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DNA与蛋白质的相互作用是细胞生命活动的重要机制,是DNA复制和转录调控的基础,对细胞的生长发育和环境适应至关重要。这种相互作用本质上是通过蛋白质的DNA结合结构域特异性识别和结合DNA序列实现的。深入研究和理解这些相互作用不仅有助于揭示生物学机制,也对疾病研究、药物开发、工业菌种设计与改造等具有重要的指导意义。本文综述了传统的DNA-蛋白质相互作用研究方法和近年来发展的新方法,分析其技术原理、优势、局限性和应用案例,也进一步探讨了相关新技术可能的改进方向和潜在应用场景,希望能够帮助研究人员全面、快速地了解不同DNA-蛋白质相互作用研究方法的特点、挑战和未来的发展方向,并为相关方法的进一步创新、融合提供参考。 相似文献
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反向染色质免疫共沉淀技术(reverse chromatin immunoprecipitation assay,Reverse ChIP)是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法.它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质,蛋白质用质谱仪检测,以达到确定靶DNA位点全部相关蛋白质的目的.其可对靶DNA位点相关蛋白质进行全面、系统地鉴定,特别是寻找已知DNA元件相应的调节蛋白.在发现、鉴定靶DNA位点相关蛋白质和研究DNA-蛋白质相互作用中有重要应用价值. 相似文献
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蛋白质相互作用的研究方法 总被引:1,自引:0,他引:1
蛋白质相互作用的研究是现代分子生物学研究领域一个很重要的方面。该介绍了经典的和最近新建立的研究蛋白质相互作用的方法,并比较了各种方法的优缺点和所适用的领域。 相似文献
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蛋白质相互作用的研究方法 总被引:1,自引:0,他引:1
随着基因组测序工程数量的增加,未知功能蛋白质测序工作也呈现指数式增长。生物学进程主要是由蛋白质执行和控制的,因此,阐明未知或已知蛋白质的生物学功能和从细胞水平上确定细胞机制,已成为蛋白质组学研究的主要目标。目前,随着酵母[1]、果蝇[2]、线虫[3]相互作用图谱的相继完成,蛋白质相互作用研究方法也不断发展和完善。综述了当前研究蛋白质相互作用的主要技术方法,包括酵母双杂交技术,GSTpull-down技术,免疫共沉淀技术和串联亲和纯化技术等多种研究方法,分析了各种技术方法的优缺点以及各种方法的改进,在试验中可根据不同的要求和目的选择适宜的方法。 相似文献
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对蛋白质相互作用及其网络的了解不仅有助于深入理解生命活动的本质和疾病发生的机制,而且可以为药物研发提供靶点.目前,通过高通量筛选、计算方法预测和文献挖掘等方法,获得了大批量的蛋白质相互作用数据,并由此构建了很多内容丰富并日益更新的蛋白质相互作用数据库.本文首先简要阐述了大规模蛋白质相互作用数据产生的3种方法,然后重点介绍了几个人类相关的蛋白质相互作用公共数据库,包括HPRD、BIND、 IntAct、MINT、 DIP 和MIPS,并概述了蛋白质相互作用数据库的整合情况以及这些数据库在蛋白质相互作用网络构建上的应用. 相似文献
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DNA与蛋白质相互作用研究方法 总被引:5,自引:0,他引:5
蛋白质组学的主要任务是发掘新的蛋白质及蛋白质新的功能,其中对与DNA相结合的蛋白质的研究是认识基因转录与复制调控的基础。本文介绍了研究核酸与蛋白质相互作用的各种方法,并分析了各种方法的适用对象及优缺点。 相似文献
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蛋白质间相互作用技术的研究近况 总被引:7,自引:0,他引:7
蛋白质间相互作用技术的研究近况黄翠芬叶棋浓(军事医学科学院生物工程研究所,北京100850关键词:蛋白质,相互作用,技术RecentAdvancesintheTechniquesofProtein┐ProteinInteractionsHuangCu... 相似文献
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蛋白质/核酸相互作用研究方法进展 总被引:2,自引:0,他引:2
蛋白质和核酸是构成生命体最为重要的两类生物大分子,蛋白质与核酸的相互作用是分子生物学研究的中心问题之一,它是许多生命活动的重要组成部分。研究蛋白质/核酸相互作用近期采用的新技术有:核酸适体技术、生物信息学方法、蛋白质芯片技术以及纳米技术等。本文就这些新的研究方法进行综述。 相似文献
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Techniques for Studying Adipocytes 总被引:2,自引:0,他引:2
G. J. Hausman 《Biotechnic & histochemistry》1981,56(3):149-154
Various fixatives as well as tissue and slide handling procedures have been evaluated in attempts to demonstrate adipocytes histochemically while maintaining cell and tissue integrity. The optimal procedure for analysis of immature adipose depots consists of the following steps: 1) fresh, unfixed tissues are frozen rapidly in isopentane quenched in a liquid nitrogen bath; 2) cryostat sections are cut, removed from the knife with a room temperature slide, and then air dried for 5-10 minutes; 3) slides can be stained directly with picro-Ponceau or toluidine blue procedures or with oil red O following fixation for 30 minutes in cold (4 C) 10% formalin-CaCl2 (1.25%). For analysis of mature rat adipose depots steps 2 and 3 are modified as follows: 2) cryostat sections are removed from the knife with a cold slide (-20 C) and dried for 30 minutes at 4 C; 3) the mounted sections are stained with oil red O following fixation for 30 minutes in cold (4 C) 10% formalin-HgCl2 (2.5%). When procedures described above for immature adipose depots are combined with esterase fining, adipocyte cytoplasm is clearly demonstrated. These procedures allow the routine use of fresh frozen, unfixed cryostat sections in studies of adipose cellularity. 相似文献
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An assembly consisting of Styrofoam cups with membranes of varying porosities was developed to study microorganism-root interactions. The assembly permitted uniform distribution of a bacterium in soil and was simple, easy to use, and disposable. In tests with the bacterium Pseudomonas solanacearum, little difference in P. solanacearum survival was observed in the rhizosphere or nonrhizosphere of tomato. 相似文献
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Daniel Bojar Rani K. Powers Diogo M. Camacho James J. Collins 《Cell host & microbe》2021,29(1):132-144.e3
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David R. Myers Yumiko Sakurai Reginald Tran Byungwook Ahn Elaissa Trybus Hardy Robert Mannino Ashley Kita Michelle Tsai Wilbur A. Lam 《Journal of visualized experiments : JoVE》2012,(64)
