广西不同时期IBV分离株S1基因高变区Ⅰ的遗传变异分析

对广西1985-2007年间分离到的22株传染性支气管炎病毒（IBV）的S1基因高变区I（HVRI）进行序列测定,并与发表的其他IBV参考株及鸽子分离的冠状病毒株的基因序列进行比较和分析。系统进化关系显示毒株可分为5个基因群,其中有16个广西分离株属第1群,它们与鸽子冠状病毒分离株的氨基酸序列同源性较高,与Massachusetts（Mass）型疫苗株的同源性较低。有15个分离株在33-34位和34～35之间分别有4个和3个氨基酸残基的插入,GX-NN6在33～34位和34～35位之间则均有4个氨基酸残基的插入;GX-YL1、GX-NN2与常用的Mass型疫苗株的亲缘关系最近,同属于第Ⅱ群;GX-G、GX-XD与日本同一时期分离的毒株JP Miyazaki 89亲缘关系最近,属于第Ⅲ群;GX-YL6、GX-NN7与欧洲毒株4／91亲缘关系较近,属于第V群。结果表明广西存在着多种类型IBV毒株的流行,毒株S1基因HVRI碱基的突变或插入比较普遍,可导致其氨基酸序列的变化,绝大部分毒株与目前常用的Mass型疫苗株的亲缘关系较低。同一时期的分离株同源性较高,但无明显的地域性差异。     

鸡传染性支气管炎病毒变异株的分离及其S1基因序列分析

本实验对山东省泰安地区某蛋鸡场产蛋下降鸡群发生的临床症状疑似鸡传染性支气管炎病例,无菌采集气管、肺脏、肾脏等组织,接种SPF鸡胚,经病毒形态观察、血凝特性试验、动物回归试验等证实,我们鉴定到一株鸡传染性支气管炎病毒(IBV);病毒中和试验表明,该病毒为一株变异毒株,使用国外针对IBV793/B血清型发表的血清型特异性引物经RTPCR方法获得了该毒株的免疫原基因S1基因,初步确定该传染性支气管炎病毒变异毒株为793/B血清型。     

鸡传染性支气管炎病毒变异株的分离及其S1基因序列分析

本实验对山东省泰安地区某蛋鸡场产蛋下降鸡群发生的临床症状疑似鸡传染性支气管炎病例,无菌采集气管、肺脏、肾脏等组织,接种SPF鸡胚,经病毒形态观察、血凝特性试验、动物回归试验等证实,我们鉴定到一株鸡传染性支气管炎病毒(IBV);病毒中和试验表明,该病毒为一株变异毒株,使用国外针对IBV 793/B血清型发表的血清型特异性引物经RT-PCR方法获得了该毒株的免疫原基因S1基因,初步确定该传染性支气管炎病毒变异毒株为793/B血清型.     

IBV青岛腺胃分离株（SD／97／02）S1蛋白基因的序列测定和分析

参考Genbank上发表的IBV S1纤突蛋白基因序列,设计了一对引物,对鸡传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株（SD／97／02）RNA进行RT－PCR扩增。将PCR产物克隆入pMD18-T载体中进行序列测定和分析。序列分析表明,该毒株的S1基因的G＋C％含量较少,为37.0%,存在HindⅢ,BamHⅠ,BglIⅠ,SacⅠ和SalⅠ位点,无EcoRⅠ位点,与其他毒株的同源性在87.02%－94.21%之间,在第154－429nt处为高度的变异区;将基因序列翻译成氨基酸后,假定的S1蛋白由540个氨基酸组成,等电点8.24,在蛋白质内部存在18个Cys,在S1与S2蛋白之间的剪切位点为HRRRR,这与大多数IBV毒株（RRF／SRR）不一样,有三个区域的氨基酸序列高度保守;169－181aa,230-250aa,485-506aa;与其他毒株进行抗原性比较后发现,在该毒株的320－326aa及390－401aa处的抗原表位消失,而在325－345aa、379－389aa处则出现了很强的抗原表位;第438－444aa处,其他IBV毒株（除ZJ971株外）原来存在的强抗原位点在本毒株中消失。在53－65位的氨基酸抗原性与其他毒株相比明显变弱。     

