| 基于GEO和TCGA数据库分析促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4在结直肠癌中表达 |
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| 引用本文： | 王倩,袁莉莉,范文涛.基于GEO和TCGA数据库分析促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4在结直肠癌中表达[J].中国应用生理学杂志,2019,35(3):279-282. |
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| 作者姓名： | 王倩 袁莉莉 范文涛 |
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| 作者单位： | 陕西中医药大学, 咸阳 712046 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(81673832,81873177,81470188);陕西省教育厅科研项目(18JK0227);咸阳市科技局项目(13-LC073) |
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| 摘 要： | 目的:通过分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集,寻找差异基因,并在TCGA数据库和GEO数据库进行验证,为结直肠癌的早期诊断寻找标志物。方法:分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集GSE21510、GSE25071、GSE32323。分别分析差异基因,采用文恩图软件查找共同差异基因。进一步在TCGA数据库查找差异基因在结直肠癌中的表达及生存曲线。最后通过GEO数据库GSE24514验证差异基因的表达。结果:GSE21510,包含104例样本,共筛选出251个差异基因,其中上调基因146个,下调基因105个。GSE25071,包含50例样本,共筛选出669个差异基因,其中上调基因312个,下调基因357个。GSE32323,包含10例样本,共筛选出353个差异基因,其中上调基因115个,下调基因238个。在样本中上调基因为促癌基因,下调基因为抑癌基因。经文恩图分析,3个基因集交集共有15个基因,其中上调基因3个,下调基因12个。在TCGA数据库中查找差异基因的表达量和生存曲线,生存曲线选择结肠癌数据集,选取279个样本进行分析。根据差异基因的表达和生存曲线,最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4为结直肠癌的标志物。最后在GSE24514芯片集验证差异基因的表达。结论:通过GEO和TCGA数据库筛选及验证,发现在结直肠癌组织中INHBA基因明显上调,CLCA4、CA4基因明显下调。最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4可作为结直肠癌早期诊断的标志物。
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| 关 键 词： | 结直肠癌 GEO数据库 TCGA数据库 差异基因表达 早期诊断的标志物 |
Analysis of the expressions of oncogene INHBA and anti-oncogene CLCA4 and CA4 in colorectal cancer based on GEO and TCGA databases |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | colorectal cancer GEO database TCGA (The cancer genome atlas) differential gene expression early diagnostic markers |
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