方斑东风螺养殖环境中细菌数量变动与环境因子的相关性和主成分分析

该研究采用培养法与荧光显微计数法对方斑东风螺(Babylonia areolata)养殖水体和底沙的细菌数量进行了调查, 并监测主要环境因子, 包括水温、盐度、pH、溶解氧、水体氨氮(NH4+-N)、亚硝酸盐氮(NO2-N)、底质总氮(TN)、总磷(TP), 旨在掌握方斑东风螺养殖环境中细菌数量变化情况, 并探讨细菌数量与环境因子的关系。结果显示, 东风螺养成期水体总细菌(WTB)、异养菌(WHB)、弧菌(WV)数量分别为: 4.15×104—4.36×106 cells•mL–1、4.13×103—9.67×105 CFU•mL–1、1.83×102— 1.42×104 CFU•mL–1; 底沙中异养细菌(SHB)和弧菌(SV)数量分别为:1.26×106—3.69×107 CFU•g–1和6.25×104—2.07×106 CFU•g–1; 水体总细菌显著高于水体及底沙中异养菌及弧菌数。相关性分析结果表明, 水体总细菌数量与溶解氧(P<0.01)和亚硝酸盐氮(P<0.05)呈显著负相关, 与氨氮呈正相关(P<0.05); 水体异养菌与盐度呈显著正相关(P<0.05), 与溶解氧极显著负相关(P<0.01); 水体弧菌数量与温度呈负相关(P<0.05); 底沙弧菌数量与温度呈极显著负相关(P<0.01), 与盐度呈显著正相关(P<0.05), 底沙异养菌(SHB)与各环境因子无明显相关性。主成分分析结果表明, 温度与溶解氧在该养殖系统中占重要地位, 不同时期环境的主导因子存在差异。     

象山港网箱养殖区水体和沉积物的细菌生态分布

2006年1月和10月对象山港网箱养殖区细菌数量分布及群落结构进行研究,并与周边非养殖海域进行了比较。结果显示水体和沉积物细菌数量均呈现10月份1月份、网箱养殖区网箱外侧对照区近湾顶对照区近湾口对照区的分布特点,其中网箱养殖区水体异养细菌、弧菌数量分别在1.0×106—7.2×107CFU/L和1.6×105—1.3×106CFU/L之间,沉积物异养细菌、弧菌数量分别在5.9×102—6.1×105CFU/g和8.0×101—7.4×104CFU/g之间。网箱养殖区水体分离细菌89株,归属于12个属,其中不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、弧菌属(Vibrio)等为优势菌属;沉积物分离细菌136株,归属于10个属,其中假单胞菌属(Pseudomonas)、弧菌属(Vibrio)、芽孢杆菌属(Bacillus)、不动杆菌属(Acinetobacter)等为优势菌属。由于长期受到高营养盐、高有机质等外界条件的选择作用,网箱区及网箱外侧对照区海域的细菌群落多样性较低,某些特定的细菌类群富集。研究表明网箱养殖区的细菌分布和菌属组成特征与养殖自身污染密切相关,并且养殖过程对细菌群落产生的影响已扩展至网箱外侧的邻近海域。     

冰核细菌在我国北方玉米上的消长动态规律

研究证明,菠萝欧文氏菌(Erwinia ananas)为我国北方玉米上优势冰核细菌种类,占总体INA细菌95 %以上。采用定量定性和定期取样分离方法,首次研究INA细菌在玉米上的消长动态规律。结果表明:玉米不同生长发育阶段是影响INA细菌在玉米上数量分布和消长动态变化的重要因素,以抽雄至成熟期间分布INA细菌数量最多,高达10 7～10 8CFU/ g,比拔节至抽雄期高出2～3个数量级,比苗期至拔节期高出4～5个数量级;同时还指出,玉米不同播期,对INA细菌数量分布影响显著,差异很大,其中INA细菌分布数量消长变化,以正常播种(1.9×10 7CFU / g) >中期播种(7.9×10 5CFU/ g) >晚期播种(5 .0×10 4 CFU/ g) ;研究指出,处于抽雄至成熟期间的玉米上分布的INA细菌数量最多,因此期间(8月上旬至9月下旬) ,气温逐渐降低,昼夜温差大,田间结露多,加上玉米处于成熟阶段,抗INA细菌能力弱,这些因素有利于低温(5～2 0℃范围内生长)型INA细菌生长繁殖,故使INA细菌分布数量最多     

