多叶重楼遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD技术检测了多叶重楼(Paris polyphyfzo)2个变种4个居群的遗传多样性,并与1个凌云重楼(P．cronquistii)居群进行了比较。选择的16个随机引物在5个居群中共检测到246个多态位点。在居群水平上,滇重楼2个居群的多态位点百分比(PP鳓分别为57．43％和54．67%,Shannon指数分别为0．3080和0．2830;七叶一枝花2个居群的PPB分别为56．33％和57．75%,Shannon指数分别为0、3080和0．3293。在变种水平上,滇重楼的PPB为75．14％,Shannon指数为0．3922,遗传分化系数(Gst)为0．3085;七叶一枝花的PPB为80．31％,Shannon指数为0．3992,遗传分化系数(Gst)为0．3726;在种的水平PPB达92．05%,遗传分化系数Gst达0．5151。聚类分析显示滇重楼和七叶一枝花有较近的亲缘关系,而与凌云重楼遗传距离较远。此结果从分子水平上支持了过去将滇重楼和七叶一枝花划分为1个种下2个变种的形态分类观点。     

西双版纳地区流苏石斛遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对西双版纳分布的兰科濒危植物流苏石斛（Dendrobium fimbriatum）5个居群共114个个体的遗传多样性进行了研究。从100条引物中筛选出了12条用于扩增,共检测到117个位点,其中105个为多态位点。分析结果表明,流苏石斛居群水平遗传多样性较低。在物种水平上,流苏石斛多态位点百分率PPB为89．74％,Nei’s基因多样性指数日为0．3227,Shannon’s多样性信息指数见。为0．4779;在居群水平上,各个居群的多态位点百分率PPB差异较大（6．84％～39．32％）,平均值为23．93％,Nei’s基因多样性指数H为0．0871,各个居群的Shannon’s多样性信息指数见平均为0．1290。AMOVA分析的结果显示,流苏石斛的遗传变异大多数存在于居群间,占总遗传变异的74．79％。基于Nei’s遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst=0．7443。各居群间的Nei’s遗传一致度（I）范围为0．5882～0．8331。Mantel检测发现,居群间的遗传距离和地理距离之间无显著的正相关关系（r=0．2419,P=0．2416）。鉴于流苏石斛的遗传多样性现状和居群遗传结构,我们建议对流苏石斛居群所有个体实施及时的就地保护,同时建立迁地保护居群,促进基因交流。     

利用ISSR标记对新疆白梭梭居群的遗传多样性分析

利用ISSR分子标记对新疆白梭梭4个居群,105个个体进行了遗传多样性的比较分析。在供试材料中,11个引物共扩增出171个多态位点,多态位点百分率为84．85％,4个居群的多态位点百分率差异在33．92％．40．35％之间。Shannon多样性指数（I）为0．3518,物种水平的Nei基因多样度（h）为0．3482。遗传变异分析表明,物种水平的居群间遗传分化系数Gst为0．6238,居群间的基因流Nm为0．3016。遗传分析表明吐鲁番居群和甘家湖居群的遗传距离最近。     

濒危植物连香树居群的遗传多样性和遗传分化研究

利用ISSR分子标记技术对濒危植物连香树10个居群的遗传多样性和遗传变异进行了分析,结果表明:连香树物种水平遗传多样性较高,多态位点百分率(PPB)达到69.59%,Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.231 3和0.351 4;而在居群水平上,多态位点百分率(PPB)为30.61%,Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.115 6和0.173 3。遗传变异分析表明,居群间遗传分化程度高,遗传分化系数(GST)为0.500 3,居群间基因流Nm为0.527 3。Mantel检测,居群间的遗传距离和地理距离之间不存在显著的相关性。生境的片断化使居群间的基因流受阻,可能是导致居群间高遗传分化和居群水平低遗传多样性的主要原因。     

