,梭菌科随着日龄的增加逐渐增加。真菌科在48 d后逐渐出现在肠道菌群中。毛螺菌科从犊牛出生就一直存在肠道中,并逐渐增加成为优势菌群。在致病菌中,肠杆菌科随着日龄的增加逐渐减少,梭菌与瘤胃球菌不断增加。

通过分析新生犊牛肠道微生物菌群多样性的动态结构变化,对新生犊牛胃肠道微生态环境的改善和免疫调控及其生产性能具有重要的意义。

     

绝经综合征患者肠道菌群特征

研究绝经综合征患者的肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。

选取77例绝经综合征患者为病例组（P组）,24例绝经前后健康女性为健康对照组（H组）,采用16S rRNA基因测序技术检测两组对象肠道菌群结构,计算临床参数与肠道菌群的Spearman相关系数并采用PICRUSt2进行菌群的功能预测。

两组对象肠道菌群的alpha和beta多样性差异均无统计学意义（均P＞0.05）。LEfSe分析显示两组对象肠道菌群存在显著差异的物种（种水平）有14个（LDA分数＞2.0）。Spearman相关分析发现,雌二醇与聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌均呈正相关（均P＜0.05）,这3种细菌在绝经前后健康女性中数量较高,而卵泡刺激素、黄体生成素水平与上述3个物种均呈负相关（均P＜0.05）。功能预测显示,与心血管疾病和碳水化合物代谢相关的KEGG L3代谢途径在P组患者肠道菌群中富集（均P＜0.05）。

绝经综合征患者存在肠道菌群结构紊乱,表现为与性激素水平相关的聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌丰度降低,同时在绝经综合征患者中存在独特的代谢途径。

     

绝经综合征患者肠道菌群特征CSCD

目的研究绝经综合征患者的肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取77例绝经综合征患者为病例组(P组),24例绝经前后健康女性为健康对照组(H组),采用16S rRNA基因测序技术检测两组对象肠道菌群结构,计算临床参数与肠道菌群的Spearman相关系数并采用PICRUSt2进行菌群的功能预测。结果两组对象肠道菌群的alpha和beta多样性差异均无统计学意义(均P>0.05)。LEfSe分析显示两组对象肠道菌群存在显著差异的物种(种水平)有14个(LDA分数>2.0)。Spearman相关分析发现,雌二醇与聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌均呈正相关(均P<0.05),这3种细菌在绝经前后健康女性中数量较高,而卵泡刺激素、黄体生成素水平与上述3个物种均呈负相关(均P<0.05)。功能预测显示,与心血管疾病和碳水化合物代谢相关的KEGG L3代谢途径在P组患者肠道菌群中富集(均P<0.05)。结论绝经综合征患者存在肠道菌群结构紊乱,表现为与性激素水平相关的聚集杆菌、动物双歧杆菌动物亚种和吉氏不动杆菌丰度降低,同时在绝经综合征患者中存在独特的代谢途径。     

