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1.
采用ISSR分子标记技术对中国不同产地的35份山药种质资源进行遗传多样性分析,并用最小遗传距离逐步抽样法构建核心种质库。结果表明:(1)筛选出12个有效引物共扩增出142个位点,多态性比率为97.18%,平均Shannon’s信息指数(I)为0.4230,平均Nei’s基因多样性指数(h)为0.269 4,平均有效等位基因数(Ne)为1.427 1,平均等位基因数(Na)为1.971 8,说明35份山药种质遗传多样性很丰富。(2)聚类分析表明,种质间的遗传相似系数介于0.54~0.97之间,其中来源地不同的个别种质间的遗传相似系数也很高。(3)经6次逐步抽样,随着抽取种质数目的减少,种质库遗传多样性参数变化不明显,而多态性比率在其中5次逐步抽样中呈现下降趋势;但抽样4在抽样数是抽样前的31%时,多态位点率仍可达到抽样前的97.8%,说明抽样4所构建的山药核心种质库最具代表性。 相似文献
2.
利用SSR标记构建江西稻种资源核心种质库的研究 总被引:2,自引:0,他引:2
黎毛毛 《植物遗传资源学报》2012,13(6):952-957
以3187份江西地方稻种资源为材料,依据籼粳、早中晚、粘糯、糙米色和谷粒形状等5个质量性状进行分组,组内按8个稻作区再分为不同的亚组。利用SSR标记对各亚组和组内种质资源进行遗传多样性和聚类分析,建立了包括296份种质的江西地方稻种资源核心种质库,占资源总数的9.28%。 相似文献
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4.
山茱萸种质资源的ISSR遗传多样性分析与初级核心种质库的构建 总被引:4,自引:0,他引:4
采用ISSR 标记技术对不同来源地的48份山茱萸种质资源的遗传多样性进行了分析,并依据最小遗传距离逐步抽样法构建了该初级核心种质资源库.结果显示:筛选出的13个多态性引物共扩增出190个位点,多态性位点比率达93.16%,平均Shannon信息指数(I)为0.402 5,平均Nei's基因多样性指数(H)为0.259 4,平均有效等位基因数(NE)为1.425 0.聚类分析表明,种质间的遗传相似系数介于0.65~0.90之间,除个别种质外,48个种质聚类结果与地区来源有较高的一致性.随着抽取种质数目的减少,多态性比率明显降低,但种质库遗传多样性参数变化较小;抽样3构建的初级核心种质库最具代表性,抽样数是抽样前的30%左右,多态位点比率是抽样前的96.0%. 相似文献
5.
肖亮 《植物遗传资源学报》2013,14(1):37-42
利用33对SSR引物对来自中国16个省的46份野生芒(Miscanthus sinensis)种质进行遗传多样性分析。结果显示:(1)33对SSR引物共扩增出87条DNA条带,75条为多态性条带,占86.21%,条带大小范围80~310 bp;(2)遗传多样性参数分析结果:Shannon’s信息指数(I)变幅为0.020~1.522,平均为0.745,引物多态性信息含量(PIC)变幅为0.040~0.738,平均为0.445,遗传相似系数(GS)的变幅为0.315~0.933,平均为0.569,说明我国芒种质资源遗传基础宽,遗传多样性丰富;(3)相似系数UMPGA聚类结果与主成分分析(PCA)结果一致,可将46份种质分为3大类群,类群Ⅰ主要由中部芒组成,类群Ⅱ主要由北方芒组成,类群Ⅲ主要由南方芒组成,西南芒在每个类群中均有渗透,这一结果说明芒种质资源的遗传分化与其种源的地理分布有一定的相关性,但与地理起源不能完全吻合。 相似文献
6.
利用SSR分子标记检测黄淮夏大豆(Glycine max)初选核心样本的代表性 总被引:15,自引:2,他引:15
作物核心种质是用最小的样本代表其全部遗传资源的最大遗传多样性。为了检测大豆初选核心样本取样的代表性,本研究从黄淮夏大豆初选核心样本中,随机选取两个类群,其材料数分别为20份和14份;从保留种质的相应奥群中,分别随机选取6份和5份,共计45份材料,进行14个农艺性状和20对SSR引物的分析。对两组材料进行农艺性状聚类.保菌种质与初选核心种质聚在了一起;利用SSR分子标记数据聚类,也得到了相同的结果。初选核心样本两个类群材料的等位变异数分别为129个,136个;保留种质相应类群材料的等位变异分别为76个,71个;初选核心种质两个类群材料分别包合了整个资源86.00%和86.62%的遗传多样性。本研究为大豆核心种质构建及检测提供分子水平的依据。 相似文献
7.
