两种鯻科鱼类线粒体16S rRNA基因片段序列分析

利用PCR技术成功扩增了高体革鯻(Scortum barcoo)和厚唇弱棘喇(Hephaestus fuliginosus)的线粒体16S rRNA基因序列.通过序列测定,得到791 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为31.4％、21.2％、20.5％和26.9％,序列中的A+T含量明显高于G+C的含量,这与其他鱼类的16S rRNA基因片段研究结果相一致.通过序列分析发现,高体革鯻和厚唇弱棘喇两序列共存在23处碱基变异,其中碱基转换位点20个,碱基颠换位点3个,转换与颠换比率为6.7,没有发现碱基插入与缺失.与从GenBank中查到的3种蜊科鱼类的同源序列比对,邻接法(neighbor-joining)构建亲缘关系树,结果显示,5种蜊科鱼类聚在一起,分为独立的2支,匀蜊和单色匀鯻及花身蜊聚成1支,高体革鯻和厚唇弱棘鯻聚为1支,说明高体革鯻与厚唇弱棘蜊的亲缘关系比较近,而与其他另外3种鯻科鱼类亲缘关系比较远.     

基于12S和16S rRNA序列的湍蛙属部分物种的系统发育关系

测定了湍蛙属 6个种共 10个种群 ,以及 4个外群种的线粒体 12S和 16SrRNA基因片段 ,比对后有94 0bp序列 ,发现 35 2个变异位点、 186个简约性位点。运用NJ法、MP法、ML法构建了系统关系树 ,各系统树一致表明内群为一单系群 ,分为两组 :第一组中 ,四川湍蛙两种群先聚合 ,再和棕点湍蛙聚为一支 ;第二组中 ,香港湍蛙和戴云湍蛙聚为一支 ,而香港大屿山离岛湍蛙种群首先与华南湍蛙相聚 ,再与武夷湍蛙构成姐妹支。研究结果表明 :香港地区增加 1种湍蛙分布 ;戴云湍蛙是一有效种 ;四川湍蛙的石棉和洪雅种群间遗传差异达到或超过其他种间的分歧水平。     

基于12S rRNA和16S rRNA基因序列探讨中国蚤蝇科部分属间的系统发育关系

基于线粒体12S rRNA和16S rRNA基因序列联合分析,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法分别构建了中国蚤蝇科14属的系统发育树.结果表明:联合分析序列总长度为819 bp,其中可变位点277个,简约信息位点200个;A+T平均含量为77.7%,具A、T偏倚性.系统发育分析显:中国蚤蝇科为单系发生,分为蚤蝇亚科和裂蚤蝇亚科两个单系群.蚤蝇亚科内脉蚤蝇属、锥蚤蝇属和刺蚤蝇属亲缘关系较近,栅蚤蝇属与栓蚤蝇属亲缘关系较近;裂蚤蝇亚科中虼蚤蝇属与裂蚤蝇属互为姐妹群,寡蚤蝇属与伐蚤蝇属互为姐妹群.     

基于12S rRNA基因序列探讨凹耳蛙(无尾目,蛙科)的分类地位

为探讨凹耳蛙Rana tormotus的分类地位,测定了凹耳蛙线粒体12S rRNA基因序列,并从GenBank中下载了蛙科33种蛙的同源序列进行分析,用BI法、NJ法和MP法构建分子系统树.结果表明:3种树拓扑结构基本一致,都显示凹耳蛙与长吻胡湍蛙Huia nasica亲缘关系最近,凹耳蛙与长吻胡湍蛙相聚后再与臭蛙Odorrana组成单系群,而与湍蛙Amolops亲缘关系较远.据此,支持将该蛙从湍蛙属划出,并建议归入臭蛙属.     

基于18S rRNA和线粒体16S rRNA基因序列的柳蚕进化分析

为探讨柳蚕Actias selene Hübner与鳞翅目昆虫的系统发育关系,本研究利用PCR扩增获得了柳蚕核糖体18S rRNA和线粒体16S rRNA基因的部分序列,长度分别为391bp和428bp。并采用邻近距离法(NJ)、最大简约法(MP)、类平均聚类法(UPGMA)构建系统进化树。结果表明,柳蚕线粒体16SrRNA基因序列与大蚕蛾科昆虫的16SrRNA基因序列均表现出偏好于碱基AT的倾向。柳蚕与所研究的其它蚕类的遗传距离介于0.016至0.140之间,其中与温带柞蚕Antheraea roylii的遗传距离最小,与野桑蚕Bombyx mandarina的遗传距离最大。而基于鳞翅目昆虫18S rRNA基因部分序列的进化分析显示,柳蚕与柞蚕Antheraea pernyi之间的遗传距离最小(0.010),与蓖麻蚕Samia ricini的遗传距离最大(0.017)。     