青藏高原东部矮生嵩草遗传多样性的RAPD研究

基于随机扩增多态DNA（RAPD）方法分析了青藏高原东部矮生嵩草（Kobresia humilis）8个居群的遗传多样性及分化程度。14条随机引物共扩增出194个位点数,其中多态性片段168个。研究表明,矮生嵩草无论是在物种水平（多态条带比率PPB（％）为86．60％,Nei’s基因多样性（h）为0．2622,Shannon’s信息指数（I）为0．3983）,还是在居群水平（PPB=62．65％,h=0．2126．I=0．3185）,都具有较高的遗传多样性,居群的遗传多样性大小与生境有相关性。而且,用SPSS分析得出,8个居群的遗传多样性大小与海拔没有明显相关性。用AMOVA数据表明矮生嵩草的遗传变异主要分布在居群内（83．04％）,居群间变异较小（16．96％）。遗传分化指数Gst也显示了相似的结果（0．1891）。从矮生嵩草8个居群的遗传距离和聚类分析发现,以及用NTSYS对矮生嵩草8个居群的的遗传距离矩阵与地理距离矩阵间的关系进行Mantel检测,其结果表明各居群间的遗传距离与地理距离之间没有明显相关性（r=0．37779,P=0．9718〉0．05）。     

金花茶遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记对金花茶的4个自然分布居群的126份样品的遗传多样性水平进行了研究。用12条引物,共检测到105个清晰的扩增位点,其中多态性位点79个,多态位点百分率(PPB)为75．24％。采用POPGENE软件进行分析,结果表明：居群总的Nei’s基因多样性指数为0．2302,Shannon信息多态性指数为0．3502,金花茶总的遗传多样性水平较高。但金花茶居群内的遗传多样性相对较低。基因分化系数为0．5752,遗传变异主要存在于居群间。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,结果4个居群的样品各自聚在一起,而金花茶两间断分布区区内的居群又各自聚在一起。金花茶4个居群间的遗传距离与地理距离呈显著的正相关(r=0．68261,P=1．0000)。     

刚毛柽柳天然居群遗传多样性初探

柽柳是荒漠地区主要的灌木资源树种。以刚毛柽柳为代表,运用RAPD技术分析了广布于新疆境内9个刚毛柽柳(Tamarix hispida L．)天然居群的遗传多样性及居群间的遗传分化。10条随机引物检测到157个可重复的位点,其中多态位点155个,占总位点数的98．7％。由Shannon表型多样性指数和Nei基因多样性指数估计居群间遗传分化百分比分别为62．5％和55．30％,表明刚毛柽柳种内的遗传变异主要存在于居群间。根据以上结果,我们认为新疆境内刚毛柽柳天然居群的遗传多样性很丰富,居群间分化程度较高;繁育系统属于一种自交和不完全异交混合的交配类型;形成并维持其分布格局的主要因素是基因流的隔离。     

西双版纳地区流苏石斛遗传多样性的ISSR 分析

采用ISSR 分子标记技术, 对西双版纳分布的兰科濒危植物流苏石斛( Dendrobium fimbriatum) 5 个居群共114 个个体的遗传多样性进行了研究。从100 条引物中筛选出了12 条用于扩增, 共检测到117 个位点, 其中105 个为多态位点。分析结果表明, 流苏石斛居群水平遗传多样性较低。在物种水平上, 流苏石斛多态位点百分率PPB 为89 .74% , Nei′s 基因多样性指数H 为0 . 3227 , Shannon′s 多样性信息指数Hsp 为0 . 4779 ; 在居群水平上, 各个居群的多态位点百分率PPB 差异较大( 6.84% ～ 39.32% ) , 平均值为23.93% , Nei′s 基因多样性指数H 为0 . 0871 , 各个居群的Shannon′s 多样性信息指数Ho 平均为0.1290。AMOVA 分析的结果显示, 流苏石斛的遗传变异大多数存在于居群间, 占总遗传变异的74 . 79%。基于Nei′s遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst = 0 . 7443。各居群间的Nei′s 遗传一致度( I) 范围为0 . 5882～0 . 8331。Mantel 检测发现, 居群间的遗传距离和地理距离之间无显著的正相关关系( r= 0.2419, P=0.2416) 。鉴于流苏石斛的遗传多样性现状和居群遗传结构, 我们建议对流苏石斛居群所有个体实施及时的就地保护, 同时建立迁地保护居群, 促进基因交流。     