肠道菌群在结直肠癌患者和健康人群中的差异分析

目的 分析结直肠癌患者与健康人的粪便微生物群落,以及结直肠癌组织与癌旁组织菌群差异,期望发现肠道内菌群差异与结直肠癌的相关性。方法 选取2021年9月至2022年10月包头市中心医院收治的结直肠癌患者和健康者,共收集60例样本,其中收集结直肠癌患者粪便11份,记为A组。采集结直肠癌组织20份,对应的癌旁组织20份,分别记为B组、C组。同时收集健康人粪便9份,记为D组。送测序公司进行菌群测序,分析A组与D组、B组与C组之间菌群的组成及多样性情况。结果 共获得4 335646条高质量扩增序列,按97%的序列相似度进行归并,与Greengenes数据库进行物种注释对比,生成特征性序列OTU和丰度数据表格。多样性稀释曲线趋于平缓,表明本次测序覆盖了绝大多数物种。在门水平上,优势菌在A、B、C、D组中大致一致,其中壁厚菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）占据了肠道菌群的90%以上,A组与D组、B组与C组间未见相对丰度有差异的细菌。在属水平上,Lachnobacterium在D组相对丰度高于A组,且差异有统计学意义（Z=-2.309,P=0.027）,瘤胃球菌（Ruminococcus）在A组相对丰度高于D组,且差异有统计学意义（Z=-2.309,P=0.027）。Chao1指数反映物种丰富度,Shannon指数反映物种多样性。A组的Chao1指数低于D组,且差异有统计学意义（Z=-3.001,P=0.003）。Chao1指数在B组与C组间差异无统计学意义。对于Shannon指数,A组与D组、B组与C组间差异均无统计学意义。对于菌群beta多样性,A组、D组之间菌群的beta多样性上存在着显著结构差异,且差异具有统计学意义（F=2.684,P=0.004）,但B组、C组之间beta多样性差异无统计学意义。对于菌群差异物种筛选,A、D两组间相比,结直肠癌组（A组）出现6个差异物种,分别为瘤胃球菌属（g＿Ruminococcus）、 f＿Haliangiaceae、 f＿[Tissierellaceae]、梭杆菌门（p＿Fusobacteria）、梭杆菌目（o＿Fusobacteriales）、梭杆菌纲（c＿Fusobacteriia）。在健康对照组（D组）中,鉴定出14个差异物种,分别为厚壁菌门（p＿Firmicutes）、梭菌目（o＿Clostridiales）、梭状芽胞杆菌纲（c＿Clostridia）、g＿Lachnobacterium、疣微菌科-瘤胃球菌属（f＿Ruminococcaceae＿g＿Ruminococcus）、毛螺菌属（g＿Lachnospira）、f＿Christensenellaceae、交替单胞菌目（o＿Alteromonadales）、柔膜菌纲（c＿Mollicutes）、软壁菌门（p＿Tenericutes）、 o＿RF39、嗜热油菌纲（c＿Thermoleophilia）、副球菌属（g＿Paracoccus）、诺卡菌科（f＿Nocardiaceae）。对于组织样本,经过LEfSe分析后,未见结直肠癌组织与癌旁组织间存在差异物种。结论 在门、属水平上优势物种和相对丰度存在差异,其中梭杆菌可能是参与结直肠癌的发生菌群。结直肠癌患者菌群的丰富度显著降低,患者与健康者相比,存在菌群群落的结构分离,同时结直肠癌患者的产短链脂肪酸的细菌相对丰度显著减少,以及机会致病菌的增多,提示结直肠癌患者存在一定的菌群失衡现象。结直肠癌组织与癌旁组织的菌群相对丰度、多样性未见明显的改变,菌群的结构也无明显分离,提示菌群在癌与癌旁组织之间可能不存在差异。     

IgA肾病与膜性肾病患者肠道微生物菌群结构分析

【背景】越来越多的证据表明肠道失衡与免疫介导的疾病相关,但肠道菌群和免疫介导的肾脏疾病之间的关系仍不清楚。【目的】通过Illumina高通量测序方法对IgA肾病(immunoglobulin A nephropathy, IgAN)、膜性肾病(membranous nephropathy, MN)患者和健康人群的肠道菌群进行比较。【方法】回顾性选择2020年9月–2021年12月期间,在甘肃省人民医院肾内科行肾穿刺活检并诊断为IgAN及MN患者的新鲜粪便标本,分别编号为IgAN组和MN组,收集体检中心健康人群粪便标本作为健康对照组,每组样本为10例。采用高通量测序技术对粪便样本中所有细菌的16S rRNA基因V3-V4区进行DNA测序,然后进行分类操作单元(operational taxonomic units, OTU)、物种分类、α多样性、β多样性等分析,比较3组之间的肠道菌群差异。【结果】与健康对照组相比,门水平上IgAN组的变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)比例明显增高,分别为18%vs. 4%和18.3%vs. 5%;属水平上I...     