中国2000—2004年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析

对2000-2004年从中国9个省市分离到的13株IBV的核蛋白基因片段进行序列测定及分析的结果表明,13株IBV分离株核蛋白基因均含有一个长1230bp的ORF,但存在基因突变现象。与GenBank中的42株参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,系统进化关系显示55株IBV毒株分属于9个群。第Ⅰ-Ⅲ群主要包括美国、日本、荷兰等国家以及中国的部分IBV分离株和疫苗株。其中本研究中的CK/CH/LHN/00I可能为一株分离的疫苗毒,CK/CH/LSD/03I、CK/CH/LDL/01I可能为重组毒。而中国近十年来分离的IBV毒株主要分布在第Ⅵ-Ⅷ群中,此3群内IBV毒株之间N蛋白推导氨基酸同源性为88.3%～100%,与其他各群之间同源性为62.3%～95.1%。因此,此基因型的IBV毒株可能在中国已有较长时期的存在且发生了较大程度的变异。其中第Ⅵ群中两株韩国分离株与中国IBV分离株具有较近的亲缘关系。以上结果表明,中国大多数IBV分离株在N基因进化关系上较为独立,与国外毒株相比,和韩国毒株进化关系密切。此外,中国IBV毒株基因重组现象更加普遍,尤其是疫苗毒和野毒之间的重组。     

中国2000-2004年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析

对2000-2004年从中国9个省市分离到的13株IBV的核蛋白基因片段进行序列测定及分析的结果表明,13株IBV分离株核蛋白基因均含有一个长1230bp的ORF,但存在基因突变现象.与GenBank中的42株参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,系统进化关系显示55株IBV毒株分属于9个群.第Ⅰ-Ⅲ群主要包括美国、日本、荷兰等国家以及中国的部分IBV分离株和疫苗株.其中本研究中的CK/CH/LHN/00I可能为一株分离的疫苗毒,CK/CH/LSD/03I、CK/CH/LDL/01I可能为重组毒.而中国近十年来分离的IBV毒株主要分布在第Ⅵ-Ⅷ群中,此3群内IBV毒株之间N蛋白推导氨基酸同源性为88.3%～100%,与其他各群之间同源性为62.3%～95.1%.因此,此基因型的IBV毒株可能在中国已有较长时期的存在且发生了较大程度的变异.其中第Ⅵ群中两株韩国分离株与中国IBV分离株具有较近的亲缘关系.以上结果表明,中国大多数IBV分离株在N基因进化关系上较为独立,与国外毒株相比,和韩国毒株进化关系密切.此外,中国IBV毒株基因重组现象更加普遍,尤其是疫苗毒和野毒之间的重组.     

鸡传染性支气管炎病毒两个地方分离株S1基因的扩增克隆与序列分析

对IBV肾型毒株JS/95/03和呼吸型毒株SD/97/01的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定,将两毒株的S1基因序列与10个参考毒株进行了比较.结果表明,JS/95/03和SD/97/01分别与M41和H120株亲缘关系最近,它们可能是疫苗毒株的变异株.JS/95/03和SD/97/01间的亲缘关系也较近,两者S1蛋白中只有24个氨基酸的差异,其中有15个位于前130个氨基酸中,第116位氨基酸可能与毒株的致病性有关.对两毒株S1蛋白的二级结构进行了预测和比较,结果发现,一个或极少数氨基酸的差异即可导致S1蛋白二级结构和抗原性的改变.     