环境、病原、免疫因子三要素与池塘养殖对虾AHPND发生的关联性

为研究虾急性肝胰腺坏死病(Acute Hepatopancreas Necrosis Disease,AHPND)的发生与环境、病原和虾体免疫间的相互关系,文章对池塘养殖凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)AHPND发生及其环境、病原、虾体免疫因子进行持续性跟踪监测。结果表明,试验点的气温、水温、溶解氧(DO)、pH、盐度、氨氮(NH₄-N)和亚硝态氮(NO₂-N)波动范围为21—29℃、24.8—31℃、1.4—8.32 mg/L、8—8.91、34—50、0.01—0.26 mg/L和0.005—0.212 mg/L;水体可培养细菌和弧菌数量变化范围为3×10³—2.4×10⁵和2×10²—1.8×104 CFU/mL,虾体肝胰腺内可培养细菌和弧菌数量变化范围为9.8×10⁴—8.8×10⁶和3.9×10³—3.61×10⁶ CFU/g;16S rDNA鉴定结果显示,在...     

北京市五大水系水体浮游细菌的数量特征研究

为掌握水域浮游细菌数量分布特征及其变化情况,采用荧光显微镜细菌计数法（AODC）于2016年6月至2018年9月研究了北京市五大水系浮游细菌的数量特征。结果表明,各水系浮游细菌密度分别为潮白河水系（0.24～28.46）×104 cell/mL,大清河水系（1.34～64.00）×10⁴ cell/mL,永定河水系（0.17～6.77）×10⁴ cell/mL,北运河水系（0.24～64.00）×10⁴ cell/mL,蓟运河水系（0.80～112.00）×10⁴ cell/mL。SPSS相关分析表明,各水系浮游细菌密度与水体理化因子间的相关性存在明显差异,大清河水系细菌密度与TN（P<0.05）呈显著正相关,与TP（P<0.01）和ADP(P<0.01)呈极显著正相关;永定河水系细菌密度与TAN（P<0.05）和TP(P<0.05)呈显著正相关,与ADP（P<0.01）呈极显著正相关;蓟运河水系细菌密度与Chl-a（P<0.05）呈显著正相关;潮白河水系及北运河水系细菌密度则与各理化因子均无显著相关性。从浮游细菌数量来看,各水系水质均较好,其中永定河水系水质最优。     

象山港海域硝化细菌与反硝化细菌的时空分布特征及其与环境因子的关系

分别于2007年的7月(夏季)、11月(秋季)与2008年的1月(冬季)、4月(春季)采用高保真、无扰动重力柱状取样器替代常规抓斗式采样,研究了象山港海域表层海水、上覆水及沉积物中N素转化细菌(硝化细菌与反硝化细菌)丰度的时空分布特征,并采用主成分分析及多元逐步回归分析方法研究了影响该海域N素转化细菌时空分布的主要因素.调查期间,象山港海域水样和沉积物样品中N素转化细菌数量的变化范围分别为30×104～2.4×104 cells·ml-1和30×104～2.4×104 cells·g-1.表层海水、上覆水和沉积物中的硝化细菌数量均值分别2.24×103cells·ml-1、3.61×103 cells·ml-1和6.45×103 cells·g-1,表层海水、上覆水和沉积物中的反硝化细菌数量均值分别为4.84×103 cells·ml-1、5.31×103 cells·ml-1和3.12×103 cells·g-1.表层海水和上覆水硝化细菌数量均值冬季明显高于其他季节,而沉积物中硝化细菌数量均值为秋季、冬季高于其他季节;冬季、春季的反硝化细菌数量高于秋季、夏季.调查期间,象山港海域的硝化细菌及反硝化细菌的空间分布特征明显:垂直分布特征,反硝化细菌表现为表层海水高于上覆水及沉积物,而硝化细菌则表现为沉积物及上覆水高于表层海水;平面分布特征,象山港中部及支港与主港交汇处的站点N素转化细菌数量较高,近岸工农业活动造成的陆源污染及海水增养殖活动造成的养殖污染是造成此空间分布特征的主要因为.多元统计分析表明,N、P营养盐、DO、水温、盐度、有机质污染及初级生产力等是影响象山港海域N素转化细菌分布的主要因素.     