半野生大豆种质资源SSR位点遗传多样性分析 总被引:25,自引:0,他引:25
利用12对SSR引物对67份半野生大豆种质进行了遗传多样性的检测分析,结果表明,12个位点共检测到184个等位基因变异,平均每个位点等位基因数目为15.41个,平均多态性信息量,平均遗传多样性指数,平均遗传距离分别为0.849,0.706,0.118,根据SSR分析结果,按欧式距离将67份半野生大豆种质聚类并划分为5个组群。 相似文献
8.
宁夏60份粳稻种质资源遗传多样性分析 总被引:3,自引:0,他引:3
陈小龙 《植物遗传资源学报》2013,14(2):226-231
试验用SSR分子标记对60份宁夏粳稻种质资源进行遗传多样性分析。103对SSR引物表现多态性的有58对,共扩增出212条多态性条带,等位变异范围为2~9,平均每对引物3.7个;多态性信息含量(PIC)变幅为0.032~0.788,平均为0.403;高多态性位点主要发生在3号、6号和11号染色体上,而无多态性或低多态性位点主要发生在1号和10号染色体上;成对供试材料的遗传相似系数GS值变幅为0.642~0.958,平均为0.790,单个供试材料的平均GS值变幅为0.710~0.816,平均为0.781,亲缘关系较近;UPGMA聚类表明,在遗传相似系数约0.785处,供试材料可被分为11类,大部分材料被聚在一类中。 相似文献
9.
加工番茄种质资源的SSR分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为探明加工番茄种质资源间的亲缘关系,利用SSR标记对20份加工番茄品种及育种材料进行了多样性分析。结果表明:从49对SSR引物中筛选出12对扩增稳定、条带清晰且多态性丰富的引物进行分析,共获得43个位点,多态性位点为37个,多态位点比率86%;供试材料间的遗传相似系数介于0.419~1.000之间,说明加工番茄种质资源间存在一定的遗传差异;通过UPGMA法聚类分析,将20份材料分为3大类群,其中亲缘关系较远的不同类群间及亚类间的种质资源可作为杂交育种的亲本。 相似文献
10.
为了制定科学的资源保护策略、促进其开发利用以及新品种的选育,对西南地区55份野生狗牙根材料,联合采用 SSR 和 AFLP 方法分析其遗传多样性.通过进行引物筛选,筛选出有效引物组合18对和11对;SSR 和 AFLP 扩增总条带353和626条,多态性条带267和592条,平均每对引物扩增出多态性条带19.61和53.83条,多态性位点百分率为75.10%和94.57%.聚类分析表明 GS=0.806时,可将所有供试材料分成6个组群,当 GS=0.82时,可将第 VI 个组群分成4个小组,当 GS=0.836时,第 VI 组群中第3小组的14个材料分为3个组群基于 Shannon 多样性指数,类群内的遗传变异占总变异的67.41%,类群间的遗传变异占总变异的32.59%.基于 Nei 氏无偏估计的遗传一致度的聚类分析表明,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性.通过两种标记的相关性分析,表明 SSR 和 AFLP 标记之间具有显著的相关性,而且相关性较高,证明供试材料的聚类和其生态地理环境间有一定的相关性;采用 SSR 和 AFLP 两种联合分析,结果会更加合理和有效. 相似文献
11.
