我国放线菌系统学研究历史、现状及未来发展趋势

放线菌系统学是以实现对放线菌进行分类、鉴定、命名为目标的基础学科, 因此它是放线菌资源研究和开发利用的重要理论基础。自20世纪50年代起, 我国放线菌系统学的奠基人阎逊初院士及同事们就开创了我国放线菌系统学的研究, 经过近六十年、几代人的艰苦努力, 我国放线菌系统学工作者在国际微生物系统学权威杂志(International Journal of Systematics and Evolutionary of Microbiology, IJSEM)发表的有关放线菌新分类单元的论文数量连续十年排名稳居前列, 部分学者在国际上发表的某些改良的分类技术和新修订的分类系统等为国际同行所广泛采用, 这些均标志着我国放线菌系统学研究在国际上已成为微生物系统学界的一支重要力量。本文全面介绍了我国放线菌系统学研究的发展历程, 同时对其发展现状给予理性分析, 并就未来发展方向进行了展望。     

嗜盐放线菌的研究进展

嗜盐放线菌是极端微生物的重要组成部分 ,也是一类极具应用前景的微生物资源。就嗜盐菌的分类标准、嗜盐放线菌的分离、分布及系统学研究的历史、现状及其发展趋势、应用前景进行了概述。同时还讨论了嗜盐放线菌的分离及其生理学、分类学研究中存在的问题及困难     

建立放线菌门的证据

放线菌是细菌域中的一个重要类群,其分类地位一直受到人们的关注。《伯杰氏细菌系统学手册》第二版,把放线菌从厚壁菌门中的一个纲提升为放线菌门。目前的研究发现,在细胞色素C氧化酶1亚基（Cox1）、CTP合成酶以及谷氨酰tRNA合成酶（GluRS）3个蛋白中存在着放线菌特异的插入或缺失序列,可以将放线菌与其它细菌区分开,为放线菌门的建立提供了新的有力证据。简述了国内外的研究信息,并提出了自己的一些观点,供国内学者参考。     

建立放线菌门的证据*

放线菌是细菌域中的一个重要类群,其分类地位一直受到人们的关注。《伯杰氏细菌系统学手册》第二版,把放线菌从厚壁菌门中的一个纲提升为放线菌门。目前的研究发现,在细胞色素C氧化酶1亚基(Cox1)、CTP合成酶以及谷氨酰tRNA合成酶(GluRS) 3个蛋白中存在着放线菌特异的插入或缺失序列,可以将放线菌与其它细菌区分开,为放线菌门的建立提供了新的有力证据。简述了国内外的研究信息,并提出了自己的一些观点,供国内学者参考。     

鼢鼠亚科 Mysopalacinae动物系统学研究现状与展望

现生鼢鼠是分布于东亚的一类典型地下啮齿动物,中国西部是其多个种的模式产地和主要分布区域。该类动物分布广、数量多,经济和生态意义重要,有关其控制和管理问题长期存有困扰。有效的物种管理离不开分类及生态学知识,但学界对该类群的分类地位与系统发育关系等至今仍有争议。随着分子系统学等现代科学技术的发展,其系统发育和分类地位等产生了许多新的研究结果。本文对近年来鼢鼠现存种系统学方面取得的研究进展进行了梳理,综述了鼢鼠亚科动物各系统分类的观点及其主要依据,分析了一些存在的问题,并就如何进一步分类研究等提出了建议,旨在促进鼢鼠亚科动物系统分类学研究的发展,为该类群物种资源合理利用与管理等提供基础资料。     

毛茛科分子系统发育研究进展

毛茛科(Ranunculaceae)在被子植物的系统演化中占有十分重要的地位,其系统位置和科下演化关系一直备受争议。近20多年的分子系统学研究表明,以往基于形态学的分类系统与分子系统学研究结果存在巨大差异。通过形态学性状界定的绝大多数亚科都没有得到分子系统学支持。此外,通过形态学确定的一些属如升麻属(Cimicifuga)、黄三七属(Souliea)、獐耳细辛属(Hepatica)、白头翁属(Pulsatilla)和水毛茛属(Batrachium)等,根据分子系统学研究均应予以归并。而分子系统学研究也确立了一些类群的属级地位,如露蕊乌头属(Gymnaconitum)等。以中国分布的毛茛科植物为例,通过以往分子系统学研究,共有10个属被归并,2个属新被确立。然而,毛茛科分子系统学研究对于科下许多类群之间的关系目前仍然没有得到很好的解决,如毛茛亚科和翠雀族等类群的系统发育关系仍需要进行深入研究后方能确定。该文对近年来国内外有关毛茛科的分子系统学研究进展进行了综述,并对该科尚存的一些问题和未来的研究方向进行了讨论。     