中国1995～2004年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株膜蛋白基因的遗传变异分析

应用RT-PCR方法扩增到了我国1995～2004年20株IBV现地分离株的膜蛋白(Membrane,M)基因片段.序列测定表明,20株IBV分离株M基因开放阅读框由672～681bp组成,编码由223～226个氨基酸残基组成的多肽.与我国分离株LX4相比,M基因推导氨基酸序列的变异主要发生在2～17位、221～223位,其中4～6位存在氨基酸的插入和缺失,导致IBV毒株间M蛋白糖基化位点的差异.与GenBank中34株IBV参考毒株M蛋白基因推导氨基酸序列进行比较和分析,系统进化关系显示54株IBV毒株分属于5个进化群.我国IBV分离株M基因在进化关系上较为独立,主要分布在第Ⅱ群和第Ⅳ群,其中第Ⅱ群分离株和中国台湾毒株进化关系密切.此外,参考IBV国内分离株S1基因及N基因系统发育进化树的研究结果,并与M基因进行比较,表明我国IBV也存在着基因重组现象,尤其是疫苗毒和流行毒之间的重组.     

鸡传染性支气管炎病毒两个地方分离株S1基因的扩增克隆与序列分析

对IBV肾型毒株JS/95 /0 3和呼吸型毒株SD/97/0 1的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定 ,将两毒株的S1基因序列与 10个参考毒株进行了比较。结果表明 ,JS/95 /0 3和SD/97/0 1分别与M41和H12 0株亲缘关系最近 ,它们可能是疫苗毒株的变异株。JS/95 /0 3和SD/97/0 1间的亲缘关系也较近 ,两者S1蛋白中只有 2 4个氨基酸的差异 ,其中有 15个位于前 130个氨基酸中 ,第 116位氨基酸可能与毒株的致病性有关。对两毒株S1蛋白的二级结构进行了预测和比较 ,结果发现 ,一个或极少数氨基酸的差异即可导致S1蛋白二级结构和抗原性的改变     

IBV S1基因和IL-2基因双顺反子DNA疫苗的免疫原性研究

为了研制更加有效的IBV DNA疫苗,将IBV的S1基因和禽白介素2(IL-2)基因插入双顺反子表达载体pIRES-EGFP/DsRed中,构建能分别或同时表达S1基因和IL-2基因的pIRES-S1、pIRES-IL2、pIRES-S1/IL-2质粒。通过脂质体转染Vero细胞,利用RT-PCR及间接免疫荧光检测表达。将构建的质粒用脂质体包裹后,通过腿部肌肉多点注射免疫7日龄雏鸡,二免后两周用IBV肾型强毒进行攻毒。结果表明,pIRES-S1/IL-2在体外能够诱导Vero细胞表达S1蛋白和IL-2;pIRES-S1/IL-2和pIRES-S1 pIRES-IL2免疫雏鸡后均能促进外周血T淋巴细胞亚群数量和血清中特异性抗体水平的增加,能明显增强IBV DNA疫苗对同型强毒的攻击保护,但pIRES-S1/IL-2免疫组要优于pIRES-S1 pIRES-IL2混合免疫组及其它对照组,差异显著或极显著。以上结果表明禽IL-2能同时加强DNA疫苗的细胞免疫和体液免疫应答;但抗原基因和IL-2共表达DNA疫苗的免疫效果明显要优于混合注射的DNA疫苗。     

传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株(SD/97/02)S2蛋白基因的序列测定和分析

根据GenBank上发表的IBV S2基因序列,自行设计了两对引物,分别扩增SD／97／02株S2基因的上游1100bp部分和下游的900bp部分,两段序列拼接后包含了S2全基因的序列。将此两段分别克隆入pGEM T-easy载体,测序后将序列用分析软件DNASTAR和网上的BLAST软件进行分析,结果表明,S2基因比S1基因相对来说更保守,位于氨基酸第560－600位很有是与囊膜锚着的部位,而S2与S1的交界处以HRRRR为特征,这不同地常规的RRF／SRR。     

