通过PCR方法克隆了从哈尔滨分离的一株鸡贫血病毒(CAV)的全基因，并对其进行了测序，该病毒基因组为环状，全长2298bp,含有三个互相重叠的开放读码框和一个调控区。将克隆的基因与GenBank收录的CAV基因比较，同源性至少为97%，未发现与本次克隆的CAV基因完全一致的分离株。与德国分离株Cuxla、26p4和马来西亚分离株分别有42、42和72个核苷酸不同，同源性分别为98.2%、98.2%和96.9%。与德国分离株Cux1b相比，除在调控区内少一个类似增强子的重复序列外，尚有39处核苷酸不同。它与分离于欧洲的几株CAV的亲源性要比来自亚洲的马来西亚株近。对CAV哈尔滨分离株、26p4、Cux1b、Cux1a和马来西亚株的VP1、VP2和VP3蛋白比较，VP2的保守性最高。