同功酶电泳图说类放线菌分类中的应用研究

从国内外收集部分放线菌的典型菌种,研究它们６种同功酶的凝胶电泳图谱。并进行了聚类分析。与现有分类方法比较,讨论了同功酶谱应用于放线菌分类的可能性及相关的问题,认为同功酶电泳图谱可以作为分类方法之一在放线菌分类中应用。     

同功酶电泳图谱在放线菌分类中的应用研究

从国内外收集部分放线菌的典型菌种,研究它们6种同功酶的凝胶电泳图谱。并进行了聚类分析。与现有分类方法比较,讨论了同功酶图谱应用于放线菌分类的可能性及相关的问题。认为同功酶电泳图谱可以作为分类方法之一在放线菌分类中应用。     

臧穆先生发表的论著及新物种

<正>臧穆先生一生勤奋、刻苦,在真菌分类与系统学研究领域,对担子菌门和子囊菌门的许多类群进行了研究,特别是对我国牛肝菌目、蘑菇目、腹菌类和部分子囊菌都有深入研究;对苔藓中的一些类群也曾开展过分类研究,并有所建树。在牛肝菌目的研究中,先生倾注了毕生精力。该目是担子菌中最为复杂、争议最多和分类难度最大的     

基因组时代的放线菌系统分类学及其研究进展

由于放线菌在生物技术、医药卫生和环境治理等领域中的实际重要性,已经成为人们研究得最为深入的微生物类群之一。现代放线菌分类学是建立在对16S rRNA基因保守分子序列的系统发育学分析基础上、综合利用多种微生物信息的多相分类学(polyphasic taxonomy)。随着大规模基因测序技术的飞速发展,已经完成了超过100株放线菌的全基因组序列。近年来发展起来的"基因组系统发育学"有助让人们更加系统地理解放线菌类群的发生、演化,以及不同生境类群之间的相互关系。随着越来越多的以系统发育学为指导的基因组测序研究项目,例如"细菌和古菌基因组百科全书(Genomic Encyclopedia of Bacteria andArchaea,GEBA)计划"的出现,标志着放线菌系统学进入了基因组学研究时代。本文对基因组时代的放线菌系统学方法,以及国内外的相关研究成果进行综述。     

同功酶电泳图谱在放线菌分类中的应用研究*

从国内外收集部分放线菌的典型菌种,研究它们6种同功酶的凝胶电泳图谱。并进行了聚类分析。与现有分类方法比较,讨论了同功酶图谱应用于放线菌分类的可能性及相关的问题。认为同功酶电泳图谱可以作为分类方法之一在放线菌分类中应用。     

放线菌的分子分类

在放线菌分类学研究中,最初是根据形态特征、生理生化特征等表观分类学特征进行研究。随着分子生物学的飞速发展,放线菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平。分子分类在放线菌分类研究中起到越来越重要的作用,目前放线菌的分子分类研究主要包括:G Cmol%测定、DNA杂交、核酸结构分析以及DNA指纹图谱分析等方面。     

杨属植物分类的研究进展和展望

自林奈建立杨属（Populus）以来,众多的学者对杨属的分类进行了研究,并建立了较多的分类系统。目前的国际杨属分类,总体上还停留在传统形态分类阶段,存在明显的地域和国别特征。尽管各国在主流上都采用“属—组—种”的分类阶元,但在种、亚种、变种的划分上,却存在很大的不同。中国和美国分别是细分派和聚合派的代表,两国的分类系统存在很大分歧,但各有优点和缺点。即使在国内,杨属分类也还有很多需要解决的问题。新兴的分子系统学研究,为杨属的分类修订提供了一些有益参考,但总体贡献不大。国际杨属分类的趋势和终极目标是建立基于系统发生的统一分类系统。这需要基于种群和综合物种概念,融合形态学、生态学、生物地理学、基因组生物信息学和进化生物学等的综合系统分类来实现。     