黔南60份茶树种质资源遗传多样性的SSR分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为探索黔南野生茶树种质资源的遗传多样性,利用SSR分子标记技术,对黔南60份茶树资源进行了DNA遗传多样性分析。结果表明:15对引物均显示多态性,基因多态性百分率为98.64%。15对SSR引物共扩增出147个观测等位基因和73.778 6个有效等位基因,平均每个引物扩增9.8个观测等位基因,4.918 6个有效等位基因。15个通用位点共产生280种基因型,平均每个位点18.7种基因型。遗传多态信息量变异范围为0.123 9~0.926 8,平均0.572 5,平均观测杂合度、平均期望杂合度和平均Shannons信息指数分别为0.470 0、0.602 3、1.464 4。经聚类分析后,60份材料间遗传相似系数在0.205 1~0.863 6之间,以平均遗传相似系数0.477 5为阈值,可将60份种质资源聚为8个类群,其在分子遗传水平上的分类结果与其材料来源分类的结果并不完全一致,而且材料来源地间遗传距离与地理距离不存在显著的相关性,有少部分同一来源的材料分散在各个类群中。研究认为,黔南茶树资源间的遗传差异较大,遗传基础较宽,具有丰富的遗传多样性。 相似文献
12.
我国陆地棉基础种质遗传多样性的SSR分子标记分析 总被引:18,自引:1,他引:18
利用398对BNL、JESPR、TMB等SSR引物,对不同亲本来源、不同选育时期、不同种植生态区的43份陆地棉基础种质进行了遗传多样性的SSR分子标记分析。扩增产物用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶检测,银染观察并照相。遗传多样性带型分析按位点多态信息量(PIC),Shannon-weaver多样性指数(H^+)等方法,利用NTSYSpc2.1软件计算品种间的遗传相似系数(Jaccard系数),并用类平均法(UPGMA)进行聚类。结果表明所选择多态性引物分布在棉花基因组的第3、4、5、8、9、10、16、18、20、23号等染色体上,36对多态性引物在基础种质中扩增等位基因130个,其中多态性等位基因占80%,每个引物扩增等位基因2~8个,平均3.6个,PIC为0.278~0.865,平均0.62,基因型多样性(H^+)为0.451~2.039,平均1.102,基础种质问SSR遗传相似系数平均为0.610,变幅为0.409~0.865,这说明所选基础种质基因组水平的多样性较丰富,变化范围大、代表性强。按品种不同选育时期来讲,第一、二、三期基础种质的SSR分子标记平均遗传相似系数分别是0.587、0.630、0.630,说明现代基础种质比早期基础种质在基因组水平的差异呈下降的趋势,可能是由于育种者偏重于使用优质高产性状的亲本品种,致使我国棉花的育种基础逐渐变窄。不同棉区基础种质SSR标记性状差异大,北部特早熟棉区基础种质间的SSR标记的多样性大于黄河、长江棉区,主要原因是长江、黄河棉区的育种过分强调高产、优质品种选育,品种间的差异变小;基础种质中的国内品种SSR相似系数(0.624)比引进品种(0.85)高,说明国内品种在遗传多样性上目前还没有超越国外品种。总之,我国棉花现代基础种质比早期基础种质的遗传多样性呈下降的趋势,黄河、长江主产棉区基础种质的遗传多样性还没有超过国外基础种质,品种间的遗传背景较为狭窄,还必须采用多种途径丰富我国棉花种质资源的遗传多样性。 相似文献
13.
Genetic Diversity of Source Germplasm of Upland Cotton in China as Determined by SSR Marker Analysis 总被引:5,自引:0,他引:5
Guang CHEN 《Acta Genetica Sinica》2006,33(8):733-745
The genetic diversity of 43 sources of Upland cotton germplasm with different parental origins, breeding periods, and ecological growing areas in China were studied on the basis of simple sequence repeat (SSR) markers. A total of 130 gene alleles with 80% polymorphism were detected from 36 SSR primers. The number of alleles per primer ranged from two to eight with an average of 3.6. The polymorphism information content (PIC) range was 0.278-0.865, with an average of 0.62. The average genotype diversity index (H') was 1.102, the highest was 2.039 and the lowest was 0.451. The average coefficient of the genetic similarity of SSR markers among source germplasm was 0.610, ranging from 0.409 to 0.865. These indicated that the genetic diversity at the genomic level of the selected source germplasm was rich, and was representative of the diversity of the germplasms, in general. The diversity at the genome level of the base germplasm from the second and third breeding periods was decreased compared to that of the first period, indicating that the cotton genetic background in China became narrow gradually. The diversity of SSR markers among the base germplasm from early maturity cotton growing areas in the north was higher than those from the Huanghe and Yangtze growing areas. The molecular marker genetic similarity index of the domestic varieties was higher than that in the introduced varieties, which indicates that the genetic diversity in domestic cultivars was lower than that in the introduced varieties. This study gives an overview of the genetic diversity of the cotton germplasm base in China, and provides a guide for breeders to develop new cultivars efficiently. 相似文献
14.