Advances in microfabrication techniques have enabled the production of inexpensive and reproducible microfluidic systems for conducting biological and biochemical experiments at the micro- and nanoscales 1,2. In addition, microfluidics have also been specifically used to quantitatively analyze hematologic and microvascular processes, because of their ability to easily control the dynamic fluidic environment and biological conditions3-6. As such, researchers have more recently used microfluidic systems to study blood cell deformability, blood cell aggregation, microvascular blood flow, and blood cell-endothelial cell interactions6-13.However, these microfluidic systems either did not include cultured endothelial cells or were larger than the sizescale relevant to microvascular pathologic processes. A microfluidic platform with cultured endothelial cells that accurately recapitulates the cellular, physical, and hemodynamic environment of the microcirculation is needed to further our understanding of the underlying biophysical pathophysiology of hematologic diseases that involve the microvasculature.Here, we report a method to create an endothelialized in vitro model of the microvasculature, using a simple, single mask microfabrication process in conjunction with standard endothelial cell culture techniques, to study pathologic biophysical microvascular interactions that occur in hematologic disease. This microvasculature-on-a-chip provides the researcher with a robust assay that tightly controls biological as well as biophysical conditions and is operated using a standard syringe pump and brightfield/fluorescence microscopy. Parameters such as microcirculatory hemodynamic conditions, endothelial cell type, blood cell type(s) and concentration(s), drug/inhibitory concentration etc., can all be easily controlled. As such, our microsystem provides a method to quantitatively investigate disease processes in which microvascular flow is impaired due to alterations in cell adhesion, aggregation, and deformability, a capability unavailable with existing assays. 相似文献
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In making surface preparations and sections of grass leaves,special precautions are necessary to recognize and locate silicasecreted as opal in epidermal cells. Treatment with ammonia,oxidation with hydrogen peroxide (and, for surface preparations,with chromic acid), and mounting in media of Refractive IndexI.511.54 are recommended. Since grass leaves de-silicifiedby hydrofluoric acid yield consistently good sections, the difficultyof obtaining undamaged opal-bearing sections must be due tothe blade encountering opals. Study of sizes and dispositionsof opals in surface preparations indicates optimum microtomesettings for reducing the frequency of such encounters. In mediachosen to make the opals conspicuous it is difficult to discernthe surrounding structures, but in most cases phase-contrastor polarization methods overcome this difficulty. 相似文献
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Charles D. Michener Earle A. Cross Howell V. Daly Carl W. Rettenmeyer Alvaro Wille 《Insectes Sociaux》1955,2(3):237-246
Summary This supplement to a paper byLinsley
et al. (1952) describes techniques for the study of socialHalictidæ as well as other bees. Methods used to judge relative ages of bees include study of mandibular wear and wing wear. Marking of individuals with quick drying paints is described. Marked bees may be returned to their nest through a glass tube. Paints often wear off; more permanent marking may be achieved by staining wings with an alcohol or acetone solution of methyl or ethyl eosin. Methods are described for delaying bees as they enter or leave their nest, so that color markings can be more easily seen. Small wire screen cones placed over nest entrances often serve this purpose. Methods of obtaining data from nests which are very close together are described, as well as methods of making population estimates of bees by means of the Lincoln Index. The following observations on each bee are recommended to learn as much as possible of habits and caste differences: (1) size of ovaries, (2) number of enlarged ovarioles, (3) number and size of largest oocytes, (4) presence of sperm cells in spermatheca, (5) presence of pollen in gut, (6) length of wing or some other index of size, (7) amount of wing and mandibular wear. The pollen loads of bees entering a nest can be marked with powder of different colors. Subsequent examination of cell provisions shows how many foragers cooperated in provisioning a cell. Replacement of a part of a nest with a glass tube provides opportunities for study of activities inside of the nest.