肠道菌群与过敏性紫癜肾损伤的相关性

目的探讨过敏性紫癜肾炎（HSPN）患儿、非HSPN患儿及健康儿童肠道菌群组成差异,分析其菌群结构变化与肾损伤的相关性,为过敏性紫癜肾损伤的发病机制研究及临床防治提供参考。方法选取2024年1月至2024年12月河南中医药大学第一附属医院收治的过敏性紫癜患儿68例,根据病情分为HSPN组（n=33）和非HSPN组（n=35）。选择同期健康儿童23例为对照组。收集各组儿童一般资料、临床指标及粪便样本,采用16S rRNA基因测序分析肠道菌群结构,并进行alpha多样性分析、beta多样性分析、门/属水平丰度比较;采用LEfSe分析筛选差异菌属,并采用Spearman相关性分析差异菌属与临床指标的关联。结果各组儿童肠道菌群ACE指数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数差异均无统计学意义（均P＞0.05）。Beta多样性分析显示,三组菌群结构差异显著（R²=0.118,P=0.001）。HSPN组和非HSPN组肠道厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度均低于对照组,而拟杆菌门（Bacteroidota）相对丰度均高于对照组（均P＜0.05）。非HSPN组和HSPN组普雷沃菌属（Prevotella）相对丰度高于对照组,而布劳特菌属（Blautia）相对丰度低于对照组（均P＜0.05）。LEfSe分析显示,HSPN组显著富集副萨特菌属（Parasuttlerella）、克雷伯菌属（Klebsiella）和Ruminococcus gnavus group,非HSPN组显著富集Clostridia UCG 014、另枝菌属（Alistipes）、普雷沃菌属和Eubacterium coprostanoligenes group。相关性分析显示,上述差异菌属与24 h尿蛋白定量、尿β−N−乙酰氨基葡萄糖苷酶、胆固醇水平等临床指标均具有相关性（均P＜0.05）。结论HSPN患儿存在肠道菌群失调,肠道差异菌属与肾脏损伤指标具有相关性,肠道菌群失调可能参与HSPN的发生发展。     

IgA肾病患者与健康人肠道菌群的比较

目的 通过16S rRNA高通量基因测序方法对IgA肾病患者与健康人的肠道菌群进行比较。 方法 纳入生活于同一地区的40例IgA肾病患者与10例健康人,收集研究对象的新鲜粪便样本,提取粪便细菌总DNA,通过PCR扩增后上机测序,然后进行可操作分类单元聚类、物种分类分析及Alpha多样性分析、Beta多样性分析,最后比较两组之间的肠道菌群差异。 结果 与健康人相比,IgA肾病患者肠道菌群丰富度指数(Ace、Chao1)下降(u=2.308,P=0.033;u=2.259,P=0.039),多样性指数(Shannon、Simpson)升高(u=5.370,P结论 IgA肾病患者存在肠道菌群失调,显著减少的肠杆菌科的未知属可能是IgA肾病的特征菌,其对机体免疫的影响及在IgA肾病发生发展中的作用尚不清楚,进一步研究可能为IgA肾病的防治提供新的靶点。     

基于高通量测序的抑郁症患者肠道菌群结构分析

为了调查抑郁症患者的肠道微生物特征并验证肠道微生物是否可以成为抑郁症干预的新靶点,本研究共收集19例抑郁症患者和20例健康人的粪便样本进行16S rRNA高通量测序,并采用抑郁症自我评估量表(PHQ-9)、广泛性焦虑障碍量表(GAD-7)对参与者进行评估。基线微生物群分析显示,与健康人相比,抑郁症患者肠道菌群的Alpha多样性无群落级差异。差异物种分析表明,在抑郁症组中存在大芬戈尔德菌(Finegoldia)、干酪乳杆菌(Lactiaseibacillus)、肠杆菌目(Enterobacterales)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、纺锤链杆菌属(Fusicatenilbacter)、梭状芽孢杆菌(Clostridia) 6种标志性微生物。相关性分析表明,健康组中显著富集的粪球菌属(Coprococcus)与抑郁焦虑水平呈明显负相关。本研究基于肠道微生物16SrRNA的高通量测序来解析抑郁症患者的肠道菌群结构和组成,并为缓解抑郁症的临床症状提供了潜在的微生物干预靶点。     