基于16S rRNA基因序列探讨中国粉蛉科的系统发育关系

本研究测定了粉蛉科Coniopterygidae9属15种昆虫16SrRNA基因部分序列,对序列的碱基组成、转换/颠换比率、遗传距离、变异位点等进行分析。基于16SrRNA基因序列数据,分别采用邻接法（NJ）、最大简约法（MP）和最大相似法（ML）建立粉蛉科分子系统发育关系。研究结果表明：粉蛉亚科的粉蛉属Coniopteryx与重粉蛉属Semilalis是姊妹群,（虫齿）粉蛉属Conwentzia较前二者原始;囊粉蛉亚科的卷粉蛉属Helicoconis和隐粉蛉属Cryptoscenea的亲缘关系较近。曲粉蛉属Coniocompsa和异粉蛉属Heteroconis聚类在一起,但自展值较低。瑕粉蛉属Spiloconis和囊粉蛉属Aleuropteryx的位置在囊粉蛉亚科中不够稳定。     

小鲵科线粒体16S rRNA基因序列分析及其系统发育

To study the phylogeny of Hynobiidae, we amplified DNA fragments of 470 bp 16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene on mitochondrial DNA from Ranodon sibiricus and Ranodon tsinpaensis. PCR products were cloned into PMD18 T vector after purification. These sequences were determined and deposited in the GenBank (accession numbers: AY373459 for Ranodon sibiricus, AY372534 for Ranodon tsinpaensis). By comparing the nucleotide differences of 16S ribosomal RNA sequences among Liua shihi, Pseudohynobius flavomaculatus and Batrachuperus genus from GenBank database, we analyzed the divergences and base substitution among these sequences with the MEGA software. The molecular results support that B. tibetanus, B. pinchonii and B. karlschmidti are classified into three valid species. Liua shihi has closer phylogenetic relationships to Ranodon tsinpaensis than to other species. More our results reveal that Pseudohynobius flavomaculatus is not a synonym of Ranodon tsinpaensis. [Acta Zoologica Sinica 50 (3) : 464 - 469,2004].     

中国蚌科线粒体16S rRNA序列变异及系统发育

首次测定了中国淡水贝类———蚌科 (Unionidae) 1 3个属代表种类的线粒体 1 6SrRNA部分序列。用Clustal X排序软件进行 1 6SrRNA序列的对位排列 ,序列总长度为 30 5— 32 0bp。通过Mega 2 0软件对所得线粒体 1 6SrRNA片段序列进行比较 ,共发现 1 0 8个碱基存在变异 ,其中包括 77个简约信息位点 ,并用“Pairwisedistance”计算了各属间的相对遗传距离。以贻贝为外类群 ,采用Mega 2 0软件中的“Neighbore Joining”法得到惟一一个分子系统树 ,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1 0 0 0循环检验。结果表明 :分布于中国的蚌科形成三个明显的类群 ,第一个类群 ,包括帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 ;第二个类群 ,由矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属组成 ;第三个类群只包括无齿蚌和冠蚌两个属。由此可以看出 ,它们有可能分别隶属于三个不同的亚科 ,即小方蚌亚科 (帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 )、无齿蚌亚科 (无齿蚌属和冠蚌属 )和珠蚌亚科 (矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属 ) ,由此证明小方蚌亚科在中国的存在 ,并且 ,对几个属的分类位置作了调整。其中鳞皮蚌属和蛏蚌属原来属于无齿蚌亚科 ,根据线粒体 1 6SrRNA的结果 ,前者应该放     

基于线粒体16S rRNA基因探讨鹿科动物系统发生关系

鹿类动物的系统演化关系一直存在争议,特别是獐亚科的设立与否.通过测定獐的线粒体16S rRNA基因,并从GenBank获得鹿类另外14种动物的线粒体16S rRNA基因全序列,以水牛和绵羊作双外群,构建系统进化树,探讨鹿类动物系统发生关系及獐亚科的有效性.结果分析表明:(1)支持鹿科分为鹿亚科、麂亚科、獐亚科和美洲鹿亚科,麝科成立;(2)獐亚科有效,支持獐与原属美洲鹿亚科狍共同组成獐亚科;(3)毛冠鹿的分类地位还有待进一步确定.     