蜱类分类系统的变更

随着分子生物学技术在蜱类研究中的应用,及对蜱类系统发生的深入研究,蜱的分类及命名发生了很大变更。而中国在这一领域的研究还停留在20世纪90年代,分类系统过时。文章对中国曾经采用的蜱类分类系统与现今世界上普遍认可的分类系统进行了详细比较,以期引起注意,从而促进蜱类系统学及其他研究领域的发展。     

《伯杰氏鉴定细菌学手册》和“伯杰氏国际系统微生物学学会”历史回顾、发展现状及未来展望

2023年是《伯杰氏鉴定细菌学手册》出版一百周年。《伯杰氏鉴定细菌学手册》的诞生，旨在建立起原核微生物分类的明确标准，开启对原核微生物分类学探索的使命。随着生物学、物理学、化学、分子生物学、生物信息学及其相关研究技术的发展及学科交叉，微生物分类学逐渐发展为以系统发育和多相分类为基础、研究微生物物种进化与生物学特性和物种间相关性的学科，因此新发现的微生物物种及其生物学特征信息增加迅猛，该手册在2015年改名为《伯杰氏古菌与细菌系统学手册》，并采用了电子版，使得更新快捷，为原核微生物系统分类学领域注入新的生机和活力。《伯杰氏鉴定细菌学手册》是微生物系统分类学的经典之作，为微生物学者提供微生物物种分类信息的同时，也在引领该领域的学者探索更为广阔的微生物世界。“伯杰氏国际系统微生物学学会”于2009年成立，旨在促进国际微生物领域的学术交流，推动原核微生物系统分类学的发展。本综述全面回顾了《伯杰氏鉴定细菌学手册》和“伯杰氏国际系统微生物学学会”的发展历史及最新进展，并对其未来发展方向进行了展望。     

柳属的分支系统学分析

基于61个广义的形态学性状,以杨属为外类群对柳属进行了分支系统学分析.经简约性分析,得到了21个同等简约的分支树,其严格一致树支持柳属为一个自然的分类群,但不支持将钻天柳属和心叶柳属从柳属中划分出去独立成属,也不支持对柳属进行属级水平上的细分,后两个结果得到孢粉学和分子系统学研究的支持.柳亚属为一个单系分支,皱纹柳亚属和黄花柳亚属也形成了一个单系分支.根据本研究的结果,建议将柳属划分为钻天柳亚属、柳亚属及黄花柳亚属3个亚属.由于较低的靴带支持率,其系统发育关系难于探讨.鉴于分支分析的一致性指数、保持性指数、各分支内部的支持率均不高,柳属的属下分类系统的划分有待进一步的研究.     

块菌属分子系统学及菌根共生机制研究进展

块菌属Tuber是一类珍贵的地下生外生菌根食药用真菌,具有重要的经济和生态价值。分子生物学技术的快速发展尤其是高通量测序技术在块菌属研究领域的应用,极大地推动了块菌属分类、系统学、生态、生化、菌根共生机制及人工种植等研究。本文重点从块菌的分子系统学、群体遗传学及菌根共生机制3个方面对近5年的研究成果进行综述,并对其研究和应用前景进行了展望。     

推进国家微生物资源平台建设,支撑微生物学科发展——“第七届全国微生物资源学术暨国际微生物系统与分类学研讨会”专刊序言

微生物资源是国家战略性生物资源之一,是支撑微生物学科发展与技术创新的重要基础。中国作为微生物资源的大国,近年来,通过"国家微生物资源平台"项目的建设,在微生物资源的分离、收集、保藏与共享等方面都取得了较大的发展。在我国微生物资源科技工作者的共同努力下,微生物新种的分离与发表也跃居世界首位。《微生物学通报》组织了本期"微生物资源"主题刊,旨在展示微生物资源学领域的最新进展,加强微生物资源学领域学术交流,提升我国微生物资源分类和系统学研究水平,促进微生物资源学科发展,推进国家微生物资源平台建设。     

细胞壁氨基酸的定量分析在放线菌分类中的应用研究

从国内外公认的各菌种保藏中心收集 70株典型放线菌菌株 ,用薄层层析和薄层色谱扫描仪分析两种方法相结合来定量分析放线菌细胞壁中氨基酸组成 ,将这些分析结果与现行的定性化学分类结果作比较 ,进行讨论 ,建议将原来的定性化学分类中胞壁类型的划分标准作出修正 ,从而对放线菌化学分类提供一些有意义的信息以推动放线菌化学分类学的研究。     

“悟出的结论令我震惊……”(英文)

阐述了对真菌经典分类与分子系统学研究的看法。