中国东海二甲基巯基丙酸内盐(DMSP)合成与降解菌的水平和垂直分布

【目的】二甲基巯基丙酸内盐(dimethylsulfoniopropionate,DMSP)及其裂解产物二甲基硫(dimethyl sulfide,DMS)在海洋硫循环中发挥重要作用。目前关于DMSP降解细菌的分布已有部分报道,但其合成细菌的研究才刚刚起步。本文拟研究中国东海水体DMSP合成与降解菌及基因的水平和垂直分布(1000m水深)差异,分析其对环境梯度变化的响应。【方法】利用流式细胞仪计数海水样品中微微型浮游生物的数量,通过荧光定量PCR和高通量测序手段定量测定DMSP合成基因(dsy B和mmt N)及物种、DMSP降解基因(ddd P和dmd A)及物种的丰度,分析其在东海海域水平及垂直方向上的分布差异。【结果】在垂直方向上,聚球藻、原绿球藻、微微型真核生物和异养细菌丰度随着水深的增加而先增后减,最大值位于30–50m附近。表层(4m左右)水体的DMSP合成及降解基因丰度最高,DMSP合成菌(如Alteromonas、Phaeobacter和Pelagibaca等)丰度也最高;随着水深增加,表层以下水体中DMSP合成及降解基因和物种丰度先增加后降低,峰值均出现在100–150 m;100 m以下,DMSP降解基因丰度迅速下降,而合成基因丰度下降程度较低,而且接近底层(500 m)时出现随水深逐渐增加的趋势。水平方向二者变化规律不明显。浅层水体(≤100 m)和深层水体(100 m)细菌群落结构存在显著差异,前者拥有较高比例的黄杆菌纲、放线菌纲和蓝细菌纲细菌,后者α变形菌纲细菌丰度较高。【结论】100m及以浅和100m以深的浮游细菌群落结构存在显著差异。表层水体中DMSP合成和降解细菌的丰度最高,100–150 m水体次之,但100–1022 m介导的DMSP合成和降解细菌丰度的变化趋势有较大差别。     

瓯江口春季营养盐、浮游植物和浮游动物的分布

研究2007年4月瓯江口海域(27°38′～28°02′N、120°50′～121°14′E)浮游生物空间分布特征,分析这一分布特征与营养盐和其他水文要素之间的联系.结果表明,悬浮物浓度、DIP和DIN分布特征均是近河口最高,由近河口向外数量逐渐减少.在灵昆岛南侧和东南侧近口门水域,是DIP和DIN的高值中心,但该水域高浓度悬沙使水体透光率较低,不利于浮游植物生长.在口门外侧海域,悬沙浓度已经明显降低,因而是浮游植物高密度区域.浮游植物和浮游动物丰度分布趋势基本相同,由内海向外海数量逐渐递减;其中,大型浮游动物丰度和浮游植物丰度,小型浮游动物丰度和浮游植物丰度之间显著地呈线性正相关关系.这一特征的形成,主要由瓯江口营养盐和悬浮物分布特征决定,浮游动物与浮游植物空间分布的一致性,很好地反映出浮游动物对浮游植物有效的下行控制,从而使水域生态系统在此季节保持稳定.     