湖北野生天麻的遗传分化及栽培天麻种质评价

采用7条ISSR引物对天麻(Gastrodiaelata)8个自然居群和6个人工栽培居群共483个样本的居群遗传多样性进行了初步检测,共检测出清晰、重复性好的DNA带77条,其中64条为多态性带,总多态位点百分比PPB=83.12%。遗传多样性分析结果表明:天麻自然居群的遗传多样性参数分别为:多态位点百分比PPB=59.09%,有效等位基因数Ae=1.29,Nei’s遗传多样度H=0.176,Shannon’s多态信息指数I=0.270,明显高于人工栽培居群(PPB=35.71%,Ae=1.16,H=0.100,I=0.155),揭示出栽培居群存在明显的遗传基础狭窄和遗传均质性问题。UPGMA聚类分析表明,自然居群与栽培居群存在明显的分化而分别聚为两大类群。自然居群间基因分化系数GST=0.2558,与AMOVA分析所揭示的居群间遗传变异量占总变异的27.25%的结果相近,说明天麻自然居群间亦存在一定程度的遗传分化;居群间基因流(Nm)为1.4547,相对较弱,可能对自然居群的遗传分化有一定影响。自然居群聚类结果显示出一定程度的地理区域聚类趋势,但Mantel检验表明自然居群间遗传距离与地理距离并不存在显著相关(r=0.1669,P=0.2110),揭示出天麻自然居群的分化现状可能是其生活史特性、地理隔离与人为破坏综合作用的结果。栽培居群的遗传均质化趋势,揭示了引种驯化的瓶颈效应和长期无性繁育所导致的遗传多样性丧失,也反映出栽培天麻种质的遗传基础狭窄。而栽培居群与自然居群间存在着明显的遗传分化,反映天麻栽培居群与自然居群间可能存在基因流的阻断。     

新疆产药用植物黑果枸杞遗传多样性的ISSR分析

黑果枸杞（Lycium ruthenicum）隶属于茄科枸杞属,为重要的药用植物,主要分布于中国的西北部。目前该种野生”资源逐渐减少,开展对其居群遗传学研究有利于黑果枸杞野生种质资源的保护和可持续利用。采用ISSR分子标记对新疆南部黑果枸杞6个自然居群及甘肃2个自然居群共115个样品进行了DNA多态性分析。从60个随机引物中筛选出7个有效引物,共产生64条DNA片段,其中50条为多态性条带,多态位点百分率（PPL）为78．1％。相比较而言,黑果枸杞在物种水平上具有较高的遗传多样性,Nei基因多样性（H）和Shannon多样性指数（Ⅰ）分别为0．29和0．43。对黑果枸杞8个居群的AMOVA分析结果表明,其遗传变异主要存在于居群内（77．0％）,而居群间的遗传分化较小（23％,Fsr=0．23）。黑果枸杞各居群间的遗传距离在0．0570—0．1913之间变化。居群间的聚类及Mantel检验（r=0．3602,P=0．910）均表明新疆黑果枸杞居群地理距离与遗传距离之间的相关性不明显;黑果枸杞个体间UPGMA聚类结果表明,同一居群的个体不能完全聚在一起,来自新疆和甘肃两区域的黑果枸杞材料也不能完全分开。探讨了可能造成上述居群遗传结构模式的主要因素,同时提出了今后对新疆南部黑果枸杞保护工作中需进一步解决的问题。     

Asymmetrical introgression between two Morus species (M. alba, M. rubra) that differ in abundance

Asymmetrical introgression is an expected genetic consequence of hybridization when parental taxa differ in abundance; however, evidence for such effects in small populations is scarce. To test this prediction, we estimated the magnitude and direction of hybridization between red mulberry (Morus rubra L.), an endangered species in Canada, and the introduced and more abundant white mulberry (Morus alba L.) using nuclear (randomly amplified polymorphic DNA) and cytoplasmic (chloroplast DNA sequence) markers. Parentage of 184 trees (n = 42 using cpDNA) from four sympatric populations was estimated using a hybrid index and related to six morphological characters and population frequencies of the parental classes. Overall, the frequency of nuclear hybrids was 53.7% (n = 99) and ranged from 43% to 67% among populations. The parental and hybrid taxa differed with respect to all of the morphological traits. Sixty-seven percent of all hybrids contained more nuclear markers from M. alba than M. rubra (hybrid index x = 0.46); among populations, the degree of M. alba bias was correlated with the frequency of M. alba. In addition, the majority of hybrids (68%) contained the chloroplast genome of white mulberry. These results suggest that introgression is bidirectional but asymmetrical and is related, in part, to the relative frequency of parental taxa.     