利用SSR标记构建了27份中国无籽西瓜主栽品种的DNA指纹并进行了遗传多样性分析。24对多态性引物共扩增出66种基因型,基因型数2-5个不等,平均2.75个。平均多态性信息量(PIC)为0.37,变化范围为 0.19~0.66。有4个品种具有特征谱带。27个品种遗传相似系数变化范围为 0.7045~1.0,平均0.8683。组合24对引物,除无法区分‘郑抗无籽1号’与‘雪峰花皮无籽’,其余品种均能一一区分开。采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.83处,可将27个品种分为3大类。 相似文献
15.
新疆枸杞种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建 总被引:1,自引:0,他引:1
利用SCoT分子标记对新疆枸杞种质资源进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,为杂交育种和种质鉴定提供理论依据。结果显示:9条SCoT引物扩增出条带256条,其中219条为多态性条带,多态性比率达85.62%,多态性信息含量(PIC)值变化范围在0.77~0.91之间,平均值为0.85,观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为1.8562、1.4350、0.2611、0.3989,聚类分析表明,遗传相似系数变化范围在0.5938~0.8398之间,在遗传相似系数为0.66和0.71处,可将30份材料分别分为2大类和4个亚类,主坐标分析结果和聚类结果基本一致,同时利用5条多态性SCoT引物构建了30份材料的DNA指纹图谱。新疆枸杞种质资源遗传多样性水平较高,且SCoT分子标记适于新疆枸杞种质资源遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,该研究结果为新疆枸杞种质资源评价、鉴定和新品种选育奠定了基础。 相似文献
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利用25对SSR分子标记和24个表型性状对105份中俄茄子材料进行遗传多样性分析。表型变异分析结果表明:24个表型性状在中俄材料间均表现出了不同程度的多样性,但是同一性状在中俄材料中多样性不同;主成分分析可将24个表型性状概括为果形因子、颜色因子、果实外观因子、叶片形态因子、果萼刺和花药条纹6个指标,其中果实特征占主要成分;利用UPGMA法进行聚类,遗传相似系数在0.4~0.8之间,平均值0.6。25对多态性SSR标记,扩增出122个条带,含有等位基因82个,其中有效等位数24.8个,PIC值为0.3~0.7。分子聚类的遗传相似系数在0.5~1之间,平均值是0.7。表型聚类和分子标记聚类的结果相似,105份茄子种质资源间的类群划分与地理来源之间没有直接关系,但与茄子的果实性状有一定的相关性。 相似文献
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向日葵种质的SSR分析 总被引:1,自引:0,他引:1
以向日葵种质‘阜8321,的114份单株为材料,利用23对引物进行SSR分析.结果表明,23对引物扩增共获得57条带,其中24条多态性带,多态性比率为42.11%.聚类分析显示114个个体间遗传相似性较高,遗传相似系数为0.86~1.00,在遗传相似系数0.87附近,可将114份单株分为两个类群,第一类群包括4份样品,其余110个单株为第二类群.PopGen 3.2软件分析得出种质内个体间平均有效基因位点数、平均香农指数和位点预期杂合度分别为1.4682、0.4078和0.2606.说明该种质个体间SSR位点存在一定的差异,为异质型种质,在繁种更新中应注意维持其遗传完整性. 相似文献
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核桃种质资源遗传多样性的SSR分析 总被引:4,自引:0,他引:4
应用16对SSR引物对国内不同地理生态型的44个核桃样品、8个铁核桃样品和7个美国核桃样品进行了分析。结果显示,在16个SSR位点上共获得87个等位基因,每个位点扩增等位基因4~9个,平均5.4个。各SSR位点的观察杂合度为0~0.931 0,平均为0.389 4。各位点PIC值在0.376 2~0.786 3之间,平均为0.663 2。59个核桃样品的杂合度在0.133~0.813之间,平均0.387。聚类分析表明,来自秦岭山地的核桃样品与华北核桃属于同一生态类型;巩留的野核桃属于与新疆生态型和华北生态型不同的一个独立的生态型;美国核桃和铁核桃属于核桃种下不同的生态类型。 相似文献