鸡传染性支气管炎病毒中国流行株免疫原S1基因的分子克隆,序？…

对来源于我国华东地区的鸡传染性支气管炎病毒流行株ＱＤ免疫原Ｓ１基因ｃＤＮＡ进行了克隆,序列分析了和ＤＮＡ免疫的初步研究,ＲＴ－ＰＣＲ扩增ＱＤ毒株的Ｓ１基因,将其５′和３′端分别进行了分子修饰后插入克隆载体ＰＵＣ１８的ＢａｍＨＩ／ＨｉｎｄⅢ位点,大肠杆菌中实现了目的基因的克隆,利用英国ＩＢＶ毒株Ｓ１全基因核酸探针与ＱＤ毒株Ｓ１基因的重组克隆质粒子分杂交后,采用ＨａｅⅢ,ＰｖｕⅡ和ＸｂａＩ等限制酶对此     

IBV青岛腺胃分离株(SD/97/02)S1蛋白基因的序列测定和分析

参考Genbank上发表的IBV S1纤突蛋白基因序列,设计了一对引物,对鸡传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株(SD/97/02)RNA进行RT-PCR扩增.将PCR产物克隆入pMD18-T载体中进行序列测定和分析.序列分析表明,该毒株的S1基因的G+C%含量较少,为37.0%,存在HindⅢ,BamHI,BgIII,SacI和SalI位点,无EcoRI位点,与其他毒株的同源性在87.02%-94.21%之间,在第154～429nt处为高度的变异区;将基因序列翻译成氨基酸后,假定的S1蛋白由540个氨基酸组成,等电点8.24,在蛋白质内部存在18个Cys,在S1与S2蛋白之间的剪切位点为HRRRR,这与大多数IBV毒株(RRF/SRR)不一样,有三个区域的氨基酸序列高度保守;169～181aa,230～250aa,485～506aa;与其他毒株进行抗原性比较后发现,在该毒株的320～326aa及390～401aa处的抗原表位消失,而在325～345aa、379～389aa处则出现了很强的抗原表位;第438～444aa处,其他IBV毒株(除ZJ971株外)原来存在的强抗原位点在本毒株中消失;在53～65位的氨基酸抗原性与其他毒株相比明显变弱.     

鸡肾型传染性支气管炎病毒FX株的分离和鉴定

从自然发生的鸡肾病变型传染性支气管炎病例采集病死鸡肾脏为材料,通过接种9－11日龄SPF鸡胚尿囊腔,进行病毒的分离和传代,分离到1株病毒（FX）,敏感鸡人工感染后出现呼吸症状,剖检病鸡时大我鸡肾肿大并有尿酸盐沉积,病毒能死鸡胚和产生侏儒胚;病毒能干扰鸡新城疫病毒LaSota株在鸡胚中增殖,病毒经电镜观察,其大小在80－120nm之间,囊膜外有纤,病毒经IBV单抗ELISA检测呈强阳性反应。研究结果初步表明,FX毒株为肾型IBV。     

IBDVvp2基因高变区序列测定与进化分析

本实验采用来源于江苏地区的六株不同鸡传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)毒株,应用RT-PCR法对vp2基因高变区进行了扩增,构建重组质粒pMD18T-vp2,测序。与有代表性的IBDV毒株VP2基因高变区序列进行比较分析,以ClustalX软件进行序列比对,得到基因序列及氨基酸序列同源性,IBDV Y3、P2G、P8G、SZ、Y5和W04(6株)IBDV与D6984(荷兰)的同源性达到99．0％以上,与其它一些超强毒株(very virulent IBDV,vvIBDV)的同源性也达到了97．8％以上,并在关键氨基酸位点符合vvIBDV特征,采用Phylip3．5软件分析作出进化树,其结果从分子水平说明六个毒株均为vvIBDV,与欧洲和日本的超强毒株有较近的亲缘关系,而与美洲株的较远,从而为IBDV分子流行病学研究和疫苗的研制提供了科学依据。     

