鸡8个功能基因5′-侧翼区与内含子的SNP多样性比较

本研究旨在探讨鸡功能基因5′-侧翼区的单核苷酸多态性(SNP)水平。作者以白来航鸡、隐性白洛克鸡、杏花鸡、丝羽乌骨鸡、固始鸡、红色原鸡为材料,扩增了GH、DDBC1、RIKEN、RASGRP3、IGF1、THRSP、VIP及PRL共8个基因的5′-侧翼区DNA序列。扩增序列全长为8,399bp,SNP的总数为161个,平均每52bp出现一个SNP。8个功能基因5′-侧翼区核苷酸多样性的θ均值和π均值分别为0.00620±0.00110和0.00559±0.00100。比较检验表明,5′-侧翼区的SNP多样性显著低于内含子区域。5′-侧翼区是基因表达的一个重要调控区域,在分子进化和系统发生过程中承受着比内含子区域更大的选择压,其较低的SNP多样性是适应性较好的表现。Tajima检验与Fu和Li检验表明,与鸡繁殖性状显著关联的VIP基因和PRL基因很可能是人工选择或自然选择的目的基因。     

鸡6个功能基因microRNA靶标区域SNP的生物信息学预测

GDF-8、IGF-I,IGF-III、IGF2R、,IGFBP2和GHR是鸡的重要经济性状候选基因.利用miRanda和Targetscan软件预测6个基因3'UTR潜在的microRNA靶标,并发掘靶标区域SNP位点.结果表明:在6个基因的26个microRNA靶标区域,共检测到125个SNP位点,在靶标及其5'和3'邻接等长侧翼区分别检测到47个,44个和35个SNPs位点,其中12个SNP定位于靶标种子序列互补区.种子序列互补区及其3'侧翼区的SNP位点可能会影响microRNA的调控,导致家禽的表型变异.     

犏牛FSHβ基因的5'端侧翼区的序列测定和比较研究

目的:为探求犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区的序列特征,揭示该基因的变异和对家畜产仔率的意义,方法:根据奶牛FSHβ基因的5’端侧翼区的基因序列设计引物,应用PCR方法扩增并克隆了犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区的序列,扩增序列长度为2022bp,包括5’端上游调控序列、第一外显子和部分第一内含子,并与奶牛该区段序列进行了比较研究。结果:序列分析结果表明:犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区与文献报道的奶牛该基因的同源性为98.37%。结论:这为研究杂交一代犏牛雄性雄性不育,为开展牦牛功能基因组计划和分子育种提供了一定的科学的理论依据。     

鸡6个功能基因microRNA靶标区域SNP的生物信息学预测

GDF-8、IGF-I、IGF-III、IGF2R、IGFBP2和GHR是鸡的重要经济性状候选基因。利用miRanda和Targetscan软件预测6个基因3′UTR潜在的microRNA靶标, 并发掘靶标区域SNP位点。结果表明: 在6个基因的26个microRNA靶标区域, 共检测到125个SNP位点, 在靶标及其5′和3′邻接等长侧翼区分别检测到47个、44个和35个SNPs位点, 其中12个SNP定位于靶标种子序列互补区。种子序列互补区及其3′侧翼区的SNP位点可能会影响microRNA的调控, 导致家禽的表型变异     

犏牛FSHβ基因的5'端侧翼区的序列测定和比较研究

目的：为探求犏牛FSHβ基因的5＇端侧翼区的序列特征,揭示该基因的变异和对家畜产仔率的意义,方法：根据奶牛FSHβ基因的5＇端侧翼区的基因序列设 计引物,应用PCR方法扩增并克隆了犏牛FSHβ基因的5＇端侧翼区的序列,扩增序列 长度为2022bp,包括5＇端上游调控序列、第一外显子和部分第一内含子,并与奶牛 该区段序列进行了比较研究.结果：序列分析结果表明：犏牛FSHβ基因的5＇端侧翼 区与文献报道的奶牛该基因的同源性为98.37%.结论：这为研究杂交一代犏牛雄性 雄性不育,为开展牦牛功能基因组计划和分子育种提供了一定的科学的理论依据.     