采用高通量测序技术研究抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的 探讨不同浓度抗生素对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响,并预测相关功能变化。方法 15只SPF级ICR小鼠随机分为正常组、低浓度抗生素组和高浓度抗生素组,连续灌胃5 d后,采集小鼠新鲜粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA V3‒V4区进行高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果 高、低浓度抗生素组小鼠肠道菌群组成与正常组存在明显差异。与正常组相比,高剂量组小鼠肠道肠球菌属、志贺埃希菌属相对丰度显著升高（t=‒2.71,P=0.026;t=‒2.30,P<0.05）;分节丝状菌属、拟普雷沃菌属相对丰度显著降低（t=2.88,P=0.020;t=2.49,P=0.037）,理研菌属极显著降低（t=3.79,P=0.005）。低剂量组小鼠肠道菌群变形菌纲成为优势菌,芽胞杆菌属、粪球菌_2、苏黎世杆菌属、普雷沃菌属_2、普雷沃菌属_7、志贺埃希菌属、沙雷菌属和放线菌属等相对丰度显著升高（均P<0.05）;梭杆菌属、泛菌属极显著升高（t=‒3.19,P=0.013;t=‒3.50,P=0.008）;分节丝状菌属、理研菌属相对丰度显著降低（t=2.69,P=0.028;t=2.33,P=0.048）。PICRUSt功能预测分析显示,抗生素组显著增加人类疾病、细胞过程和环境信息处理功能层的基因拷贝数,显著降低有机系统、遗传信息处理和代谢功能层的基因拷贝数。结论 广谱抗生素能破坏小鼠肠道的微生态平衡,有必要深入研究抗生素对心血管、免疫性、感染性及神经退行性疾病发展的潜在作用。     

慢性阻塞性肺疾病小鼠肠道免疫球蛋白A包被微生物组成及基因功能分析

【背景】小气道免疫球蛋白A (immunoglobulin A,IgA)在慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的病理生理学中发挥着重要作用。然而肠黏膜来源的IgA在COPD病程中的作用及包被微生物群尚不明确。【目的】探讨COPD小鼠肠来源IgA包被肠道微生物组成、丰度及菌群基因功能变化。【方法】采用鼻腔滴入脂多糖和熏香烟法相结合建立COPD小鼠模型。收集COPD小鼠和野生型小鼠粪便样品各12份,IgA磁珠分选IgA包被的肠道微生物菌群,16S rRNA基因高通量测序分析其组成及功能。【结果】通过比较两组肺组织切片染色、平均内衬间隔(mean linear intercept,mLI)和肺泡灌洗液炎症因子浓度证实COPD模型鼠建模成功。OTU和主成分分析(principal component analysis,PCA)均发现两组间粪便样品中肠来源IgA包被微生物群落差异大,具有可比性。α多样性分析显示两组间物种多样性无显著统计学差异(P>0.05)。物种组成分析显示：两组肠来源IgA包被的菌群结构和菌群差异具有统计学意义(P<0.05)。COPD组的菌群结构中显著富集的菌目是：蛭弧菌目(Bdellovibrionales)、梭菌目(Clostridiales)和双歧杆菌目(Bifidobacteriales);科层面分类中富集的主要是：普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、类芽孢杆菌科(Paenibacillaceae)、蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)及双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae);菌属层面分类上主要富集拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)、狭义梭菌属(Clostridium-sensu-stricto)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、粪杆菌属(Faecalibacterium)、吸血弧菌属(Vampirovibrio)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)。菌群差异基因通过京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库通路富集分析结果显示COPD组细胞生长与死亡、核苷酸代谢以及消化系统相关通路明显上调,而膜运输相关通路显著下调。【结论】COPD小鼠肠来源IgA包被肠道微生物存在紊乱及基因功能失调。     