Allozyme diversity in Macbridea alba (Lamiaceae), an endemic florida mint

Macbridea alba is a herbaceous perennial mint endemic to the panhandle region of Florida. We used starch gel electrophoresis to describe allozyme diversity and genetic structure in this federally threatened plant. Ten populations were analyzed, with an average sample size of 47 plants (range 41-48 plants) per population. Of the 22 loci analyzed, 11 (50%) were polymorphic, with an average of 36.2% of the loci polymorphic within populations. Gene diversity measures for the species (Hes = 0.121) and for the populations (Hep = 0.099) were slightly higher than means found for other surveyed endemic plants. Compared to nine previously analyzed woody mints, however, M. alba is genetically depauperate. Little genetic structure was evident within the species, with 92% of the total genetic variation found within populations. Genetic identities between population pairs were high (mean I = 0.98). The perennial life habit of M. alba and long-distance pollination by bumblebees may contribute to the maintenance of genetic diversity within this threatened species.     

缺齿蓑藓(Macromitrium gymnostomum)的形态和遗传变异及其地理因素分析

缺齿蓑藓(Macromitrium gymnostomum Sull.Lesq.)广布于我国东南部,形态变异较大,与近缘种关系模糊。为了正确鉴定缺齿蓑藓形态变异范围,以及形态、遗传和地理因素三者的关系,对缺齿蓑藓11个地理居群106个样本配子体的13个形态性状进行了测定。结果显示,根据形态数据可将106份样本聚类成8个形态组。用13对ISSR引物获得了150个位点,其中148个为多态位点,多态位点百分率为98.67%; Nei's基因多样性在居群内占62.22%,在居群间占37.78%;居群间基因流(Nm)为0.8235,遗传分化指数(Gst)为0.3778。11个地理居群的遗传距离在0.0873～0.2363之间,平均为0.1508。基于148个多态位点可将106份样本聚成8个遗传组。缺齿蓑藓的形态变异有一定的遗传背景(r=0.159,n=106,P 0.2),地理因素对形态(r=0.309,n=106,P 0.01)和遗传(r=0.251,n=106,P 0.01)分化产生了极显著影响。     

小菜蛾不同地理种群遗传多样性的ISSR标记研究

为阐明小菜蛾Plutella xylostella不同地理种群的遗传多样性, 应用ISSR技术对我国小菜蛾8个地理种群的遗传多样性进行了研究分析。15条引物扩增出395条ISSR条带, 其中多态性条带占89.11%, 全部个体显示了各自独特的ISSR图谱。ISSR标记的遗传多样性分析结果表明： 小菜蛾无论在物种水平上（P=89.11%, H=0.2706, I=0.4286）, 还是在种群水平上（P=88.80%, H=0.2759, I=0.4349）都表现出较高的遗传多样性。其中, 北京南口种群内遗传变异最大, 海南海口和甘肃兰州种群内遗传变异最小, 南方地区（云南、 湖北）小菜蛾种群遗传多样性明显高于北方地区（北京、 天津、 山东、 黑龙江、 甘肃）种群。据种群变异来源分析, 有5.66%的遗传变异来自种群间, 94.34%的变异来源于种群内（N_m=8.3399）, 不同地理种群间没有明显的遗传分化。本文有关小菜蛾不同地理种群基因流动和遗传变异的研究为小菜蛾抗药性的控制及田间种群的综合防治提供了有价值的分子生物学依据。     

新疆主要造林树种对光肩星天牛的抗性

利用网室接种和树干套笼接种光肩星天牛Anoplophora glabripennis(Motschulsky)成虫的方法,于2005年～2006年在新疆光肩星天牛的发生疫区,进行10种主要造林树种对其抗性的测定试验。结果显示:2种接种试验结果基本一致,各试验树种都不同程度地受到光肩星天牛的危害,表现出不同的抗虫性。根据孵化幼虫数综合分析,判断出试验树种的抗性高低的顺序为:桑树、沙枣>胡杨、圆冠榆、新疆杨、白榆、箭杆杨>复叶槭、旱柳、馒头柳。另外根据网室内试验树种上出现的羽化孔判断,光肩星天牛在新疆巴音郭楞蒙古自治州1年发生1代。     