中国地鼠线粒体DNA 16S rRNA基因序列分析及分子系统发育研究

目的通过克隆分析中国地鼠16S基因的部分序列,对中国地鼠16S基因的结构和功能进行初步探索和揭示。方法从GenBank中已报道的啮齿动物16S基因保守区设计一对引物,进行PCR扩增,测序。用Blastn与GenBank中七种啮齿类动物的16S基因进行序列比较,分析其碱基组成及变异情况,并用邻接法(NJ)、非加权组平均法(UPGMA)构建分子系统树,在分子水平上探讨中国地鼠和其他啮齿类动物的进化关系,对中国地鼠的种属地位进行了进一步验证。结果获得了中国地鼠线粒体16S基因的部分序列,其碱基组成A、T、C、G分别为40.5%、24.5%、18.7%、16.3%,与其他七种啮齿类动物的碱基含量相比,各碱基含量基本相似。NJ进化树表明,中国地鼠、金黄地鼠与欧洲仓鼠先聚为一支,小鼠与大鼠先聚为一支,东方田鼠、台湾田鼠与东欧田鼠先聚为一支。结论中国地鼠和金黄地鼠的亲缘关系最近,与传统的分类地位基本吻合。     

应用16S rDNA序列探讨斑腿蝗科的单系性及其亚科的分类地位

本文测定了斑腿蝗科10亚科20种蝗虫和其他蝗科3种蝗虫的线粒体16S rDNA部分序列,并从GenBank中下载了15种蝗亚目昆虫的16S rRNA基因相应序列片段。比对后的序列长度是397 bp,其中有196个变异位点,157个简约信息位点,A+T平均含量为71.7%,C+G平均含量为28.3%。以序列差异比值为横坐标,以碱基转换数和颠换数为纵坐标作散点图,结果表明颠换多于转换,且随着差异程度的增加,转换明显出现了饱和。以蚱总科的日本蚱Tetrix japonica和卡尖顶蚱Teredorus carmichaeli作外群,用ME、等权MP、加权MP及贝叶斯法重建系统发生树。分子系统树表明,斑腿蝗科并非是一单系群,该科的切翅蝗亚科与稻蝗亚科也均不是一单系群;卵翅蝗、伪稻蝗和稻蝗三者有很近的亲缘关系;支持将黑蝗亚科和秃蝗亚科合为一个亚科——秃蝗亚科;现行的稻蝗亚科并非一单系群,而是一多系群。分子系统学研究结果和传统的基于形态特征的斑腿蝗科的分类体系有很大的不同。     

滑桃树不同器官伴生细菌多样性的分子特征

应用不依赖于培养的16S rRNA基因技术,揭示滑桃树根皮、茎皮以及种子伴生细菌的种类多样性,为建立伴生细菌的宏基因组文库奠定基础。基于我们新近发表的植物伴生菌富集方法,建立富集和未富集样品的全长16S rRNA基因文库,随机挑取至少100个克隆进行酶切分型并测序,根据16S rDNA的部分序列推测其所属伴生菌的种类。结果表明,所检测的细菌克隆大部分属于γ-Proteobacteria,有少量来源于α-Proteobacteria或放线菌（Actinobacteria）,也包括不可培养或分类地位不明确的细菌。经过富集,16S rRNA基因文库中细菌克隆的比例和序列多样性显著增加,根皮的伴生细菌种类最为丰富,其次是成熟种子和茎皮;幼嫩种子16S rDNA文库的细菌克隆比例较小（1．18％）,说明幼嫩种子的伴生菌最少。     

富硒猴头菇对小鼠肠道菌群的调节作用

目的以昆明小鼠为实验对象,观察富硒猴头菇对小鼠肠道菌群的影响。方法设高、中和低3个剂量组和1个普通猴头菇对照组,1个蒸馏水对照组,搜集粪便,用细菌16S rDNA荧光定量PCR法测定3大类肠道菌的数量。结果富硒猴头菇冻干粉灌胃后,中剂量组和高剂量组小鼠肠道中大肠埃希菌明显减少,低、中剂量组双歧杆菌增多,高剂量组乳酸菌增多,差异有统计学意义(P0.05)。且断药3 d后,中剂量组的大肠埃希菌、双歧杆菌数量,高剂量组的大肠埃希菌、乳酸菌数量与正常对照组相比差异仍有统计学意义。结论富硒猴头菇对小鼠肠道菌群有明显调节作用。     