洋底深部裂褶菌在不同环境条件的生长行为

[目的] 二甲基巯基丙酸内盐（dimethylsulfoniopropionate,DMSP）及其裂解产物二甲基硫（dimethyl sulfide,DMS）在海洋硫循环中发挥重要作用。目前关于DMSP降解细菌的分布已有部分报道,但其合成细菌的研究才刚刚起步。本文拟研究中国东海水体DMSP合成与降解菌及基因的水平和垂直分布（1000 m水深）差异,分析其对环境梯度变化的响应。[方法] 利用流式细胞仪计数海水样品中微微型浮游生物的数量,通过荧光定量PCR和高通量测序手段定量测定DMSP合成基因（dsyB和mmtN）及物种、DMSP降解基因（dddP和dmdA）及物种的丰度,分析其在东海海域水平及垂直方向上的分布差异。[结果] 在垂直方向上,聚球藻、原绿球藻、微微型真核生物和异养细菌丰度随着水深的增加而先增后减,最大值位于30-50 m附近。表层（4 m左右）水体的DMSP合成及降解基因丰度最高,DMSP合成菌（如Alteromonas、Phaeobacter和Pelagibaca等）丰度也最高;随着水深增加,表层以下水体中DMSP合成及降解基因和物种丰度先增加后降低,峰值均出现在100-150 m;100 m以下,DMSP降解基因丰度迅速下降,而合成基因丰度下降程度较低,而且接近底层（>500 m）时出现随水深逐渐增加的趋势。水平方向二者变化规律不明显。浅层水体（≤100 m）和深层水体（>100 m）细菌群落结构存在显著差异,前者拥有较高比例的黄杆菌纲、放线菌纲和蓝细菌纲细菌,后者α变形菌纲细菌丰度较高。[结论] 100 m及以浅和100 m以深的浮游细菌群落结构存在显著差异。表层水体中DMSP合成和降解细菌的丰度最高,100-150 m水体次之,但100-1022 m介导的DMSP合成和降解细菌丰度的变化趋势有较大差别。     

南黄海潮汐锋对浮游细菌生物量分布的影响

2 0 0 1年 5月 16～ 2 3日、6月 10～ 2 4日和 2 0 0 2年 6月 5～ 12日 ,利用“北斗号”船只对南黄海鱼产卵场进行了 3次专项调查。研究了潮汐锋断面叶绿素 a浓度、浮游细菌生物量的分布 ,目的是阐明潮汐锋的存在对浮游细菌生物量分布的影响。3个航次中的叶绿素 a浓度变化范围分别是 0 .0 6～ 2 .34mg/ m3(2 0 0 1- 0 5 )、0 .0 8～ 0 .9mg/ m3(2 0 0 1- 0 6 )、0 .14～ 3.0 4 mg/ m3(2 0 0 2 - 0 6 )。 3航次的聚球藻 (Synechococcus spp.)蓝细菌生物量变化范围分别为 7.6 2～ 2 2 .0 6 mg C/ m3(2 0 0 1- 0 5 )、8.5 3～2 7.5 2 mg C/ m3(2 0 0 1- 0 6 )、0 .6 9～ 5 5 .90 m g C/ m3(2 0 0 1- 0 6 )。异养细菌生物量变化范围分别为 7.5 6～ 5 1.82 mg C/ m3(2 0 0 1-0 5 )、8.5 4～ 2 4 .77mg C/ m3(2 0 0 1- 0 6 )、3.12～ 10 .0 5 mg C/ m3(2 0 0 2 - 0 6 )。而聚球藻蓝细菌对浮游植物总生物量的贡献 (CB:PB)平均值分别为 :5 8% (2 0 0 1- 0 5 )、77% (2 0 0 1- 0 6 )、31% (2 0 0 2 - 0 6 )。结果表明 :南黄海鱼产卵场在春末夏初 (5～ 6月份 ) ,叶绿素 a浓度最大值及次大值主要分布在锋区及其邻近的层化区2 0 m以浅位置 ;聚球藻蓝细菌生物量最大值主要分布于锋区及层化区表层和水体中层 ;异养     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.