鸡传染性支气管炎病毒CK／CH／LDL97 Ⅰ／97株S基因特征

鸡传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是由传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)引起的一种急性高度接触性传染病。该病主要侵害鸡的呼吸系统、消化系统和泌尿生殖系统,可引起雏鸡死亡,蛋鸡产蛋量和蛋品质下降,给养禽业造成很大的经济损失,成为影响世界各国养禽业发展的主要疫病之一。IBV是尼多病毒目(Nidovirales)冠状病毒科(Coronaviridae)冠状病毒属(Coronavirus)第三群的典型代表种[1]。其基因组为不分节段的单股正链RNA,全长约27.6kb[2]。IBV S蛋白形成病毒表面的纤突结构,翻译后的前体蛋白在跨膜时被…     

鸡传染性支气管炎病毒CK/CH/LDL97 Ⅰ/97株S基因特征

鸡传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是由传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)引起的一种急性高度接触性传染病.该病主要侵害鸡的呼吸系统、消化系统和泌尿生殖系统,可引起雏鸡死亡,蛋鸡产蛋量和蛋品质下降,给养禽业造成很大的经济损失,成为影响世界各国养禽业发展的主要疫病之一.IBV是尼多病毒目(Nidovirales)冠状病毒科(Coronaviridae)冠状病毒属(Coronavirus)第三群的典型代表种[1].其基因组为不分节段的单股正链RNA,全长约27.6kb[2].IBV S蛋白形成病毒表面的纤突结构,翻译后的前体蛋白在跨膜时被裂解为N端的S1和C端的S2两个亚单位.S1为IBV的重要免疫原蛋白,能诱导机体产生血凝抑制抗体和病毒中和抗体[3].而且S1基因的点突变、插入、缺失或重组是IBV产生新血清型、亚型或变异株的主要原因[4].S2糖蛋白的主要功能是将S1蛋白锚定在病毒粒子的囊膜上,同时其N端也存在抗原表位[5].     

腮腺炎病毒分离株(SP株)SH基因及其旁侧序列的初步分析

目的 比较腮腺炎病毒分离株SP株与其他野毒株的序列差异,以确定其遗传特征。方法 将2005年在云南省石屏县收集到的腮腺炎患儿唾液标本,于Vero细胞培养7 d后观察病变并分离收获病毒,用血细胞吸附试验验证。同时提取病毒RNA,采用反转录-套式聚合酶链反应(RT-nPCR)法从病毒RNA中扩增出SH基因及其旁侧序列,测序并以VectorNT16．0软件分析。结果 SH基因旁侧区序列分析表明:SP株与国内已知野毒株具有明显的亲缘关系,在SH基因旁侧区范围内的序列一致性为93％～96％,差异均＜8％。氨基酸序列分析发现:该毒株与其他国内野毒株在此区域中的氨基酸序列一致性为93．3％～98．25％,与Wlz2株的遗传距离最近。结论 SP株属于F基因亚型。     

鸡传染性支气管炎中国地方分离毒株LX4mRNA1ORF1的遗传变异特征

应用RT-PCR方法扩增了冠状病毒鸡传染性支气管炎中国分离毒株LX4的mRNA1 ORF1,并将其进行了克隆、序列测定和分析.表明LX4mRNA1基因包含2个ORF,其中ORF1a由11 916个核苷酸组成,编码一条3 971个氨基酸残基组成的多肽.ORF1b由7 950个核苷酸组成,编码2 649个氨基酸残基组成的多肽.与美国Beaudette株对应的ORF1a核苷酸及推导的氨基酸序列同源性均为85%,与对应的ORF1b的同源性分别为89%和95%.二者ORF1a和ORF1b重叠区推测的"滑脱序列"(slippery sequence)核苷酸序列一致,"假结"(pseudoknot)基本结构相似.不同之处在于"假结"第2环中LX4的第7位为A,而Beaudette株在该位置为G.与Beaudette株比较,LX4 ORF1a核苷酸变异最频繁的区域集中在第2 656～3 098位碱基处,且在该区域有60个碱基的插入,导致推导的氨基酸序列插入了20个氨基酸残基.LX4 ORF1b序列缺失9个核苷酸,主要集中在第5 168～5 181位之间,导致对应的氨基酸缺失3个.但这些差异是否与病毒的生物学特性有关不明.