云南水稻地方品种月亮谷的群体多样性分析

月亮谷是云南元阳梯田种植历史悠久、种植面积最大的优良水稻地方品种之一,当地少数民族具有引种或换种的稻作习惯。为揭示这种稻作习惯对月亮谷群体遗传多样性的影响,本研究对该品种群体内和群体间进行了遗传多样性的比较和分析,目的是为更好地了解月亮谷的群体遗传结构,为持久利用地方品种提供理论依据。首先采用分层随机取样的策略从元阳梯田不同海拔获得24个原位栽培群体,采用形态指数分类法和抗病性测定对24个群体共720个单株样品的月亮谷进行形态学分类和稻瘟病抗性鉴定,并分析了这些单株材料在48个SSR位点的遗传多样性。研究结果表明,形态上月亮谷属于栽培稻的籼稻类型,其群体对稻瘟病具中抗水平,但无论是在群体内还是群体间,均普遍表现出明显差异,说明不同来源的月亮谷存在抗病功能表型上的变异;遗传多样性分析显示,48对SSR引物共检测出91个多态位点,多态性位点百分率为77.08%,Nei多样性指数平均值为0.064,变幅为0~0.4302。24个群体之间的遗传相似系数在0.9753~0.9866之间,群体内个体之间的遗传相似系数在0.86~1.00之间;AMOVA分析显示,以地理村寨作为自然居群单位,居群间的变异为3.36%,居群内群体间的变异为33.15%,居群内的变异为63.49%;聚类分析显示,村寨群体间的遗传多样性与村寨间的地理空间距离有一定相关性。     

Population Genetic Structure and Differentiaton of Parashorea chinensis(Dipterocarpaceae)

The genetic diversity and population differentiation of Parashorea chinensis, a rare and endangered dipterocarp, and listed in the Plant Red Book under Grade I, were examined using allozyme analysis of horizontal sliceable starch gel electrophoresis. Considering its narrow distribution, which was limited in the South & Southeast of Yunnan and Southwest of Guangxi, allozyme data for 16 loci of 11 enzymes in 9 natural population (as a comparison, two cultivated populations in Xishuangbanna Tropical Botanical Garden were analyzed) indicated extremely low level of genetic variability in these eleven populations with the proportion of polymorphic loci(P) ranging from 6.25% to 12.5%(mean 6.82%).     

Analysis of phylogenetic relationship among five mulberry (Morus) species using molecular markers.

Species identification in mulberry (Morus) continues to be a point of great debate among scientists despite the number of criteria such as floral characters, wood, and leaf anatomical and biochemical characters used to identify the species within this genus. However, no consensus system of classification has emerged. Hence, an investigation was undertaken with inter-simple sequence repeat (ISSR) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers to find out the possibility of using these DNA markers to confirm the identity of genotypes in a particular species. Fifteen ISSR and 15 RAPD primers generated 86% and 78% polymorphism, respectively, among 19 mulberry genotypes. The polymorphism among the species varied from 50% to 57% in ISSR markers and 31% to 53% in RAPD markers. Similarity coefficients were higher among the genotypes of M. latifolia, M. bombycis and M. alba. Cluster analyses separated genotypes of M. laevigata and M. indica from those of the other species. Population structure analysis of these species further showed high genetic differentiation coefficients (GST), high heterozygosity between two species (DST), and total heterozygosity among populations (Ht) coupled with considerably low gene flow (Nm) when M. laevigata was paired with other species. Based on these parameters and the result of cluster analysis it is concluded that M. laevigata can be considered as a separate species of mulberry, whereas the other four species may be grouped together and treated as subspecies.     

神农架地区濒危植物香果树的遗传多样性研究

用RAPD标记方法对神农架地区香果树4个自然居群的28个个体进行了遗传多样性分析,11个引物共得到71个扩增位点,其中多态性位点39个。POPGENE分析显示:在物种水平上,神农架地区香果树的多态性条带百分率为54.93%,Nei基因多样性指数(h)为0.1903,Shannon信息指数(I)为0.2856;而在居群水平上,上述3个指标平均值依次为16.2%、0.0578和0.0865。4个自然居群间的遗传分化程度较低,居群间的基因流(Nm)为0.2329。结果表明神农架地区香果树的遗传多样性较低,居群间基因流较低可能是香果树的致濒原因之一。     

Genetic relationships between selected Turkish mulberry genotypes (Morus spp) based on RAPD markers

Mulberry (Morus spp, Moraceae) is an important horticultural crop in Turkey, which is one of the main world producers of mulberry fruit. We evaluated the genetic relationships among 26 mulberry genotypes selected for agronomic characteristics, using RAPD markers. A total of 367 DNA markers were generated with 34 random primers. The highest genetic similarity (0.80) was observed between Oltu58 (M. nigra) and Olur90 (M. nigra) genotypes. The genotypes Oltu3 (M. alba) and Oltu18 (M. rubra) were the most distant (0.36). We found that the RAPD technique is a useful tool to discriminate mulberry genotypes at both the intra- and interspecific level. This type of information will aid in accurate identification of useful genotypes for breeding programs.