四川鹿属动物的线粒体DNA差异和系统进化关系研究

用聚合酶链反应,从水鹿,坡鹿,梅花鹿和马鹿等四种鹿属动物中分别扩增出线粒体ＤＮＡＲ的细胞色素ｂ基因片段,并测定得到了３６７ｂｐ的碱基序列,它们之间的序列差异在４．０９％￣７．０８％之间。     

四种鹿属动物的线粒体DNA差异和系统进化关系研究

用聚合酶链反应 ,从水鹿、坡鹿、梅花鹿和马鹿等四种鹿属动物中分别扩增出线粒体DNA的细胞色素 b基因片段 ,并测定得到 367bp的碱基序列 ,它们之间的序列差异在 4 .0 9%～ 7.0 8%之间。用 NJ法、最大简约法和最大似然法进行分子系统进化树的构建和分析并得出 ,水鹿与坡鹿、梅花鹿和马鹿约在 2 4 0～ 2 80万年前分化的 ,梅花鹿和马鹿大约在 1 60万年前左右分化。     

犬科的线粒体细胞色素b DNA序列及其分子系统学研究

通过对犬科的赤狐、蓝狐、貉和狼４种的线粒体细胞色素ｂ约３７２ｂｐＤＮＡ片段序列分析,结合ＧｅｎＢａｎｋ中狗、西门豺和非洲野犬３种的该区段ＤＮＡ序列的比较,共发现１１３个核苷酸位点存在变异（约３０％）。ＮＪ法构建的分子系统树显示,非洲野犬最先从犬科动物中分化出来;犬属的我狼、狗和西门豺等３种为系统树上独立的一支,且其分歧的时间较赤狐、蓝狐和貉早;赤狐和蓝狐具有较近的亲缘关系。上述结果与形态的观点基本     

鹰科四种鸟类线粒体DNA的差异和分子进化关系的研究

采用聚合酶链反应,从雀鹰、大Kuang鹰4种鸟类中分别扩增出线粒体DNA细胞色素b基因,并测定出1086bp的碱基序列,它们之间的序列差异在10.31%-16.57%之间。DNA一序列数据显示,这4种鸟类DNA序列变异丰富,MEGA1．01数据软件构建了4种鸟类的分子系统树,与化石资料和形态学研究结果相吻合。     

线粒体DNA序列分析在中国水域真海豚物种鉴定中的初步应用

真海豚包括长喙真海豚( Delphinus capensis) 和短喙真海豚( D. delphis) 2 种, 而中国水域的真海豚到底是哪一个种或是否同时有两个种的存在, 并不清楚。本研究测定了12 头中国水域真海豚mtDNA 控制区(control region) 366 bp 和细胞色素b (cytochrome b , cyt b) 基因336 bp 的序列, 并与已发表的其它真海豚的序列合并分析,初步鉴定中国水域真海豚的分类地位。结果表明, 中国水域的真海豚与东太平洋的长喙真海豚有相同的鉴别位点, 且两者之间的核苷酸歧异度(控制区: 1.93 ±0.22 % , cyt b 基因: 0.68 ±0.19 %) 显著低于与短喙真海豚之间的差异(控制区: 2.92 ±0.41 % , cyt b 基因: 0.95 ±0.27 %) 。通过MEGA (molecular evolutionary genetic analysis) 软件中的邻接法(neighbor joining) 进行的系统发生分析中, 中国水域的真海豚与长喙真海豚聚成一支, 有明显较近的亲缘关系。因此, 中国水域的真海豚在分类上应归属于长喙真海豚。     

翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

测定了翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）的线粒体细胞色素b基因编码区全序列1140个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列,A/T所占比例为53.4％,G C约占46.6％。该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡,第2位核苷酸中T的使用率较高,G的使用率较低;而密码子第3位C/A的使用率高,而G的使用率仅为3.7％;在氨基酸序列中Leu所占比例16.36％,远高于其它氨基酸;而Cys使用比例仅为0.79％。本研究为鳜类的系统发育,资源保护和利用提供了核苷酸序列方面的资料,至于翘嘴鳜线粒体细胞色素b基本序列中密码子不同位置碱基使用比率以及氨基酸组成是翘嘴鳜特有还是鳜类共有特征,尚有待进一步研究。     