烟粉虱内共生菌16S rDNA的特性研究

对烟粉虱内共生菌16SrDNA的酶切结果及部分生物体16SrDNA的(G C)%分析结果表明:烟粉虱初生内共生菌的16SrDNA能够被EcoRI酶切成两个片段、而不能够分别被BamHI与SacI酶切;烟粉虱次生内共生菌的16SrDNA没有BamHI内切酶位点、而能够分别被EcoRI或Sac I酶切成大小不同的两个片段。(G C)mol%与菌的分类地位有关,同时还与菌的可培养能力有关。Proteobacteriaγ亚纲的烟粉虱初生内共生菌与α亚纲的Rickettsia、线粒体的16SrDNA相似,富含(A T)mol%,具低的(G C)mol%。而γ亚纲的次生内共生菌及大肠杆菌与β亚纲的mealybugs初生内共生菌的16SrDNA相似,富含(G C)mol%。说明初生内共生菌可能与烟粉虱同时发生,并且形成一种非常紧密的共生关系,次生内共生菌与烟粉虱关系松散一些,其特性近似于自由生活的细菌,更有可能获得纯培养体。16SrDNA的系统进化树表明,烟粉虱次生内共生菌属于Proteobacteriaγ-3亚纲,而初生内共生菌属于Proteobacteriaγ亚纲的另一分支。     

高碱性纤维素酶产生菌的筛选及鉴定

从化纤厂土样中分离得到菌株AC-4,碱性纤维素酶活力达0.602 IU/mL。通过分析菌株形态学特性、培养特征及16S rDNA序列,确定该菌株为短小芽孢杆菌。对该菌所产碱性纤维素酶的酶学性质进行测定,确定其最适作用pH为9.5,最适作用温度为50℃。     

养虾池好氧反硝化细菌新菌株的分离鉴定及特征

利用间歇曝气选择性富集并对所获菌株的好氧反硝化活性进行检测。筛选到一株亚硝酸盐去除活性较高的好氧反硝化细菌。在溶解氧（D0）为3.80-5．21mg／L的培养条件下。该菌株10h内将亚硝态氮由26．18mg／L降至0;在盐度为0—25之间20h内均可达到同样的去除效果。通过形态学特征、生理生化反应及部分长度16SrDNA序列分析对筛选菌株进行鉴定,初步判定它为嗜麦芽寡养单胞菌Stertotrophomonas maltophilia。亚硝酸盐还原酶基因分析结果表明。该菌株只含亚硝酸盐还原酶nitS基因,其序列与Alcaligenes faecalis A15（后来被重新鉴定为Pseudomonas stutzeri）的nirS基因序列相似。     

单级自养脱氮系统中厌氧氨氧化菌的分子生物学鉴定

对具有厌氧氨氧化作用的细菌进行更深入的分析有助于了解该菌在生物脱氮过程的应用。对稳定运行、氨氮转化率及总氮去除率分别达到90%及80%左右的单级自养脱氮系统的底部取活性污泥,采用分子生物学方法提取活性污泥细菌总DNA,利用特异引物Pla46rc/Amx820对单级自养脱氮系统中的厌氧氨氧化菌16S rDNA基因进行PCR扩增。扩增产物经克隆、测序及BLAST分析,结果表明该单级自养脱氮系统中存在的厌氧氨氧化菌与Candidatus Kueneniastuttgartiensis和Candidatus Brocadia anammoxidans的16S rDNA序列同源性达99%,进化分析证明与Candidatus Kuenenia stuttgartiensis进化上较为接近。     

一株生物脱硫菌株的分离、鉴定及其脱硫活性的研究

以二苯并噻吩（DBT）为模型化合物,从火力发电厂周围的土壤和污水处理厂的活性污泥中分离得到一株能高效脱除有机硫的菌株S4,并对其进行了分子鉴定及脱硫活性的研究。应用PCR技术克隆到16S rDNA片段,核苷酸序列分析结果表明,该菌的16S rDNA的全序列与醋酸钙不动杆菌存在99%的同源性。该菌的最适脱硫温度为30℃,pH值为6～8,在此条件,该菌株对DBT的去除率可达到82%。     

基于16S rDNA的系统发育分析在微生物进化关系中的应用

系统发育树的构建是现代生命科学研究中的重要技术,是分析未知菌种与其他菌种的亲缘关系,为进一步了解生物的进化关系的重要依据。对系统发育树的构建进行了详细的介绍。并对其在微生物进化研究中的具体应用进行了阐述。     

新疆意大利蝗不同地理种群16S rDNA序列差异研究

研究新疆东部和西部不同地理种群意大利蝗Calliptamus italicus(L.)线粒体基因中16SrDNA序列差异。结果表明:(1)意大利蝗A+T的含量(67.7%)明显高于G+C的含量(32.3%);(2)多重序列比对和UPGMA系统发育树的结果表明新疆东、西部不同地理种群的意大利蝗的遗传变异极小。