基于16S rRNA基因扩增子测序分析日本囊对虾肠道菌群结构与功能的特征

【背景】肠道菌群在对虾的生理活动中起关键作用。日本囊对虾是我国海水养殖虾类中的主要品种之一,迄今为止有关其肠道菌群结构与功能的研究还鲜有报道。【目的】利用高通量测序技术探究日本囊对虾肠道菌群的组成结构与功能作用,揭示虾体肠道菌群与外源菌群结构间的相关性。【方法】60 d的养殖周期结束后,分别采集日本囊对虾肠道样品(归为虾肠组,n=3)、养殖水体样品(归为水体组,n=3)和对虾饲料样品(归为饲料组,n=3),提取各样品总DNA进行16SrRNA基因扩增子测序,基于生物信息学方法分析与比较样品间的菌群结构特征,并使用PICRUSt软件预测日本囊对虾肠道菌群功能。【结果】3组样品测序共获得822 713条有效序列,抽平处理后可聚类为3 416个OTU。虾肠组样品中有28.49%、59.30%的OTU可以依次在水体组、饲料组样品中检测到。门水平上,虾肠组样品中的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和梭杆菌门(Fusobacteria)。水体组、饲料组与虾肠组样品中的优势菌门结构不尽相同,但均由变形菌门和拟杆菌门组成。属水平上,虾肠组样品中的优势菌属包括弧菌属(Vibrio)、另类弧菌属(Aliivibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假黄棕杆菌属(Pseudofulvibacter)、科尔韦尔氏菌属(Colwellia)、小纺锤状菌属(Fusibacter)、发光杆菌属(Photobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)以及弓形杆菌属(Arcobacter)。水体组和饲料组中检出的核心菌属结构与虾肠组相比有明显差异,其中海命菌属(Marivita)和假单胞菌属(Pseudomonas)分别为养殖水体及对虾饲料样品中的最优势菌属。PICRUSt预测结果显示,日本囊对虾肠道菌群的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包含氨基酸代谢、碳水化合物代谢与能量代谢等。【结论】日本囊对虾肠道菌群与其他种类对虾肠道菌群的结构间存在共性,其形成在一定程度上受到了外源菌群的干预,并在虾体的日常代谢活动中发挥了一定的作用。     

基于16S rRNA基因测序对圈养松鼠肠道菌群的多样性分析及功能预测

通过研究圈养松鼠(Sciurus vulgaris)的肠道菌群,旨在科学指导人工养殖松鼠,保证其营养与健康。以人工饲养松鼠为研究对象,采集其新鲜粪便样品,应用16S rRNA基因高通量测序技术,分析其肠道微生物的组成结构与多样性,并进行PICRUSt功能预测。结果表明,7份松鼠粪便样品共鉴定出1 365个有效OTU(Operational Taxonomic Unit, OTU),其中核心OTU数量为209个,分别隶属于22门57纲91目170科308属。在门水平上,松鼠的肠道微生物组成以厚壁菌门(Firmicutes, 44.93%±15.56%)、拟杆菌门(Bacteroidetes, 32.83%±11.18%)、变形菌门(Proteobacteria, 10.77%±7.85%)等为主,圈养松鼠的肠道菌群中厚壁菌门/拟杆菌门比率下降;在科水平上,丰度最高的包括乳杆菌科(Lactobacillaceae, 18.72%±14.81%)、拟杆菌科(Bacteroidaceae, 15.44%±9.08%)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae, 12.05%±7.04%)、鼠杆菌科(Muribaculaceae, 8.72%±9.03%)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae, 8.06%±6.98%)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae, 7.59%±6.34%)等;在属水平上,优势菌群有20个(相对丰度大于1%),占91.22%。圈养松鼠的α-多样性Chao指数为246.67～862.68,Shannon指数为2.66～4.07,Simpson指数为0.04～0.17。通过KEGG数据库对松鼠肠道微生物进行了PICRUSt功能预测,KEGG功能丰度较高的为消化纤维素和半纤维素的必需酶。综上所述,肠道微生物组成以及KEGG功能预测表明,圈养松鼠肠道微生物具有极强的纤维素分解基础,有必要在松鼠的日常营养中增加饲喂植物纤维类物质,力求食物多样化以平衡菌群。本研究揭示了圈养松鼠肠道菌群对饲养环境变化的响应规律,为松鼠的人工养殖、健康管理提供参考。