线粒体DNA编码细胞色素氧化酶亚基基因的进展

细胞色素氧化酶由13个亚基组成,其中构成级联反应核心的最大3个亚基(COXⅠ,COXⅡ和COXⅢ)由mtDNA编码,其余10个亚基(COⅣ,Ⅴa,Ⅴb,Ⅵa,Ⅵb,Ⅵc,Ⅶa,Ⅶb,Ⅶc,和Ⅷ)均由nDNA编码。COXⅠ亚基与hemea、hemea3、CuB结合,直接参与质子泵过程;COXⅡ亚基与CuA结合,位于线粒体包质面与细胞色素C进行反应;COXⅠП亚基参与氧化还原连接的质子易位过程;其余10个亚基的功能尚不明确。COX是线粒体组装所必需的基因,其表达调控与nDNA和mtDNA相互作用有关。     

从细胞色素b基因序列探讨笛鲷属的分子系统发生关系

测定了9种中国南海的笛鲷属鱼类的细胞色素b基因的部分序列,结合来自GenBank中1种分布于菲律宾和9种分布于美国大西洋的笛鲷属鱼类的相应同源序列,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果显示:红鳍笛鲷(Lutjanuserythropterus)与红笛鲷(L.sanguineus)之间的同源序列碱基差异百分率只有0.32%,支持二者是同种异名的观点;中国南海的笛鲷属鱼类间的平均碱基差异要高于美国大西洋笛鲷属鱼类。在MP和NJ树中,美国大西洋笛鲷表现为亲缘关系较近,来源于中国南海的笛鲷鱼类相对集中在树的基部,分歧较大。这与所研究的笛鲷地理分布和地理隔离基本相一致,同时也说明中国南海笛鲷分化较早并且分歧较大。     

从D环和细胞色素b基因序列探讨懒猴属的分子系统发育关系(英文)

本研究测定了懒猴属(Nycticebus)D环的部分序列和细胞色素b基因的全序列(1140bp),分析了该属物种之间的系统发育进化关系。在DNA水平上,序列分析结果一致地提供了新的分类学证据：支持Rataiszczak和Groves的观点,即N．intermedus只是N．pygmaeus的成体(Ratajszczak,1998;Groves,1971)。对两种序列的数据做了联合及个别分析,获得相似的系统树,支持懒猴属由两个单系群组成：第一群由N．pygmaeus聚成,第二群由N．coucang聚成。该结果也提供了新的分子遗传证据,支持懒猴属由N．coucang和N．pygmaeus两物种组成。     

6个中国猪地方品种和3个瑞典猪DNA分子系统发育相关关系

线粒体DNA遗传多样性用于评价6个中国地方猪种和3个瑞典家猪系统发育关系。采用PCR和序列分析方法得到了来自9个品种140头猪的线粒体中控制区440bp和细胞色素b基因798bp核苷酸序列。系统发育分析结果表明：6个中国地方猪种起源于亚洲野猪。中国地方猪种和欧洲野猪的线粒体DNA核苷酸序列变异发生在413000－875000年以前,而亚洲紧猪的变异仅发生在7000－156000上以前,由于2000年以前或18世纪初中国猪种导入欧洲家猪,因此瑞典家猪既属于欧洲类也属于亚洲类。     

板角山羊mtDNA Cyt b基因变异特点及系统进化研究

测定了板角山羊品种13个个体的细胞色素b基因全序列(1140 bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果显示:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中6个变异位点上观察到11次T-C间和2次A-G间的碱基转换,除了有2次T-C间碱基转换发生在密码子第2位点为非同义突变以外,其余的11次碱基转换发生在密码子第3位点,均为同义突变;有1次T-G间碱基颠换发生在密码子第2位点,为非同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.8077.并以绵羊为外群,与山羊属其他种的同源区序列构建系统发生树.结果显示, 在系统地位上板角山羊与胃石山羊有较近的亲缘关系.     

川陕哲罗鲑Cyt b基因克隆及其在鲑亚科中的系统发育关系

采用聚合酶链式反应克隆川陕哲罗鲑Hucho bleekeri线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道该基因的全长序列(1140 bp,GenBank 登录号FJ597623),并与鲑亚科中其他5属14个物种的Cyt b基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以白鲑亚科的白鲑Coregonus lavaretus作为外群构建了ML、NJ和MP系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,川陕哲罗鲑与细鳞鲑属的细鳞鱼Brachymystax lenok之间的遗传距离相对较小(8.47%),在系统发育树上两者聚在一起,提示川陕哲罗鲑与细鳞鱼存在较近的亲缘关系,该结果与以往的形态学分类不相符.     