鳜鱼胰蛋白酶和淀粉酶与胃蛋白酶原基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR及RACE法,克隆得到鳜鱼(Siniperca chuatsi)肝胰脏胰蛋白酶(trypsin, Try)、淀粉酶(amylase, Amy)基因 cDNA全序列.结果表明,鳜鱼Try基因cDNA全长为896 bp,其中开放阅读框 (open reading frame,ORF)为744 bp,编码247个氨基酸. 序列同源性分析发现,鳜鱼Try与 斑马鱼(Danio rerio)、非洲爪蟾(Xenopus laevis)、 小鼠Try和人TRY氨基酸序列同源性分别为81.4%、75.3%、74.5%和71.4%.鳜鱼Amy 基因cDNA全长为1 647 bp,其中ORF为1 539 bp,编码512个氨基酸.鳜鱼Amy与斑马鱼 、非洲爪蟾、小鼠Amy和人AMY氨基酸序列同源性分别为79.7%、75.4%、71.9%和70.9%. 同时对鳜鱼基因组进行PCR,获得鳜鱼Try、Amy与胃蛋白酶原(pepsinogen, Pep)全基因组DNA序列.序列分析表明,鳜鱼Try基因由4个内含子和5个外显子组成,全长1 362 bp;鳜鱼Amy基因由8个内含子和9个外显子组成,全长4 267 bp;鳜鱼Pep基因由8个内含子和9个外显子组成,全长 4 032 bp,与其它脊椎动物基因结构相似.应用Genome walker方法在鳜鱼克隆得到长度分别为1 189 bp、413 bp和527 bp的Try、Amy和Pep基因的5′侧翼区序列以及1段长为704 bp的Pep 基因3′侧翼区序列,并利用相关软件预测其中具有多个可调节其表达的调控元件.鳜鱼Try、Am y和Pep基因组全序列的克隆及其序列、结构分析和分子系统进化等的研究,为鱼类消化代谢相关基因的生理功能及表达调控机理进一步研究提供依据.     

鲢鱼可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)基因cDNA全序列与5′调控区的克隆与分析

淡水鱼类可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)在微囊藻毒素去毒代谢过程中具有独特 的关键作用,因而也称为微囊藻毒素去毒酶. 从淡水食毒藻鱼类鲢鱼(Hypophthalmichthys molitrix)肝脏通过简并引物克隆微囊藻毒素去毒酶基因cDNA核心序列,应用5′RACE和3′RACE技术分别扩增该序列的5′末端和3′末端序列,最后通过序列拼接获得鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全序列. 序列分析结果表明,鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全长920 bp,其中5′-UTR长74 bp,3′-UTR长174 bp,编码区长672 bp,编码223个氨基酸. 应用基因组步行法,在鲢鱼克隆得到淡水鱼类微囊藻毒素去毒酶基因5′侧翼区878 bp序列. 与哺乳动物及海水鱼sGST基因不同,鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因的5′侧翼区,发现存在多个脂多糖反应元件(LPSRE),表明来源于毒藻的脂多糖可能对鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因表达有潜在调控作用.     

扩展青霉PF898碱性脂肪酶基因组DNA的克隆及序列分析

扩展青霉 (Penicilliumexpansum)PF898可产生一种具有重要工业生产价值的碱性脂肪酶(PEL) .在通过 3′RACE和 5′RACE获得PEL完整的cDNA序列的基础上 ,通过PCR方法首次克隆了该脂肪酶的完整的基因组DNA序列 (GenBank登录号为AF330 6 35 ) .该脂肪酶DNA全长 14 0 4bp ,包括PEL编码区、3′非翻译区和部分 5′非翻译区基因的序列 .编码区DNA由 1135个碱基组成 ,含有 5个内含子 ,大小分别为 5 8bp、4 7bp、5 0bp、5 6bp和 6 9bp .在已报道的丝状真菌脂肪酶中 ,PEL基因的内含子数量最多 ,而其大小与其它丝状真菌脂肪酶基因的内含子一样 ,均为只有几十个碱基的小内含子 .PCR扩增获得的PLEDNA序列还包括由 195个碱基组成的 3′端非编码区序列 ,74个碱基的部分 5′端非编码区序列 .PELDNA全长序列中的 - 2 4至 - 2 7nt为TATAbox ,终止码TGA下游15 6nt出现AATAAA序列 ,TGA下游 182位出现poly(A)尾 ,为典型的真核基因结构 .同源性序列分析表明 ,PEL与其它真菌来源脂肪酶的基因组DNA序列同源性约为 39%～ 4 9% ,PEL内含子之间或PEL内含子与其它丝状真菌脂肪酶基因的内含子之间的序列同源性约 4 2 %～ 5 7% .     