Contribution number 890 from the Department of Entomology, University of Kansas, Lawrence, Kansas, U. S. A. This study was conducted with the aid of a grant from the National Science Foundation. 相似文献
Zusammenfassung Die vorliegende Arbeit, ein Nachtrag zu dem Artikel vonLinsley et al. (1952), beschreibt Methoden für das Studium der sozialenHalicitidæ und anderer Bienen. Das relative Alter der Bienen kann durch Bewertung der Abnützung von Mandibeln und Flügeln geschätzt werden. Einzelne Bienen können durch schnell trocknende Farben gekennzeichnet werden. Derart markierte Individuen werden mittels einer Glaßröhre züruck in das Nest gebracht. Dauerhafter als Farben oder Lacke, welche sich oft abreiben, sind Markierungen mit Alkohol- oder Azetonlösungen von Methyl- oder Ethyl-Eosin an den Flügeln. Methoden zum Aufhalten von Bienen beim Verlassen des Nestes oder bei der Rückkehr sind hier beschrieben. Eine dieser Methoden, die der näheren Untersuchung von Farbmarkierungen dienen, ist das Stellen von Drahtnetztüten über den Nesteingang. Erwähnt werden auch Methoden zur Beobachtung von nah-beieinanderliegenden Nestern. Die Bevölkerungszahl kann mit Hilfe des Lincoln Indexes geschätzt werden. Wir empfehlen die folgenden Untersuchungen an jeder Biene um soviel als möglich über das Verhalten und die Kastenunterschiede zu lernen: (1) Größe der Eierstöcke, (2) Anzahl der vergrößerten Ovariolen, (3) Anzahl und Größe der größten Oocyten, (4) Vorhandensein von Spermien in der Samenblase, (5) Vorhandensein von Blütenstaub im Darm, (6) Flügellänge oder ein anderes Maß der allgemeinen Größe, (7) Grad der Flügel- und Mandibelabnützung. Die Blütenstaublasten von Bienen können vor dem Betreten des Nestes mit Farbpulvern bestaubt werden. Darauf folgende Untersuchung der Verpflegungsmassen der einzelnen Zellen ergibt die Anzahl der Futtersammler, die eine einzelne Zelle mit Proviant versorgt haben. Der Ersatz eines Teils des Nestes durch eine Glaßröhre gibt Gelegenheit zum Studium des Verhaltens innerhalb des Nestes.
Résumé Dans ce complément à une note deLinsley et ses collaborateurs, les auteurs décrivent des techniques qui peuvent être utilisées dans l'étude desHalictidæ sociaux ou d'autres Abeilles.Les méthodes employées pour apprécier les âges relatifs des Abeilles comportent, entre autres, l'étude de l'usure mandibulaire et de l'usure alaire. On décrit le marquage des individus avec des peintures à séchage rapide. Les Abeilles marquées peuvent être replacées dans le nid à l'aide d'un tube en verre. Les peintures s'usent souvent; on peut obtenir un marquage plus tenace en colorant les ailes avec une solution de méthyl ou d'éthyl éosine dans l'alcool ou l'acétone. On décrit des techniques permettant de diminuer la densité relative des Abeilles qui entrent dans le nid ou qui travaillent à l'intérieur, de façon à rendre les marques colorées plus facilement visibles. De petits écrans coniques en cire placés devant l'entrée du nid peuvent remplir cet office. On décrit des méthodes permettant d'obtenir des résultats sur des nids complètement clos et des méthodes d'estimation de populations par l'emploi de l'indice de Lincoln. De manière à recueillir le plus d'indications possible sur les habitudes des différentes castes, on préconise les observations suivantes: 1o taille des ovaires; 2o nombre d'ovarioles dilatés; 3o nombre et taille des plus grands ovocytes; 4o présence de spermatozoïdes dans la spermathèque; 5o présence de pollen dans le jabot; 6o longueur des ailes ou quelque autre indice de taille; 7o degré de l'usure mandibulaire ou alaire.Les pelotes polliniques des Abeilles entrant dans le nid peuvent être marquées au moyen de poudres de différentes couleurs. L'examen ultérieur des provisions contenues dans les cellules indique combien de butineuses coopèrent à l'approvisionnement d'une seule cellule. La substitution d'une paroi de verre à la paroi du nid permet l'étude directe des activités des Abeilles dans le nid.
Contribution number 890 from the Department of Entomology, University of Kansas, Lawrence, Kansas, U. S. A. This study was conducted with the aid of a grant from the National Science Foundation. 相似文献
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染色质结构在基因表达调节中起着重要的调节作用。利用甲醛固定活细胞中的DNA与蛋白质,通过免疫沉淀分离复合物的染色质免疫沉淀法是研究体内DNA和蛋白质相互作用的一种新方法,它不仅可用来研究体内反式因子与DNA的相互作用,也可以用来研究组蛋白修饰与基因表达的关系,从而分析蛋白质及其体内的DNA结合序列。目前,该方法在染色质结构研究中获得了广泛的应用。 相似文献