昆明城郊中国树鼩群体线粒体DNA遗传多样性

由于树鼩是灵长类动物的近亲,且具有体型小、繁殖周期短、饲养管理成本低等优点,长期以来被认为有望替代灵长类动物用于人类疾病的动物模型研究.然而,目前对树鼩的群体遗传结构还知之甚少,这极大地限制了其在疾病动物模型研究的应用,也是其品系资源创制的瓶颈.本研究通过分析80只采自于云南省昆明周边地区的野生树鼩(Tupaia belangeri chinensis)线粒体DNA(mtDNA)多态性,结合国外报道的2个树鼩(Tupaia belangeri)序列比较后发现,在604 bp的mtDNA控制区片段中兵检测到29个核苷酸替代变异,这些变异共界定了13种单倍型,表现较高的群体遗传多样度.另外,昆明地区的树鼩与国外报道的2个树鼩间存在较大的遗传分化,mtDNA控制区单倍型之间的核苷酸替换数大于18个,远高于昆明地区树鼢群体内部不同单倍型之间的差异.选择含有代表性的mtDNA控制区单倍型的17个昆明地区树鼩个体进一步测定了细胞色素b基因片段(1134 bp),结合前人报道的数据分析,结果进一步支持mtDNA控制区数据反映的遗传格局及揭示的昆明地区树询与国外报道树鼩之间的明显差异.本研究结果提示,昆明地区树鼩与国外树鼩之间存在较大遗传差异,在将树鼩用于人类疾病动物模型研究中要注意这些遗传差别.昆明城郊的树鼩群体具有较高的遗传多样度,在开展近交系建立等工作时须考虑选取群体内部具有代表性的mtDNA世系.

Abstract：

Due to their special phylogenetic position in the Euarchontoglires and close affinity to primates, tree shrews have been proposed as an alternative experimental animal to primates in biomedical research. However, the population genetic structure of tree shrews has largely remained unknown and this has hindered the development of tree shrew breeding and selection. Here we sampled 80 Chinese tree shrews (Tupaia belangeri chinensis) in Kunming, China, and analyzed partial mtDNA control region sequence variation. Based on our samples and two published sequences from northern tree shrews (T. belangeri), we identified 29 substitutions in the mtDNA control region fragment (～ 604 bp)across 82 individuals and defined 13 hapiotypes. Seventeen samples were selected for sequencing of the cytochrome b (Cyt b; 1134 bp) gene based on control region sequence variation and were analyzed in combination with 34 published sequences to solidify the phylogenetic pattern obtained from control region data. Overall, tree shrews from Kunming have high genetic diversity and present a remarkable long genetic distance to the two reported northern tree shrews outside China. Our results provide some caution when using tree shrews to establish animal models because of this apparent genetic difference. In addition, the high genetic diversity of Chinese tree shrews inhabiting Kunming suggests that systematic genetic investigations should be conducted before establishing an inbred strain for medical and biological research.     

云南四个瓜实蝇地理种群的遗传关系分析

对云南个不同地理区域的瓜实蝇种群(Bactrocera cucurbitae)共23个个体的线粒体DNA细胞色素b基因中的部分序列进行测定和分析,并以桔小实蝇(B.dorsalis)、番石榴实蝇(B.correct)和南瓜实蝇(B.tau)为外群种构建了不同单倍型的N-J分子系统树.在获得的26bp序列中,A+T含量约占65.0%,有个多态位点,无任何碱基插入和缺失.这些位点共定义5种单倍型,其中一种为共享单倍型.对个瓜实蝇地理种群进行Fst值和基因流动统计,Fst值为0.16667～0.20000(P＞0.05),Nm值为2.00～2.50.5种单倍型共形成了3个聚类簇.可以认为,个地理种群间均存在一定程度的遗传分化,但分化程度不高,导致遗传分化的主要因素是地理隔离,而种群遗传分化程度低与瓜实蝇所在环境条件相似有关.     

福尔马林固定云南鲴的DNA提取及其细胞色素b基因序列分析

福尔马林固定云南鲴的ＤＮＡ提取及其细胞色素ｂ基因序列分析ＤＮＡＥＸＴＲＡＣＴＥＤＦＲＯＭＦＯＲＭＡＬＩＮ－ＦＩＸＥＤＸｅｎｏｃｙｐｒｉｓｙｕｎｎａｎｅｎｓｉｓＡＮＤＳＥＱＵＥＮＣＥＡＮＡＬＹＳＩＳＯＦＩＴＳＣＹＴＯＣＨＲＯＭＥＢＧＥＮＥ关键词福尔马林...     