鸡卵清蛋白基因第一内含子和3′-调控区对外源基因表达的调控作用

探明鸡卵清蛋白基因(ov)第一内含子和 3'-调控区对目的基因表达水平的影响,为鸡输卵管表达载体的构建提供科学依据.用牛生长激素基因(BGH)poly A 序列替换鸡输卵管表达载体中 ov 3'-调控区,用限制酶消化法逐步删减第一内含子序列,获得5个表达人组织激肽释放(hK1)cDNA 的鸡输卵管表达载体,分别命名为 pOV2K、pOV3K、pOV4K、pOV5K 和 pOV6K.经翅静脉给产蛋鸡注射聚乙烯亚胺包裹的相同拷贝数重组载体,通过蛋清中酶活性定量检测评价不同载体的表达水平.结果表明:受控于 3.0kb ov 5'-和3'-调控区的 pOV2K 表达的重组酶活性明显高于用 BGH poly A 替换 3'-调控区的pOV3K;无内含子的pOV6K表达水平显著低于舍不同长度第一内含子的pOV3K、pOV4K 和 pOV5K,重组酶表达水平随第一内舍子的缩短呈逐渐下降趋势.该试验结果表明 ov 第一内含子和 3'-调控区对目的基因在鸡榆卵管细胞中的表达具有正调节作用,应当包括在鸡输卵管表达载体中.     

牛FABGL基因的克隆及其与牛生物经济学性状的相关分析

运用同源序列克隆技术结合反转录PCR技术和3′,5′cDNA末端快速扩增技术得到了牛FABGL基因的完整CDS,3′非翻译区和部分5′非翻译区.序列分析和生物信息学研究表明,所获得的牛FABGL基因的cDNA包含994个核苷酸和780 bp的开放阅读框及198 bp的完整的3′非翻译区.该基因编码260个氨基酸残基蛋白,在氨基酸水平上与人的同源基因具有高度的相似性(88%).采用PCR-SSCP方法,在递交的包含完整CDS的长为1 925 bp的该基因的基因组DNA序列(GenBank接受号DQ409814)1 065 bp 和1 792 bp处,分别发现了两个单核苷酸碱基突变Y=C/T,R=A/G;它们分别位于该基因的第五和第八内含子.对包含这两个多态位点的3个品种(安格斯、海福特和西门塔尔)牛的共179个个体等位基因频率与部分肉质及生长性状进行了关联分析,结果发现,在第八内含子内具有GG基因型的个体的肉用性能指数(4.283±.0.475kg/cm)较具有AA基因型个体的(4.008±0.465kg/cm)高(P≤0.01);而且同一位点具有GG基因型的个体的眼肌面积(73.380±13.005 cm2)显著高于具有AA基因型的个体(67.744±12.777 cm2)(P≤0.05).在第五内含子内,具有CC、CT、TT3种不同基因型的个体之间,平均日增重差异均达到极显著水平(P≤0.01),以具有TT基因型的个体平均日增重最高(0.652±0.330kg/d),CC基因型的最低(0.421±0.178kg/d).     

六种藓类植物茎的比较解剖学研究

通过对6种藓类植物,即褶叶青藓(Brachythecium salebrosum(Web.et Mohr.)B.S.G.)、湿地匐灯藓(Plagiomnium acutum(Lindb.)Kop.)、侧枝匐灯藓(Plagiomnium maximoviczii(Lindb.)Kop.)、大凤尾藓(Fissidensnobilis Griff.)、大羽藓(Thuidium cymbifolium(Doz.et Molk.)B.S.G.)和大灰藓(Hypnum plumaeforme Wils.)嫩茎和老茎的石蜡切片和显微观察发现,同一藓类植株的嫩茎和老茎,茎结构稳定,不同种藓类植物茎横切面具有不同特征.植物体茎横切面形状、表层细胞的层数、细胞大小和细胞壁厚薄、皮层细胞大小和形状、中轴的有无以及比例等特征可以作为藓类植物的分科分类依据之一.