大林姬鼠两亚种线粒体DNA 细胞色素b 基因和控制区的序列多样性

为了研究大林姬鼠两亚种(韩国的指名亚种及中国东北和内蒙古地区的东北亚种)线粒体DNA 的变异程度并确定朝鲜亚种的分类地位,我们分别将来自韩国和中国东北长白山地区的两亚种的线粒体DNA 的细胞色素b 基因和控制区进行了测序分析。我们将测序所得到细胞色素b 基因序列与来自基因库的大林姬鼠5 个亚种的相应的单倍型进行了分析,结果显示大林姬鼠可分为4 个类群[类群1:韩国大林姬鼠指名亚种;类群2:中国长白山和内蒙古地区的东北亚种、俄罗斯外加贝尔的majuculus 亚种;类群3:中国长春的东北亚种、俄罗斯Primorye(俄罗斯远东地区) rufulus 亚种、俄罗斯库页岛(俄罗斯远东地区)和日本北海道地区的giliacus 亚种;类群4:中国黑龙江海林地区的东北亚种]。线粒体的控制区序列分析显示韩国指名亚种也不同于中国东北地区的东北亚种。本研究的类群1,2 和3 与Serizawa et al. (2002)的研究的K、S 和R 的分支相对应。这表明韩国指名亚种(类群1 和分支K)的线粒体DNA 与其他类群不同。另外,我们还发现在细胞色素b 基因构建的系统树中,东北亚种可以与类群2 (分支S)及类群3 (分支R 的不同亚种聚合在一起。我们认为线粒体DNA 的母性遗传与两个相邻亚种的个体之间的种内杂交造成了基于细胞色素b 序列对东北亚种的聚类分析结果与基于形态学特征的分类结果的不一致。因此,我们提出对这些显示出核苷酸序列多样性的东北亚种不能只用细胞色素b的数据进行亚种分类,还应该结合形态学和核DNA 特征进行进一步分析。最后,我们还发现韩国的指名亚种的细胞色素b 序列在平均距离16. 93% 的基础上不同于来自基因库的A. speciosus。Jones and Johnson (1965)指出了韩国的大林姬鼠在形态上的区别,所以我们认为韩国的大林姬鼠指名亚种A. p. peninsulae 是一种具有形态和遗传特异性的地方亚种。     

脊椎动物线粒体DNA的基因重排

将GenBank上已公布的321种脊椎动物mtDNA全序列,按纲整理归类,绘制基因排布图并进行比对。比对结果表明：81个物种的mtDNA中观察到基因重排现象,涉及脊椎动物各纲,其中9个物种同时存在基因顺序变化和基因倒置现象,所有的基因重排都涉及tRNA的变化。脊椎动物mtDNA基因顺序变化可分为3类：1)邻接的基因或片段的位置交换;2)接近于控制序列或轻链起始位点的基因或片段的位置变化,有时还伴随着控制序列的倍增;3)I-Q-M区域的变化。所有鸟类、蛇类、鳄类和有袋类的mtDNA具有各自独特的基因排列顺序。基因倒置现象常见于鱼类和哺乳类,且多表现为tRNA从轻链往重链上迁移。本文就这些基因重排现象、发生重排的机制和mtDNA基因重排在系统发生研究中的应用做一简要概述。     

基于Cytb基因序列探讨蝽亚科11种昆虫的系统发育关系

对蝽亚科6属11种昆虫线粒体DNA细胞色素b基因部分序列进行PCR扩增和序列测定。比较其同源性,统计密码子使用频率并应用生物学软件构建分子系统树。在获得的432bp序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别是38．1,18．2,31．9和11．8％,表现出强烈的AT偏向性;就每个氨基酸密码子来看,第3位点的A＋T含量较高,达到85．5％。该序列片段中共有162个核甘酸位点发生变异（约占37．5％）,种间序列差异范围为0．9％～19．4％,平均为16．6％,变异较大。以筛豆龟蝽Megaeopta cribraria为外群,通过多种方法构建的系统发育树拓扑结构一致,这6属11种昆虫大致形成4个分支：珀蝽属、碧蝽属、菜蝽属3属的关系最接近,形成一个分支;真蝽属的3种聚为1支,与第1支形成姊妹群;曼蝽属的2种形成1支;麻皮蝽位于系统树的基部,为分化较早的1支,是蝽亚科中较为原始的类群。